BACKGROUND:

Familial Mediterranean fever is an autoinflammatory disease of unknown etiology, characterized clinically by recurrent attacks of sudden-onset fever with arthralgia and/or thoracoabdominal pain and pathogenetically by autosomal recessive inheritance due to a mutation in the MEFV gene. Behçet's disease is an inflammatory disease characterized by recurrent oral and genital aphthous ulcerations, uveitis, and skin lesions. Preliminarily, our literature review suggested that patients with familial Mediterranean fever who also have Behçet's disease have only a single mutated familial Mediterranean fever gene. The MEFV gene mutation responsible for familial Mediterranean fever is probably a susceptibility factor for Behçet's disease, particularly for patients with vascular involvement, and both disorders can occur concurrently in a patient, as in the present case.

CASE PRESENTATION:

A 10-year-old girl of Moroccan origin presented to our institution for genetic consultation for genetic testing of the MEFV gene. She had fever associated with abdominal and diffuse joint pain in addition to headache. These symptoms have oriented pediatricians to familial Mediterranean fever. The evolution was marked by Behçet's syndrome symptoms. Sanger sequencing followed by complete exome sequencing analysis of the MEFV gene for the proband mutation revealed a novel variant. We conclude that the novel single variant c.2078 T  >  A (p.Met693Lys) could be responsible for the association of familial Mediterranean fever and Behçet's disease.

CONCLUSION:

To the best of our knowledge, this is the first report of a new variant in exon 10 of the MEFV gene in a Moroccan family. This novel variant should be listed in the MEFV sequence variant databases.

KEYWORDS:

Behçet’s disease; Case report; FMF-BD coexistence; Familial Mediterranean fever; MEFV gene

Introduction et objectifs : Le gene ILDR1 (Immunoglobulin-Like Domain-Containing Receptor1) exprimé dans plusieurs organes et tissus dont la cochlée et le vestibule est essentielle au maintien d'une audition normale. Il code pour une proteine qui contient un domaine semblable à une immunoglobuline. Plusieurs mutaions homozygotes responsables de surdité isolée (DFNB42) ont été identifiées et decrites dans la littérature.Cette surdité est bilaterale, prelinguale et de severité moderee à profonde.

Ce travail qui rentre dans le cadre de la recherche des causes genetiques de la surdité hereditaire en Algerie, a pour objectifs de determiner le statut genetique des familles atteintes ce qui permettra de leur  venir en aide  en leur offrant un diagnostic genetique mais aussi un conseil genetique pour eviter la transmission de cette maladie autosomique recessive.

Materiels et méthodes :Une centaine de familles algeriennes ayant au moins un enfant atteint de surdité neurosensorielle est recrutée au niveau du service ORL du CHU de Blida. Une extraction d'ADN a concerné toutes les familles recrutées (cas index et apparentés) et a été faite au niveau du laboratoire de biochimie genetique du CHU Babeloued à Alger.

Le séquencage de l'exome fait à l'institut de la vision à Paris,a été utilisé pour le diagnostic moleculaire de cette deficience auditive.

Resultats et discussion: Parmi les  nombreuses mutations genetiques identifiées dans nos familles, une nouvelle mutation non sens p.Arg127*/Arg127* ) du gene ILDR1 a été retrouvée chez deux enfants atteints de surdité profonde et issus d'un meme mariage consanguin.Les parents sont heterozygotes pour la mutation et on note la presence de cas similaires dans les deux lignées parentales. 

Conclusion: Cette nouvelle mutation a permis d'enrichir la base de données mondiale des mutations du gene ILDR1 et de participer à l'education sanitaire de toutes les familles à risque de transmission de la maladie par le decouragement des mariages consanguins.   

La surdité isolée  represente 70% des causes genetiques de ce deficit  auditif qui  entrave l'acquisition du langage et qui a de lourdes consequences sur la vie de l'enfant.Elle est caracterisee par une grande heterogeneité genetique, plus de 100 loci ont ete identifiés comme causant une perte auditive autosomique non syndromique.La population algerienne n'en est pas epargnée, et plus de 800 nouveaux nés naissent sourds en Algerie.

Ce travail rentre dans le cadre d'une etude qui a pour but de rechercher les causes genetiques de cette surdité en Algerie afin d'avoir le profil genetique des enfants atteints et leurs familles ce qui permettra de leur offrir un conseil genetique quant à la gravité des mariages consanguins dans la trasmission des maladies autosomiques recessives.

Une centaine de familles algeriennes ayant au moins un enfant sourd est recrutée au niveau du service ORL du CHU de Blida.l'etude genetique a été faite à l'institut de la vision à Paris

sur les ADN des enfants atteints mais egalement de tous les autres membres de leurs familles.

Le sequencage de l'exome a été utilisée pour le diagnostic moleculaire.

Plusieurs mutations genetiques ont ete retrouvées dont une deletion (C.250del)  du gene LHFPL5  retrouvée chez 2 membres d'une famille et qui a causé la formation d'une proteine tronquée non fonctionnelle au niveau de la cochlée. Les parents sont heterozygotes pour la deletion.

Cette mutation est nouvelle, elle n'a jamais ete decrite auparavant.

Le diagnostic genetique de ce deficit sensoriel permet de venir en aide aux familles et la prise en charge precoce des enfants atteints, pour cela une cooperation entre medecins ORL et medecins biologistes est indispensable.

Introduction : Les défauts de synthèse de la L-Sérine sont associés à des pathologies sévères de transmission autosomique récessive avec un spectre phénotypique large allant de formes précoces létales (syndrome de Neu-Laxova) à des formes juvéniles voire de l’adulte, en passant par des formes de l’enfant présentant microcéphalie, déficience intellectuelle sévère, épilepsie précoce réfractaire et tétraparésie spastique progressive. Ce groupe de pathologies est associé à des mutations dans les trois gènes codant les enzymes de la voie de synthèse de la L-Sérine et comprend le déficit en 3-phosphoglycérate déshydrogénase (mutations du gène PHGDH), le déficit en phosphosérine aminotransférase (mutations du gène PSAT1) et le déficit en phosphosérine phosphatase (mutations du gène PSPH). Nous rapportons les observations de 2 fœtus présentant un phénotype de nanisme primordial microcéphalique, porteurs de mutations dans le gène PHGDH.

Cas cliniques : Fœtus 1 : IMG à 32 SA pour RCIU, microcéphalie et anomalies de gyration. A l’autopsie, le fœtus présentait un RCIU homogène avec microcéphalie majeure, un retard de maturation osseuse, un syndrome dysmorphique, une arthrogrypose distale, une cataracte congénitale bilatérale et une microcéphalie à gyration extrêmement simplifiée (sans trouble de la migration) associée à une hypoplasie vermienne, une hypoplasie des faisceaux pyramidaux et une agénésie partielle du corps calleux. Un exome trio a mis en évidence 2 mutations pathogènes du gène PHGDH, à l’état hétérozygote composite, chacune des mutations étant héritée d’un parent. Foetus 2 : IMG à 31 SA (couple consanguin) pour RCIU sévère et homogène, anomalies cérébrales (agénésie du corps calleux, cervelet petit, retard de gyration), varus d'un pied et ensellure nasale peu marquée. Le fœtus présentait un RCIU homogène, un retard de maturation osseuse, une dysmorphie faciale et des malpositions des extrémités. Il n’a pas été réalisé de vérification autopsique (refus parental). Un exome en trio a mis en évidence une mutation homozygote dans le gène PHGDH déjà rapportée dans le syndrome de Neu-Laxova.

Discussion/Conclusion : Le syndrome de Neu-Laxova  est un syndrome rare, létal, associant un RCIU sévère, une microcéphalie, des anomalies cérébrales (anomalies de gyration, agénésie du corps calleux, hypoplasie cérébelleuse, agénésie vermienne, …), une dysmorphie faciale, une ichtyose, des contractures articulaires, des anomalies ophtalmologiques et des malformations viscérales. Moins de 10 foetus atteints de syndrome de Neu-Laxova lié au gène PHGDH sont rapportées à ce jour. Nous discutons le chevauchement phénotypique de ce syndrome avec le syndrome de Taybi-Linder ou MOPD I/III (TALS, OMIM 210710), une forme sévère de nanisme primordial microcéphalique avec anomalies cérébrales en lien avec des mutations dans le gène RNU4ATAC, diagnostic initialement suspecté chez ces fœtus.

Contexte: Sortie de l’errance diagnostique pour un patient de 16 ans suspect d’insensibilité partielle aux androgènes. Analyse par NGS d’une large cohorte de patients atteints d’anomalies de la différenciation sexuelle (Analyse par NGS chez 290 patients entre 2015 et 2018).

Présentation clinique du patient: Né avec des organes génitaux atypiques, bourgeon 10 mm, orifice urinaire unique à sa base, bourrelets hypoplasiques et lisses, pas de gonade palpée. Parents originaires du même village du Niger. Caryotype 46,XY. Testostérone, AMH, FSH et LH normaux pendant la minipuberté. Pas de dérivés Müllériens à l’échographie. Analyses des gènes AR et SRD5A2 en 2003 réalisées par Séquençage Sanger rendues normales. Le patient est resté sans diagnostic pendant plus de 15 ans. Apparition d’une gynécomastie à la puberté.

Méthodes: Séquençage de nouvelle génération (NGS, exome de ciblé 83 gènes) associé à un nouvel outil bioinformatique permettant l'établissement accéléré de relations génotype phénotype (PythieVar). Classement des variants selon les recommandations ACMG2015.

Résultats: L’analyse NGS a permis de mettre en évidence une mutation faux-sens (Ser815Ile) probablement pathogène (classe 4) du gène AR (NM_000044.6). La répartition des allèles identifiées par NGS (52 allèles mutés vs 35 allèles sauvages) suggère un profil en mosaïque alors que les autres variants sur l’X sont hémizygotes. L’analyse de la couverture confirme le ratio XY et valide le caryotype 46,XY.

Conclusion: Résolution par NGS d’un dossier de résistance partielle aux androgènes chez un patient PAIS dans l’errance diagnostique depuis plus de 15 ans. Ces résultats confirment encore la supériorité du NGS/Sanger tout en soulignant l’importance de rechercher les mosaïques.

En France, le diagnostic d’achondroplasie (ACH) est souvent évoqué en fin de grossesse, conférant des difficultés importantes pour les couples et professionnels impliqués. L’identification de cette affection a bénéficié ces dernières années des progrès réalisés en imagerie prénatale (échographie 2D et 3D, scanner osseux fœtal avec reconstruction 3D et dose minimale d’irradiation) et du développement des outils moléculaires par techniques invasive et non-invasive, permettant un diagnostic prénatal (DPN) plus rapide et fiable.

L’objectif est de décrire le parcours diagnostique chez 78 cas d’ACH ayant consulté dans le Centre de Référence Maladies Osseuses Constitutionnelles entre 2008 et 2018. Le déroulement de la grossesse, l’âge au diagnostic, les procédures utilisées, en imagerie (échographie, scanner 3D osseux) et en moléculaire (mutation spécifique de FGFR3 sur liquide amniotique et plus récemment sur ADN fœtal circulant dans le sang maternel), ainsi que le devenir de la grossesse (interruption médicale de grossesse (IMG) ou grossesse menée à terme) ont été analysés de façon rétrospective.  

Le diagnostic a été confirmé pendant la grossesse pour 52 cas (67%), à un terme moyen de 30 semaines d’aménorrhée (SA). Pour les 26 cas (33%) diagnostiqués en postnatal, tous ont eu la confirmation en période néonatale sauf un enfant diagnostiqué à l’âge de 2 mois. Parmi les 52 cas diagnostiqués en prénatal, 9 foetus avaient au moins un parent ACH : 4 ont été diagnostiqués à 12 SA après DPN sur prélévement des villosités choriales, menant à une IMG pour les 4 ; 5 ont été diagnostiqués par échographie de diagnostic à un terme moyen de 26 SA, avec une grossesse ensuite menée à terme.

Pour les 43 cas prénataux de novo, l’échographie de dépistage à 22 SA était dite normale dans 80 % des cas. Les premiers symptômes, notés entre 24 et 35 SA, étaient des os longs courts (100%), avec macrocéphalie (83%). Le diagnostic a été confirmé par le scanner osseux pour 22/22 cas où il a été réalisé (52%) et/ ou par DPN moléculaire sur amniocentèse (43%). Il n’y a eu qu’ 1 confirmation par méthode non-invasive dans cette étude rétrospective.

Le DPN a conduit à une IMG pour 14 cas (34%) à un terme moyen de 32 SA. La grossesse a été menée à terme pour 66% des fœtus prénataux de novo. La comparaison des deux sous-groupes “nés” et “IMG” ne montre pas de différence significative hormis le terme de confirmation diagnostique (31 SA / 29 SA).

En conclusion, cette analyse confirme le diagnostic fréquent (2/3) mais tardif de l’ACH en prénatal pour les formes de novo. L’indication des outils diagnostiques appropriés en fonction du terme et du souhait des parents est important pour diminuer le temps d’errance diagnostique, et leur accompagnement soutenu par des équipes de référence pour une information adaptée est d’autant plus nécessaire pour apprivoiser ce cadre diagnostic délicat dont les conséquences et la prise en charge postnatales sont aujourd’hui mieux maitrisées.

Les malpositions isolées des pieds touchent 1/1000 à 1/3000 naissances. Elles constituent une anomalie échographique très fréquente en anténatal, majoritairement découverte à l’échographie du second trimestre. Avec une prise en charge orthopédique adaptée, les malpositions isolées des pieds à la naissance ont majoritairement un très bon pronostic fonctionnel. Néanmoins, les découvertes anténatales sont des événements anxiogènes pour les parents. Les professionnels du diagnostic prénatal s’attachent à distinguer les situations où la malposition des pieds serait le signe d’appel d’une situation plus complexe, incluant des pronostics plus défavorables, notamment en cas d’anomalies chromosomiques majeures.

Jusqu’à récemment, le Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal de Montpellier (CPDPN) proposait un arbre décisionnel qui distinguait les situations unilatérales et bilatérales. Dans les deux cas, un suivi avec un échographiste de référence et une consultation auprès d’un orthopédiste pédiatrique étaient recommandés au couple. Pour les fœtus avec des malpositions bilatérales, un diagnostic prénatal (DPN) était proposé pour établir un caryotype fœtal, un dosage enzymatique évaluant le risque de non fermeture du tube neural et un diagnostic génétique pour l’amyotrophie spinale infantile et la myotonie de Steinert.

La lecture de deux thèses de médecine soutenues récemment et une revue de la littérature nous ont amenés à modifier notre conduite à tenir. Une thèse s’est intéressée à vérifier la concordance entre les diagnostics anténataux et postnataux de malposition des pieds, ainsi que les suivis proposés dans différents CPDPN de France. La seconde thèse concernait les examens de génétique proposés par les CPDPN et tentait d’évaluer leur pertinence.

L’arbre décisionnel actualisé choisi par le CPDPN de Montpellier concerne à présent aussi bien les situations unilatérales que bilatérales isolées. En plus du suivi avec un échographiste de référence et de la consultation auprès d’un orthopédiste pédiatrique, le couple est reçu en consultation de conseil génétique et se voit proposer un diagnostic prénatal pour un caryotype fœtal, une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et un diagnostic moléculaire de la myotonie de Steinert. Pour les couples refusant le DPN, sont proposés un diagnostic prénatal non invasif (DPNI) de la trisomie 21 et une évaluation du risque de myotonie de Steinert chez le fœtus via le diagnostic moléculaire chez les parents.

L’American College of Medical Genetics and Genomics et  l’Association for Molecular Pathology (ACMG/AMP) ont proposé en 2015 des recommandations visant à harmoniser l’interprétation de variants et le rendu de résultat entre les différents laboratoires de diagnostic. Néanmoins ces pratiques ne sont pas spécifiques d’un gène. Nous proposons une adaptation des recommandations pour le gène TERC, codant un ARN non traduit et impliqué dans les téloméropathies.

Nous avons répertorié 110 variants de TERC provenant de la base de données Telomere Database regroupant les variants décrits dans la littérature, ainsi que de notre laboratoire de diagnostic. Au total, 149 patients ont été analysés en fonction de leurs présentations cliniques (atteintes respiratoire, hématologique, cutanée et autres), de leur histoire familiale et des données fonctionnelles disponibles (la mesure de la longueur des télomères par Southern Blot ou Flow-FISH et la mesure de l’activité de la télomérase par Telomeric repeat amplification protocol ou TRAP).

L’exhaustivité et le contenu des critères actuels de classification ne sont pas adaptés aux caractéristiques de TERC ; le but de notre travail a été de créer une classification avec des critères revus et optimisés pour ce gène.

En comparant la classification ACMG/AMP de 2015 et celle adaptée à TERC, 10 variants de signification inconnue (classe 3) ont été reclassés en variants probablement pathogènes (classe 4), et 25 variants probablement pathogènes en variants de pathogènes (classe 5). Le nombre de variants bénin n’a pas changé. On obtient la même classe de pathogénicité pour un variant donné dans 70% des cas.

La part encore importante de VUS (28,6%) restant après l’application des critères revus peut s’expliquer d’une part par la survenue tardive des téloméropathies dans la population générale et sa variabilité d’expression, ce qui limite les études de ségrégation  familiales; et d’autre part par la difficulté de mise au point des tests fonctionnels afin d’étudier l’effet in vitro de ces variants. Les outils de prédiction de l’effet sur l’ARN disponible en ligne constituent une aide limitée. Une étude de modélisation in silico de l’effet des variants sur la structure de TERC en collaboration avec des chercheurs (AMIBio team Laboratoire d'Informatique de l'Ecole Polytechnique) nous apporte des arguments pour conclure sur la pathogénicité de ces classes 3.

Les modifications apportées aux recommandations générales de l’ACMG ont montré que les  différents gènes requièrent des arguments adaptés à leurs particularités afin de mieux interpréter leurs variants.

Introduction : ADK code pour l’adénosine kinase, enzyme clé du métabolisme des bases puriques et de la méthionine, qui transforme l’adénosine en AMP. Elle est présente dans de nombreux tissus dont le tissu hématopoïétique. Des mutations bialléliques du gène ADK sont décrites dans le syndrome d’hyperméthioninémie par déficit en adénosine kinase, lequel associe de manière constante un retard du développement neurologique important et une dysmorphie. D’autres signes comme l’ictère néonatal, l’atteinte hépatique, la petite taille ou l’anémie mégaloblastique sont au second plan.

Matériel et méthodes : L’ADN a été extrait du sang EDTA par technique Flexigene (Qiagen) et de bulbes capillaires sur automate Maxwell RSC (Promega). Le séquençage haut débit (SHD) a utilisé une capture exomique (Medexome, Roche) suivie d’un séquençage sur Nextseq500 (Illumina). L’analyse bioinformatique a été réalisée via un pipeline BWA/GATK « best practices » et l’interprétation a été faite à l’aide du logiciel IVA (Ingenuity variant analyzer, Qiagen) sur la base d’une liste de gènes codant pour le protéome du globule rouge.

Résultats : Mme C., 62 ans, présente depuis plus de 30 ans une anémie macrocytaire multi-explorée, non étiquetée, avec surcharge en fer et sans histoire familiale d’anémie. L’analyse par SHD nous a permis d’identifier une variation dans le gène ADK à l’état homozygote : c.1012C>T (p.Arg338Cys ; gnomAD : MAF 0,0024%, pas d’homozygotes ; CADD score 26,3). Elle a été confirmée par séquençage Sanger sur le sang et les bulbes capillaires. Cette variation est située dans la partie C-terminale de l’enzyme, à proximité immédiate d’un des sites de fixation de l’ATP. La réanalyse du dossier clinique et l’interrogatoire a posteriori de la patiente ont permis de relever des antécédents de difficultés d’apprentissage (arrêt précoce de scolarité) et de noter la présence d’une stéatose hépatique non alcoolique, d’un diabète de type 2, d’une HTA, d’un syndrome sec, de lithiases urinaires et d’une surdité neurosensorielle, sans dysmorphie faciale ni microcéphalie. Les dosages de nucléotides intra-érythrocytaires chez la patiente ont montré une augmentation d’adénosine associée à une diminution d’AMP et d’ADP, en faveur d’une perte de fonction de l’enzyme.

Conclusions : Les mutations d’ADK pourraient constituer une nouvelle cause d’anémie macrocytaire constitutionnelle de l’adulte, de transmission autosomique récessive, secondaire à la diminution d’AMP et d’ATP érythrocytaires. Il est possible que la stéatose hépatique, le retard des acquisitions et la surdité neurosensorielle soient également liées au déficit en ADK chez la patiente. Ce cas constitue la première description de mutations perte de fonction du gène ADK sans atteinte neurologique importante ni dysmorphie faciale.

Certaines manifestations extra-digestives doivent faire évoquer un syndrome génétique avec risque majeur de cancer colorectal (CCR) : lentigines péri-orales, néoplasmes sébacés, télangiectasies cutanéo-muqueuses, kérato-acanthomes, ostéome, tumeurs desmoïdes, hypertrophie congénitale de l’épithélium pigmenté rétinien, anastomoses artério-veineuses viscérales, cancer de l’endomètre, de l’ovaire, des voies urinaires et tumeurs du système nerveux central devant faire évoquer les syndromes de Lynch, Turcot, Muir-Torre, Gardner, Peutz-Jeghers, Rendu-Osler ou la polypose adénomateuse familiale (PAF). Nous rapportons deux cas révélés par des manifestations extra-digestives inhabituelles qui sont à ajouter à cette liste.

Cas 1

Une patiente a été atteinte à 13 ans de médulloblastome de la fosse postérieure (sous-groupe WNT). Après exérèse chirurgicale et radiothérapie, sont survenus 15 pilomatricomes au visage et au tronc. Aucun signe fonctionnel digestif n’était noté. Deux premiers cas d’association médulloblastome WNT, pilomatricomes et PAF ayant été rapportés en 2014 et 2018, le gène APC a été testé, révélant une mutation c.3183_3187delACAAA/p.Gln1062*. La coloscopie a retrouvé une centaine de polypes coliques ainsi qu’une cinquantaine de polypes fundiques, permettant de porter le diagnostic de PAF. En l’absence de mutation chez les parents, nous avons conclu à une probable néo-mutation.

Cas 2

Une patiente de 62 ans a été atteinte de 2 adénocarcinomes synchrones du sigmoïde et du rectum, avec 2 larges lésions en dysplasie de haut grade au colon droit et au colon transverse ainsi que 25 adénomes de 6 à 20mm. Sa sœur avait été atteinte 2 ans auparavant d’un adénocarcinome du rectum à 59 ans. Ces deux femmes étaient atteintes d’une agénésie dentaire familiale touchant 3 générations. L’association agénésie dentaire et adéno(carcino)me colique par mutation dominante du gène AXIN2 étant connue depuis 2004, nous avons testé AXIN2, retrouvant la mutation, c.2086C < T/p.Gln696*. L’exploration familiale a permis de protéger les apparentés, révélant une polypose atténuée avec environ 20 adénomes chez une 3ème sœur à 54 ans.

Nous soulignons ainsi l’importance d’évoquer un syndrome génétique avec risque majeur de CCR devant ces manifestations, ajoutant à la liste devant faire évoquer un tel syndrome l’agénésie dentaire et les pilomatricomes. Une collaboration avec les odontologistes et les dermato-anatomo pathologistes permettrait de préciser la fréquence de syndromes monogéniques à très haut risque de CCR devant ces manifestations cliniques inhabituelles.

Depuis 2003, le groupe TENGEN, réseau des laboratoires experts dans le diagnostic moléculaire des tumeurs neuroendocrines rares, est missionné par l’INCa pour améliorer le diagnostic des maladies en harmonisant les pratiques  et approfondissant les critères de diagnostic et de classification des variants moléculaires. Ainsi depuis plus de 10 ans, les membres du groupe TENGEN collectent les données clinico-biologiques des patients testés pour le gène MEN1 et classent collégialement les variants au cours de réunions biannuelles. Ce travail a permis la mise en ligne d’une base de données de 370 variants du gène MEN1, identifiés chez 1676 patients français, et interprétés de façon consensuelle : la base UMD-MEN1 (http://www.umd.be/MEN1/). 

Les mutations inactivatrices du gène suppresseur de tumeur MEN1 sont responsables d’une maladie héréditaire rare la néoplasie endocrinienne multiple de type 1 (NEM1). La NEM1 est une maladie à pénétrance tardive mais complète, qui se caractérise par l’association de plusieurs lésions du système endocrines : hyperparathyroïdie (90-95%), tumeurs neuroendocrines digestives (30–70%), adénomes hypophysaires (30–40%),  parfois associées à des lésions dites mineures : adénomes surrénaliens, tumeurs carcinoïdes bronchiques, thymomes, méningiome. L’exploitation des données de la base UMD-MEN1 nous a permis de mieux caractériser la maladie et les variants de ce gène présents dans la population française. Parmi les variants (probablement) pathogènes 20% sont des variants faux sens, dont la classification peut être extrêmement difficile.

Nous avons comparé l'interprétation par le groupe TENGEN des 122 variants faux-sens du MEN1, recensés dans la base UMD-MEN1, aux recommandations de l'ACMG-AMP. 59,8 % des variant ont été qualifiées de variantes (probablement) pathogènes par TENGEN contre seulement 28,7 % selon les recommandations de l'ACMG-AMP. Dans les faits, 53,4 % (39/73) des variants (probablement)  pathogènes de TENGEN seraient déclassifiés en variant de signification inconnue (VSI) en utilisant les recommandations de l'ACMG-AMP, affectant la prise en charge clinique des patients et leurs familles. Vingt et un de ces VSI « ACMG-AMP » ont été trouvés chez des patients atteints d'une NEM1 cliniquement authentique.

Nous avons analysé les causes des discordances afin de proposer des ajustements à la grille ACMG-AMP pour l'interprétation des variants faux-sens de MEN1. Ces propositions fusionnent les deux systèmes de classification et sont d’un intérêt pratique particulier, puisque le gène MEN1 est inclus dans la liste des gènes recommandés pour le rapport des données secondaires pour le séquençage des exomes/ génomes clinique (ACMG et SFMPP).

Le médulloblastome (MB) est le cancer cérébral pédiatrique le plus répandu, mais il reste peu fréquent chez l’adulte. La grande majorité des MB est sporadique, bien que de rares cas soient associés à des altérations constitutionnelles de gènes comme PTCH1, SUFU, APC et TP53. D'autres gènes sont responsables d’une prédisposition au MB, y compris certains qui n'ont probablement pas été décrits jusqu'à présent en raison de la rareté des cas et/ou de la faible pénétrance. Nous décrivons ici pour la première fois, le cas d'une femme de 27 ans, atteinte du syndrome de Pitt-Hopkins (SPT) porteuse d'un variant pathogène constitutionnel hétérozygote du gène TCF4, qui a développé un MB de groupe Sonic Hedgehog (SHH). Le SPT est une maladie neurodéveloppementale rare due à des variants hétérozygotes perte de fonction du gène TCF4. Aucun sur-risque de cancer n'a été mis en évidence jusqu'à présent dans ce syndrome. Cependant, la perte de fonction d’un allèle du gène TCF4 est un événement somatique récurrent dans les MB, observé exclusivement dans 20% des tumeurs adultes de groupe SHH. Les analyses in vivo et in vitro publiées par Hellwig et al., en Mars 2019, sont en faveur d’un rôle suppresseur de tumeur du gène TCF4 pendant le développement cérébelleux. La survenue d’un MB de groupe SHH chez une patiente adulte atteinte de SPT soutient l’hypothèse d’une synergie potentielle entre la perte de fonction du gène TCF4 et l'activation de la voie SHH dans les MB tardifs, et suggère l’existence d'une susceptibilité au MB de groupe SHH dans le SPT.

Chez l’Homme, des mutations dans le gène MECP2 (Methyl CpG binding Protein 2) sont à l’origine de plusieurs maladies neurologiques dont la principale est le syndrome de Rett (RTT). 

Dans ce syndrome, l’évolution de la pathologie est caractérisée par un développement normal jusqu’à l’âge de 6-18 mois, puis un arrêt du développement cognitif suivi d’une phase de régression importante avec apparition de troubles moteurs, autonomes et cognitifs. 

Le BDNF (Brain-Derived Neurotrophic Factor), un facteur de croissance de la famille des neurotrophines dont l’expression est directement régulée par MECP2, joue un rôle clé dans le développement de cette pathologie. 

En effet, dans le RTT, l’expression de Bdnf est diminuée de moitié dans le système nerveux central et la structure des neurones ainsi que leur activité apparaissent très altérées (Abuhatzira et al., 2007). La durée de vie des animaux KO est également diminuée. Chez ce même modèle, la surexpression de Bdnf au niveau du cerveau permet de rétablir partiellement l’arborisation des neurones, leur activité spontanée, ainsi que d'augmenter la durée de vie des souris (Chang et al., 2006). 

Le BDNF constitue donc une molécule prometteuse pour traiter le syndrome de Rett. Son utilisation directe n’est cependant pas possible car cette protéine ne traverse pas la barrière hémato-encéphalique et présente une demi-vie très courte. Pour contourner ces difficultés, nous avons développé une approche virale utilisant un vecteur AAV9-Bdnf. 

Après injection de cet AAV dans le modèle murin Mecp2-déficient, nous avons mis en évidence une amélioration de la survie et du poids des animaux ainsi que des paramètres respiratoires et des fonctions motrices. 

Ces résultats encourageants sont une preuve de concept préclinique validant l'intérêt de l’utilisation du Bdnf pour traiter les patientes atteintes du syndrome de Rett. 

Contexte et objectifs

Les techniques de séquençage du génome sont utilisées de plus en plus fréquemment en oncologie pédiatrique pour la recherche de thérapies ciblées de cancers en rechute ou progressifs sous traitements. Ces explorations associent un séquençage tumoral et constitutionnel, et peuvent révéler une prédisposition génétique au cancer et des données incidentes. Ces approches modifient les pratiques de génétique (logistiquement et temporellement). Elles interrogent le contexte juridique de leur utilisation en clinique et en recherche, les conséquences psychologiques et les modalités d’information et de consentement.

Le projet GeneInfoKid (Projet INCa-SHS N°2018-127 de 3 ans) repose sur une approche multidisciplinaire combinant droit, éthique psychologie et sociologie associant chercheurs en SHS, cliniciens et biologistes.  Nous présenterons la méthodologie et quelques résultats préliminaires.

Méthodes

Le 1er axe méthodologique prévoit une analyse éthique et légale (via une revue de littérature et des entretiens semi-directifs avec les professionnels impliqués en oncopédiatrie).

Le 2ème axe s’intéresse aux facteurs influençant la décision des parents et des enfants de réaliser un test génétique et aux conséquences psychologiques (via des entretiens auprès d'enfants et de leurs parents lors du test et après l'annonce du résultat puis via un questionnaire construit à l’issu de cette phase qualitative).

Un 3ème axe s’intéresse aux besoins en information des jeunes patients et de leurs parents à l’aide de focus group déployés dans 6 services d’oncopédiatrie partenaires.

Résultats préliminaires

L’analyse du cadre juridique, en cours de révision, questionne l'usage des tests génétiques chez les enfants : le rendu des données incidentes, le rendu des résultats de génétique de maladie à révélation tardive chez un enfant et la réutilisation d'échantillons issus d'enfants pour la recherche post-mortem.

Pour les professionnels, l’utilisation du séquençage est vécue comme un espoir de mieux traiter l’enfant, et/ou identifier une prédisposition génétique dans la famille. Une limite ténue est mise en évidence entre ce qui relève de la clinique et de la recherche. Le nombre de professionnels impliqués augmente et certains ne se sentent pas suffisamment qualifiés pour prescrire ce type de test et accompagner les familles. Enfin, le profil de professionnels impliqués et les parcours des familles sont variables au sein de services et entre les sites.

Pour les familles (jeunes patients et parents), l’investigation génétique est associée à l’enjeu de trouver des réponses sur les causes de la maladie et d’adapter son comportement (reproductif et de surveillance). Cependant, plusieurs risques sont identifiés concernant une démarche perçue comme « sans retour », qui implique la famille et peut susciter de la culpabilité et des conflits. En termes d’information, les familles semblent préférer une information directe et répétée tout en évitant l’infantilisation.

Les amyotrophies spinales proximales (ASP) forment un groupe de maladies neuromusculaires caractérisées par une faiblesse musculaire progressive due à la dégénérescence et la perte des motoneurones situés au niveau de cornes antérieures de la moelle épinière et des noyaux du tronc cérébral. Dans 98% des cas environ, l'ASP est due à une délétion homozygote de l'exon 7 qui peut être associées à une délétion de l’exon 8 du gène SMN1 (5q12.2-q13.3) codant pour la la protéine de survie du motoneurone (SMN).

Nous rapportons dans ce travail, l’histoire d’un couple non apparenté dont le 1^er enfant était atteint d’ASP diagnostiquée dans le laboratoire de Cytogénétique, de Génétique Moléculaire et de Biologie de la Reproduction Humaines au CHU Farhat Hached de Sousse – Tunisie.

Le diagnostic de la maladie de l’enfant et le statut des parents a été réalisé par MLPA (Multiplex Ligation-dependant Probe Amplification). Un diagnostic prénatal a été réalisé pour chaque grossesse ultérieure.

Le cas index présentait une délétion homozygote de l’exon 7 du gène SMN1. Le Père était hétérozygote pour la délétion et la mère ne présentait pas de délétion de l’exon 7 du gène SMN1. Le couple a bénéficié de deux diagnostics prénataux. Le premier avait montré deux copies de l’exon 7  du gène SMN1. Le deuxième était aussi avait objectivé la présence de 3 copies du gène SMN1.

En comparant le statut des parents à celui des fœtus, nous avons conclu que la mère aurait transmis à ce fœtus deux copies du gène et la troisième copie provenait du père.

Compte tenu du statut parental pour l’exon 7 du gène SMN1, et des différents modes de transmission, la mère serait porteuse de ses 2 copies en cis sur un seul chromosome.

Ce genre de situation démontre la complexité d’un conseil génétique dans l’amyotrophie spinale et la nécessité de proposer un diagnostic prénatal même si l’un des parents parait génétiquement homozygote normal.

Introduction

Les principaux gènes impliqués dans la prédisposition héréditaire au cancer ont été identifiés dans les années 1990. L’exploration de gènes impliqués dans les mêmes voies fonctionnelles que les gènes historiques a été pratiquée durant ces dernières années, facilitée par le développement du séquençage à haut débit.

Ainsi, de nouveaux gènes de prédisposition héréditaire au cancer ont été identifiés, comme PALB2, RAD51C et RAD51D dans le cadre de la prédisposition au cancer du sein et / ou de l’ovaire (HBOC). Cependant, l’implication d’autres gènes candidats, impliqués dans la réparation homologue ou des mésappariements de l’ADN, restent encore discutées.

Nous proposons d’explorer 11 de ces gènes candidats à partir de patients présentant une suspicion de prédisposition héréditaire au cancer de notre Département.

Objectif

Etude de la prévalence de 11 gènes candidats à la prédisposition héréditaire au cancer du sein et / ou de l’ovaire (HBOC) et au cancer colorectal dans une cohorte de 1 113 patients présentant une suspicion de prédisposition héréditaire au cancer.

Matériels et Méthodes

Entre 2016 et 2018, 1 113 patients présentant une suspicion de prédisposition héréditaire au cancer (HBOC : 876 ; Cancer digestif : 158 ; Autre : 79) ont bénéficié d’une analyse par panel de gènes, comprenant 14 gènes candidats suppressifs de tumeur (FANCM, RAD50, RAD51B, RINT1, BARD1, FAM175A, MRE11A, RAD51, XRCC2, PMS1, MLH3). Les variants ont été interprétés selon les recommandations en vigueur, en utilisant ALAMUT. La fréquence des variants tronquants dans chaque gène candidat dans la population générale, représentant notre population contrôle, a été déterminée en utilisant GnomAD. Chaque patient a signé un consentement à la recherche.

Résultats

L’analyse a identifié 20 variants tronquants à l’état hétérozygote, correspondant à un taux de détection de 1.8%, dans les gènes FANCM (n=7), RINT1 (n=5), RAD50 (n=3), ainsi que dans BARD1, RAD51B et PMS1 (n=1). L’ensemble des variants ont été identifiés chez des patients ne présentant pas de variant de classe 4 ou 5 dans un gène diagnostic, à l’exception d’un variant RINT1 trouvé chez un patient avec mutation MSH2 et syndrome de Lynch. FANCM et RINT1 était associé de manière significative aux patients HBOC. Aucune mutation n’était décrite dans les autres gènes analysés.

Discussion

FANCM et RINT1 ont été décrits comme étant associés à un risque de cancer du sein et / ou de l’ovaire, et le sont significativement dans notre étude. Une étude de ségrégation complémentaire permettrait de déterminer plus précisément l’implication de ces gènes dans cette prédisposition. Les autres gènes analysés ne sont pas associés de manière significative à une prédisposition au cancer, ou ne présentent aucun variant délétère dans notre étude. Leur implication dans la prédisposition héréditaire au cancer ne peut être écartée. Cependant, si elle existe, elle est rare ou n’implique pas de variants tronquants.

Les études de méthylome permettent de mesurer sur l’intégralité du génome les niveaux de méthylation des sites CpG qui conditionne l’expression des gènes dans chaque cellules et sont réalisées à partir de tissus cryo-préservés ou fixés. En clinique, la méthode de fixation dans le formol et d’inclusion dans la paraffine (FFPE) représente un moyen incontournable de conservation des biopsies. L’étude du méthylome à partir des ADNs extraits de tissus FFPE, souvent dégradés en raison des conditions de fixation et d’inclusion des tissus, reste un défi. Plusieurs techniques d’analyse de méthylation ont été développées dont la puce Infinium Methylation EPIC (850K) d’Illumina. Cette puce commercialisée depuis 2015, permet d’analyser 850 000 sites de méthylation répartis sur l’ensemble du génome humain. Afin d’améliorer la qualité des ADNs issus de matériel conservé par FFPE et par conséquent la reproductibilité de la méthode, une optimisation de protocole par une étape de « restauration » a été introduite. Dans une étude pilote, nous avons comparé par puce Illumina Infinium Methylation EPIC, le méthylome de tumeurs cérébrales ayant été conservées en parallèle par congélation et en paraffine dans le but d’optimiser l’analyse du méthylome sur tissus FFPE. Nous avons donc comparé des paires de biopsies tumorales : Cryo préservées versus FFPE. 

Les résultats montrent une distribution des valeurs Beta des niveaux de méthylation similaire entre les échantillons FFPE et leurs paires congelées, bien que les intensités des sondes soient plus faibles dans le cas des tissus FFPE dégradés par rapport aux congelés ;  elles restent néanmoins exploitables.

La corrélation des paires FFPE-congelés reste élevée sur la base des valeurs Beta des sondes filtrées sur les SNP (r² moyen = 0.92, intervalle entre 0.86 et 0.98). Une corrélation est aussi observée au niveau des intensités des sondes qui s’hybrident sur le chromosome Y et qui permettent de valider l’appartenance au même sexe des échantillons appariés. Cependant, sur la base des valeurs Beta de l’ensemble des sondes, la corrélation est faible entre certains échantillons appariés. Cela est probablement lié à la composition cellulaire entre la composante congelée et celle incluse en paraffine.

Ces résultats suggèrent que les tissus FFPE peuvent être utilisés, après réalisation du protocole de restauration d’Illumina, pour l’analyse de la méthylation par puces EPIC. Ces analyses ont par ailleurs permis l’identification de différentes sous classes de tumeurs dans les tissus FFPE et congelés et devraient aider à la caractérisation encore en cours de potentiels marqueurs de diagnostic et de pronostic. Cette étude pilote sur tissus FFPE réalisée en collaboration avec le Dr Franck BIELLE, nous permet de proposer une nouvelle prestation sur notre plateforme, l’analyse de la méthylation sur les échantillons FFPE. Cette nouvelle offre complète le catalogue de puces à ADN de la plateforme P3S.

 Une mutation des deux allèles du gène Rb durant le développement rétinien normal est responsable de l’apparition du rétinoblastome. La recherche de mutations au niveau du gène Rb reste difficile, car la majorité des altérations sont uniques et dispersées tout au long du gène. Nous rapportons dans notre étude le résultat de l’analyse du gène Rb au niveau constitutionnel et tumoral dans la population algérienne. Notre étude a porté sur un échantillon de 21 patients atteints de rétinoblastome. Le promoteur et les 27 exons avec leurs séquences introniques flanquantes composant le gène Rb ont été amplifiés et analysés par HPLC (chromatographie liquide à haute performance) suivie d’un séquençage. Les variations de bases identifiées au niveau constitutionnel et tumoral sont au nombre de 7 dont 3 mutations nonsens. Une mutation affectant le site d’épissage, une délétion et deux polymorphismes. L’analyse du gène Rb a été réalisée chez des enfants atteints de rétinoblastome ne présentant aucun antécédent familial de la maladie. Par cette étude, nous avons pu identifier deux cas sur les 21 étudiés ayant un rétinoblastome pouvant être transmissible. Deux mutations rapportées n’ont jamais été décrites dans la littérature.

Les dégénérescences spinocérébelleuses incluent les paraplégies spastiques héréditaires (HSP) et les ataxies cérébelleuses héréditaires. Ce sont des maladies neurodégénératives rares cliniquement hétérogènes présentant des signes cliniques chevauchant. Génétiquement, plus de 200 gènes peuvent être mutés. Malgré le grand nombre de gènes identifiés, environ 50% des patients ne présentent pas de mutation causale identifiée.

Afin d'identifier la mutation en cause et éventuellement de nouveaux gènes responsables de ces pathologies, nous avons séquencé les exomes de 233 patients issus de 115 familles de la cohorte SPATAX (78 patients atteints de HSP, soit 34 familles et 155 patients atteints d’ataxie cérébelleuse, soit 81 familles). Pour toutes ces familles, les principaux gènes connus avaient auparavant été exclus.

À l'heure actuelle, nous avons identifié de nouvelles mutations causales dans des gènes connus pour 42 familles, notamment ATM dans les ataxies récessives, ITPR1 dans les ataxies dominantes et HSPD1 et PNPLA6 dans HSP (qui n'avaient pas été testés avant l'étude dans ces familles). Dans 38 autres familles, 1 à 5 gènes candidats potentiels sont actuellement étudiés. Le taux de diagnostic potentiel est alors de 59% des familles maximum si tous les nouveaux gènes candidats sont pris en compte.

Les ataxies épisodiques héréditaires constituent un groupe d’affections neurologiques rares dont la transmission est autosomique dominante. Elles se manifestent sous forme de crises paroxystiques affectant l’équilibre et la coordination. Les épisodes peuvent être déclenchés par différents stimuli, ils durent de quelques secondes à plusieurs heures, voire plusieurs jours. Les premières manifestations cliniques ont le plus souvent lieu dans l’enfance ou l’adolescence. Les types 1 et 2 (EA1, EA2) sont bien connus sur le plan clinique et sur le plan génétique. L’EA1 est caractérisée par des épisodes courts et la présence de myokimies; le gène responsable KCNA1 code pour le canal potassique Kv1.1. L’EA2 se manifeste par des épisodes plus long et est fréquemment associée à un nystagmus, un syndrome cérébelleux et une atrophie vermienne ; le gène responsable CACNA1A code pour le canal calcique Cav2.1. Les autres types d’EA (EA3 à EA8) ont été décrits dans très peu de familles et seuls les gènes des types 5, 6 et 8 ont été identifiés, respectivement CACNB4, SLC1A3 et UBR4. Des mutations de gènes en cause dans d’autres pathologies peuvent aussi être à l’origine d’épisodes d’ataxie, soit du fait d’une association de symptômes, soit du fait d’une présentation atypique.

Etude réalisée : Nous avons mis en place un panel ciblant les gènes connus des ataxies épisodiques et des gènes pour lesquels des manifestations épisodiques d’ataxie ont été rapportées chez des patients mutés. Le panel comprend les gènes CACNA1A, KCNA1, CACNB4, SLC1A3, FGF14, PRRT2, SLC2A1, ATP1A3, UBR4, SCN2A, SCN8A.

Résultats : 572 patients non apparentés avec suspicion d’ataxie épisodique ont été analysés entre 2015 et 2019. Une anomalie pathogène ou probablement pathogène a été identifiée chez 73 patients : 64 variants ponctuels et 9 grands réarrangements. 55 variants ont été détectés dans les gènes CACNA1A (53) et KCNA1 (2). Les autres variants ont été identifiés dans PRRT2 (6 patients), SLC2A1 (6 patients), FGF14 (3 patients), ATP1A3 (2 patients), SCN8A (1 patient). Les grands réarrangements concernaient les gènes CACNA1A (3 patients), PRRT2 (4 patients) et FGF14 (2 patients).

Conclusion : Le gène le plus fréquemment muté chez les patients envoyés pour suspicion d’ataxie épisodique était CACNA1A. 18 patients (25%) étaient porteurs d’une mutation dans un gène associé à une autre pathologie : FGF14 (SCA27), SLC2A1 (GLUT1), ATP1A3 (AHC/RDP), PRRT2 (PKD), SCN8A (EIEE). La présentation clinique chez ces  patients était généralement moins sévère que la symptomatologie habituellement associée aux mutations de ces gènes hormis pour les patients PRRT2 pour qui la présentation était plus sévère ; 2 des patients mutés PRRT2 étaient hétérozygotes composites et 2 étaient porteurs d’une grande délétion. Il est important de rechercher les grands réarrangements, en particulier pour les gènes FGF14 et PRRT2 qui présentent assez souvent ce type de mutation.

L’autisme et la déficience intellectuelle (DI) caractérisent des troubles neuro-développementaux avec une composante génétique significative impliquant au moins 1% de la population générale. L’identification de mutations dans le gène PTCHD1 (situé sur le chromosome X) chez des patients atteints d’autisme et/ou de DI nous a amené à étudier son implication dans le neuro-développement.

L’analyse génétique de nouveaux patients présentant un trouble neurodéveloppemental a mis en évidence 3 mutations faux-sens (Pro32Arg, Pro32Leu, Tyr213Cys) localisées dans le 1^er domaine transmembranaire (Pro32) ou dans la 1^ère boucle extracellulaire (Tyr213) de la protéine PTCHD1. Ces variants sont absents des bases de données GnomAD et sont prédits pathogènes. De manière intéressante, la mutation Pro32Leu est présente chez un oncle sain.

Pour mieux définir le caractère pathogène de ces variants, nous avons effectué des expériences de surexpression des formes mutées de PTCHD1 dans des lignées cellulaires HEK293 et dans des cultures primaires neuronales a permis la mise en évidence d’un défaut d’expression protéique et de localisation membranaire pour les variants Pro32Arg et Tyr213Cys, alors que la forme normale de PTCHD1 est localisée à la membrane plasmique, et au niveau des terminaisons synaptiques dans les cultures neuronales.

La protéine PTCHD1 est une protéine transmembranaire post-synaptique contribuant au fonctionnement des synapses glutamatergiques, et interagissant avec les protéines-clefs de l’échafaudage post-synaptique PSD95 et DLG3 (Ung et al., 2018). Dans l’objectif de caractériser en détail la voie de signalisation, une étude de l’interactome de PTCHD1 en cours a permis d’identifier une interaction avec la protéine Rac1, qui participe à la régulation de l’organisation du cytosquelette d’actine.

Ces résultats soulignent le rôle majeur de PTCHD1 dans le développement du cerveau et permettent de fournir des éléments décrivant une nouvelle voie physiologique au sein de la synapse glutamatergique.

Introduction :

Le syndrome de Micro-Warburg (WARBM, MIM #600118) est un trouble neurodéveloppemental qui se transmet selon le mode autosomal récessif, caractérisé par une atteinte oculaire (microphtalmie, microcornée, cataracte bilatérale congénitale), une microcéphalie, une déficience intellectuelle sévère, une dysplasie corticale, une agénésie/dysgénésie du corps calleux ainsi qu’un hypogonadisme.

Des mutations des gènes RAB3GAP1 (2q21.3), RAB3GAP2 (1q41), RAB18 (10p12.1) et TBC1D20 (20p13) sont responsables de ce syndrome. Le RAB3GAP1 et le RAB3GAP2 codent ensemble pour le complexe hétérodimère RAB3GAP activateur de la RAB3GTPase.

L’objectif de ce travail est de réaliser une analyse clinique et génétique du syndrome de Micro-Warburg chez une famille tunisienne.

Patients et méthodes :

Etude clinique et génétique, par séquençage d’exome, chez deux frères ayant une déficience intellectuelle, une agénésie du corps calleux et une atteinte oculaire.

Résultats :

Il s’agit de deux frères issus d’un mariage consanguin de second degré, âgés de 7 et 11 ans et adressés pour cataracte bilatérale congénitale.

Le premier enfant avait une déficience intellectuelle (DI) isolée, et le deuxième avait, en plus de la DI, une microcéphalie et des traits autistiques. L’IRM cérébrale a révélé une hydrocéphalie avec une agénésie partielle du corps calleux chez le premier et une agénésie partielle du corps calleux isolée chez le deuxième. L’examen ophtalmologique a objectivé une microphtalmie avec une cataracte bilatérale congénitale chez les deux enfants.

Une analyse par séquençage d’exome a permis d’identifier, chez les deux frères, une nouvelle mutation à l’état homozygote du gène RAB3GAP1 (délétion d’une base au niveau de l’exon 5) en faveur du diagnostic du syndrome de Micro-Warburg. Cette variation, décalant le cadre de lecture, touchant un domaine fonctionnellement important de la protéine et prédite comme pathogène par l’analyse in silico (Mutation Taster, MutPred-indel et Provean) a été retrouvée à l’état hétérozygote chez les parents.

Conclusions :

La découverte d’une nouvelle mutation du gène RAP3GAP1 permet d’élargir le spectre mutationnel de ce gène sous réserve d’une confirmation par analyse fonctionnelle.

En l’absence d’orientation clinique, le séquençage d’exome permet d’établir le diagnostic moléculaire et d’offrir un conseil génétique adapté aux familles concernées.

L’hyperparathyroïdie primaire néonatale sévère est une maladie rare. Elle est le plus souvent transmise selon un mode autosomique récessif. Cette pathologie peut résulter d’une affection héréditaire rare ; l’hypercalcémie hypocalciurique familiale autosomique dominante.

Cinq membres d’une même famille Tunisienne dont un est atteint d’hyperparathyroïdie primaire néonatale sévère (NSHPT) et quatre sont atteints d’hypercalcémie hypocalciurique familiale (FHH) ont fait l’objet de notre étude. L’analyse moléculaire du gène CaSR qui code pour la protéine du récepteur du calcium a été effectuée chez cette famille afin de rechercher, dans un premier temps, cinq mutations cibles. La PCR-RFLP a montré l’absence de la mutation P55L (exon 2) chez les cinq membres étudiés. Bien que le séquençage automatique ne nous a pas permis de détecter les mutations Y218C (exon 4) et H595Y, P748H et C765W (exon 7), nous avons identifié une nouvelle délétion de 15 pb (c.1952_1966del) à l’état homozygote au niveau de l’exon 7 du gène CaSR chez la patiente étudiée présentant une NSHPT. La même délétion a été décelée à l’état hétérozygote chez tous les membres analysés de sa famille. Cette mutation pourrait être responsable de la perte de fonction du récepteur du calcium chez la famille étudiée.

Le syndrome de Rett. décrit chez la fille, se caractérise par un trouble grave et global du développement du système nerveux central.

Il est causé par des mutations du gène Mecp2 (methyl-CpG-binding protein 2) en Xq28, qui comprend 4 exons, dont le premier est non codant.

Plus de 200 mutations ont été décrite à ce jour.

Le diagnostic du syndrome de Rett. ne peut se faire que sur la base de l'examen clinique, il est confirmé secondairement par des techniques moléculaire (Amplification-séquençage direct).

Une analyse globale de la séquence codante du gène MECP2 chez 100 patientes algériennes, nous a permis d’identifier plusieurs anomalies moléculaire fréquemment décrite dans la littérature, essentiellement au niveau de l’exon 4 ; il s’agit de mutations faux-sens, mutations non-sens, et mutations frameshift de type délétion.

Ce travail nous a permis d’étiqueter 4 mutations non décrites dans la littérature, spécifique à notre population.

Les maladies mitochondriales, sont des maladies de présentation clinique très variée et de diagnostic difficile. Elles sont dues à l’altération de gènes localisés soit sur l’ADN mitochondrial (ADNmt), soit sur le génome nucléaire (ADNg). Les investigations génétiques portent sur le séquençage de la totalité de l’ADNmt puis en cas de négativité sur des panels larges de gènes nucléaires. Seule la mise en évidence du gène causal permet d’affirmer le diagnostic de maladie mitochondriale. Cette stratégie nécessite dans la plupart des cas 2 étapes puisque la mise en évidence d’un variant pathogène de l’ADNmt  est assez rare en particulier en pédiatrie. L’utilisation d’un panel commun ADNmt +ADNg est actuellement peu réalisée du fait de la présence dans l’ADNg de pseudogènes mitochondriaux et donc par crainte d’un mauvais séquençage de l’ADNmt. Nous avons effectué une comparaison de la détection des variants de l’ADNmt entre notre nouveau panel commun et notre technique de séquençage actuelle de l’ADNmt. Le but est de pouvoir rendre des résultats les plus complets le plus rapidement.

Méthode

Les ADN de 15 patients ont été étudiés  par les deux techniques. Les ADNs extraits des leucocytes ou muscle ont été analysés par un panel NGS-capture (Roche NibelGen, Madison, WI, USA), comprenant les exons  et les jonctions exon-intron de 244 gènes associés aux maladies mitochondriales et l’intégralité de l’ADNmt. L’analyse isolée de l’ADNmt est réalisée à partir d’une amplification par PCR longue de l'ADNmt en 2 fragments de grande taille 15 kb et 13 kb qui permettent de couvrir intégralement l'ADNmt. Les deux produits de ces PCR chevauchantes sont réunis et subissent une tagmentation  avec le kit Nextera®XT DNA. Les deux séquençages sont effectués sur  MiSeq, Illumina. La profondeur, la couverture, le nombre de variant par patient, leur concordance ainsi que leur hétéroplasmie ont été comparés.

Résultats

-          Les profondeurs et couvertures pour l’ADNmt sont bonnes pour les deux méthodes et supérieures au seuil limite choisi par le réseau Mitodiag. L’ajout de l’ADNmt ne modifie pas ces paramètres pour l’ADNg.

-          Une seule discordance a été observée mais celle –ci provenait du fait que les deux tissus testés étaient différents : muscle et leucocytes. L’absence de la détection du variant pathogène dans les leucocytes par la capture a été confirmée par séquençage sanger. Cette mutation n’était présente que dans le muscle à 70% d’hétéroplasmie.

-          L’étude de 3 patients présentant des variants pathogènes a montré que les deux méthodes permettaient leur détection avec la même hétéroplasmie   

Conclusion

L’analyse commune des deux ADN sur le même panel ne modifie pas les performances analytiques pour la détection des variant de l’ADNmt ni la couverture de l’ADNg. Cependant elle permet de donner aux cliniciens un résultat plus complet rapidement en particulier en pédiatrie où les gènes les plus souvent impliqués sont nucléaires.

La trisomie 2 homogène est une anomalie chromosomique non viable responsable de 1 à 6% des fausses couches spontanées au premier trimestre et de 1,1% de tous les avortements spontanés.  En mosaïque, elle est l’une des trisomies les plus fréquemment impliquées dans le pseudomosaïcisme avec une prévalence au niveau des prélèvements de villosités choriales estimée à 1 sur 2000. Sa mise en évidence au niveau du liquide amniotique est un phénomène très rare, dont la fréquence est estimée à 1/1.000.000. Le tableau clinique associe un retard de croissance intra-utérin, une microcéphalie, une hypoplasie hémifaciale, une dysmorphie faciale ainsi qu’une  atteinte cardiaque, neurologique et pulmonaire. Jusqu’à présent, 20 cas ont été rapportés dans la littérature. Nous rapportons ici un nouveau cas de trisomie 2 en mosaïque mise en évidence sur une ponction de liquide amniotique chez une femme de 40 ans primigeste et sans antécédent particulier.

Au cours du 1^er trimestre de la grossesse, l’évaluation du risque global de la trisomie 21 a montré un risque élevé à 1/10. Une biopsie de trophoblastes a été réalisée à 13SA. L’analyse cytogénétique a montré un caryotype féminin déséquilibré avec présence d'une trisomie 2 à l’examen direct (73%) et à la culture (100%). Une mosaïque confinée au placenta a donc été fortement suspecté. Une échographie faite à 15SA a montré un retard de croissance intra-utérin avec une longueur fémorale à -4 Z-Score.  Une amniocentèse pratiquée à 16 SA a confirmé la trisomie 2 en mosaïque avec un pourcentage estimé entre 20 et 30%.  Au terme de ces résultats et après une consultation de conseil génétique, une interruption médicale de la grossesse était réalisée.

La trisomie 2 en mosaïque détectée au niveau du liquide amniotique est une aneuploïdie très rare. A travers cette observation,  nous insistons sur l’importance  de confirmer tout éventuel pseudomosaicisme par la réalisation d’un caryotype fœtal.

Background

Next generation sequencing and array-based techniques are generating a tremendous amount of data including many single nucleotide variations (SNV), small insertions/deletions (indel) and structural variations (SV). However, despite their important role either in genome evolution or in disease pathogenicity, SV are still difficult to be reliably detected and annotated.

Objective

To help identifying pathogenic SV in the genome of patients, we have developed AnnotSV.

Results

AnnotSV is a fast and efficient tool to annotate and classify SV identified from the human genome. AnnotSV supports either the VCF (Variant Call Format) or the BED (Browser Extensible Data) formats as input files. Our tool aims at providing annotations useful to i) filter out potential false positive variants from all the SV identified and ii) to interpret SV potential pathogenicity. In particular, AnnotSV can integrate the heterozygous and homozygous counts of called SNV/indel overlapping each SV for the patients of interest. This information can be useful to support or question the existence of a single SV. We also report a computed and unique allelic frequency relative to all benign overlapping SV from the Database of Genomics Variants (DGV, http://dgv.tcag.ca) that is especially powerful to filter out common SV.

Since the publication of AnnotSV in Bioinformatics (10.1093/bioinformatics/bty304), new substantial developments have been made. First, we have doubled the number of annotations available (60), including along the DGV, the OMIM (https://www.omim.org), the DDD (https://decipher.sanger.ac.uk/) data already included, the ClinGen (haploinsufficiency, triplosensitivity), the ACMG gene list (https://www.acmg.net/), the CNV intolerance score from ExAC (http://exac.broadinstitute.org), the pathogenic SV from dbVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/) and the enhancers/promoters from GeneHancer. Second, in order to help the clinical interpretation of the SV, AnnotSV now provides a systematic classification of each SV into one of the following classes: class 1 (benign), class 2 (likely benign), class 3 (variant of unknown significance), class 4 (likely pathogenic) and class 5 (pathogenic). This new ranking algorithm was implemented based on a dataset of ~23000 SV from ~2500 patients of which 380 were disease causing. Finally, a new web server interface is available to annotate and rank the SV online.

AnnotSV is freely available at the following address: https://lbgi.fr/AnnotSV. The website is well documented with several sections (annotations sources, ranking…), a detailed readme, training resources and a user-friendly web server interface.

Conclusion

We believe the substantial functionally, regulatory and clinically relevant annotations, the integrated SV classification and the new user-web server interface will be of great importance for the audience interested in human genomics including medical geneticists, cytogeneticists, bioinformaticians and genomics scientists.

Introduction 

Les mutations bi-alléliques de SFTPB sont généralement associées à des détresses respiratoires néonatale (DRNN) sévères chez des enfants nés à terme. L’imagerie thoracique montre des poumons d’emblée blancs, et l’analyse histologique pulmonaire retrouve typiquement des cloisons alvéolaires épaissies associées à un certain degré de protéinose alvéolaire. Nous rapportons l’observation d’un nouveau-né à terme ayant présenté une DRNN par hypertension pulmonaire supra-systémique sévère et résistante rapidement fatale. Une première enfant du couple, non consanguin, était décédée à J4 d’une DRNN en rapport avec une dysplasie alvéolo-capillaire (DAC) sans mésalignement des veines pulmonaires (MVP). Elle présentait par ailleurs une fente palatine. Le caryotype et la CGH array étaient normaux.

Investigations

La radiographie thoracique initiale était normale. L’échographie cardiaque a par ailleurs mis en évidence un double arc aortique. La biopsie pulmonaire a montré des parois alvéolaires rigides, sans protéinose alvéolaire, avec des artères hypoplasiques et la persistance d’un lit capillaire compatibles avec une DAC sans MVP. Sur la base de ces éléments et des malformations associées chez les 2 enfants atteints, une mutation du gène FOXF1 était suspectée.

Résultats

L’analyse moléculaire n’a pas retrouvé de mutation des séquences codantes et régions introniques flanquantes de FOXF1. En revanche, il a été mis en évidence que les deux sœurs atteintes étaient hétérozygotes composites pour les mutations non-sens c.111G > A p.(Trp37*) (exon 3, probablement pathogène), et décalant le cadre de lecture c.397delinsGAA p.(Pro133Glufs*95) (exon 5, pathogène) de SFTPB. Chacun des parents est hétérozygote pour une des mutations.

Discussion et conclusion

Les DRNN à terme avec anomalies de développement pulmonaire telles que les DAC sont rares et sont dans 60 à 80% des cas associées à des mutations du gène FOXF1 ou de ses régions régulatrices. Des malformations extra-respiratoires (cardiopathie congénitale, malrotations digestives, anomalies de la ligne médiane) sont fréquemment associées. Les mutations bi-alléliques de SFTPB sont associées à des pneumopathies interstitielles diffuses néonatales, mais n’ont été associées qu’une fois dans la littérature à une DAC. Ce cas clinique met en évidence la difficulté à cibler un seul gène dans la recherche étiologique des DRNN à terme, et étend le spectre phénotypique des mutations de SFTPB aux DAC.

Les désordres du développement sexuel (DSD) sont des troubles congénitaux, caractérisées par une discordance entre le sexe chromosomique, gonadique, ou anatomique. Bien que la fréquence de ces anomalies ait considérablement progressé au niveau de la population maghrébine, le phénotype n’est expliqué que partiellement chez certains cas. Nous rapportons dans cette étude les différents profils cliniques et chromosomiques des patients présentant un DSD. En se basant sur la classification de Chicago de 2005, nous nous proposons l’étiologie des DSD en Tunisie.

Il s’agit d’une étude rétrospective qui porte sur 241 patients ayant consulté pour exploration génétique d’une anomalie de différenciation sexuelle, sur une période allant de Janvier 2010 à Décembre 2018. Une analyse systématique par caryotype conventionnel a permis de reclasser les patients selon les formules chromosomiques et le phénotype génital et gonadique. Une étude moléculaire par différents techniques a été menée pour affiner notre recherche.

L’âge médian de nos patients est de 16 ans avec des extrêmes allant de 1 jour à 44 ans. Les patients sont repartis comme suit :47,71%(115/241) à 46 XY DSD, 36,09% (87/241) présentaient une anomalie des gonosomes et 16,18%(39/241) à 46, XX DSD. 37(15.35%) patients présentent une dysgénésie gonadique dont 22(59.4%)sont de type 46,XY ovotesticulaire DSD et 15(40.5%) de type 46,XX testiculaire DSD. Curieusement, le syndrome de Klinefelter (22,82%) et les patients à 46, XY ovo-testiculaire DSD sont les plus fréquents dans notre étude avec une fréquence de 22,82% et 9.12% respectivement. Toute techniques confondus, nous avons mis en évidence l’implication de certains gènes dans la différenciation sexuelle tels que SRY, DAX1, SOX9, LHCGR et AR, ainsi que d’autres gènes candidats tels que NCOR2,ETKNK2 et TLE3.

Notre stratégie d’exploration nous a permis de dévoiler un groupe de gènes causal chez certains patients. Chez les patients 46,XY ovo-testiculaire DSD, nous avons pu identifier des mutations ponctuelles au niveau des gènes  LHCGR ,AR et TLE3 pouvant expliquer le phénotype. Chez les patients 46,XX testiculaire DSD, une duplication du gène SOX9 ainsi qu’une présence ou absence du gène SRY a été identifié expliquant le phénotype. Ces données mettent en évidence la complexité de la différenciation sexuelle masculine ainsi que le diagnostic tardif de ces troubles dans les pays à faible niveau socio-économique où le diagnostic anténatal est presque inexistant.

 Devant l’hétérogénéité clinique et génétique, les DSD sont relativement sous-estimés, ce qui rend leur diagnostic tardif et plus difficile. A notre connaissance, il s'agit de la première étude statistique qui a permis de décrire le spectre clinique et génétique des DSD dans la population tunisienne. Ceci nous amènerait à mettre en place un diagnostic précoce dans le futur qui permettrait d’améliorer la prise en charge des patients.

Les mutations du gène BCAP31 situé sur le chromosome X ont été décrites en 2013 et sont responsables d’une déficience intellectuelle sévère associée à une dystonie et une surdité. Un décès prématuré est fréquent. Des anomalies de la substance blanche sont retrouvées sur l’IRM cérébrale. Dans la littérature, 11 patients de 6 familles, tous masculins, ont été décrits. Dans tous les cas, les variations génomiques étaient héritées à l’exception d’une survenue de novo.

De plus, 9 patients ont été décrits avec une délétion chromosomique de petite taille incluant BCAP31 et ABCD1 (gène de l’adrénoleucodystrophie) et/ou SLC6A8 (gène du transporteur cérébral de la créatine).

Le phénotype des patients délétés BCAP31 et SLC6A8 (2/9) est proche des patients avec une variation de BCAP31 seul, dont l’atteinte neurologique est plus sévère que lors d’une anomalie isolée de SLC6A8.

La sévérité du phénotype neurologique des patients délétés BCAP31 et ABCD1 (7/9) est aussi dominée par la délétion de BCAP31. Mais chez ces patients, tous décédés avant 1 an, une atteinte hépatique cholestatique sévère et constante est également présente, et non décrite à ce jour dans les anomalies isolées de BCAP31 ou ABCD1. Une cytolyse hépatique modérée a été décrite chez 3 patients avec anomalie isolée de BCAP31. L’hypothèse d’un effet synergique de la délétion de ces 2 gènes est avancée pour expliquer l’atteinte hépatique.

Nous rapportons 17 nouveaux patients de 14 familles ayant une anomalie du gène BCAP31 (15 garçons et 2 filles) : 11 familles avec une mutation ou délétion intragénique et 3 familles avec un microremaniement chromosomique responsable d’une délétion complète de BCAP31, associée à une délétion de SLC6A8 et/ou ABCD1. Tous les patients sauf un sont en vie, soit une mortalité qui semble moins élevée que les patients déjà décrits.

Le tableau clinique de ces patients associe, comme précédemment décrit, une déficience intellectuelle profonde (moins sévère chez les 2 filles et un garçon), une dystonie et/ou chorée, une surdité (9/13). L’épilepsie est peu fréquente (5/16). Des difficultés alimentaires sévères sont quasi constantes. Une cytolyse hépatique modérée est décrite chez 8/11 patients.

Un garçon délété BCAP31 et SLC6A8 a présenté un épisode unique d’insuffisance hépatique suite à une prise de Dépakine. Une fille délétée BCAP31 et ABCD1, présente une atteinte hépatique sévère. Un garçon délété BCAP31 et ABCD1, qui présente le tableau neurologique sévère attendu, n’a pas l’atteinte hépatique sévère décrite dans ce type de délétion (légère cytolyse hépatique à 10 mois).

A l’IRM cérébrale, des anomalies des noyaux gris et de la fosse postérieure semblent s’associer aux anomalies de la substance blanche.

Nous rapportons également 11 femmes conductrices symptomatiques (7/11 familles) avec une surdité (6/12) ou une épilepsie (2/12).

Des études fonctionnelles sur fibroblastes sont en cours pour une femme symptomatique (déficience intellectuelle) portant une mutation faux-sens.

Problématique

Concernant 1 naissance sur 100, les Troubles du Spectre d’Alcoolisation Fœtale (TSAF) représentent la cause la plus fréquente de troubles neurocognitifs et d’inadaptation sociale. Etablir un diagnostic de TSAF peut s'avérer difficile, en particulier si la dysmorphie est atténuée ou absente ou l’exposition prénatale à l’alcool non confirmée ; il n’est pas toujours aisé de distinguer un TSAF d’une autre cause de troubles développementaux, notamment chromosomique. Par ailleurs, la littérature scientifique fait état de patients atteints de TSAF et porteurs de microremaniements chromosomiques. L’objectif de cette étude est d’évaluer la fréquence des anomalies chromosomiques chez des patients avec TSAF.

Patients et Méthodes

Une ACPA a été réalisée chez 100 patients avec un TSAF établi suite au bilan spécialisé réalisé au Centre Diagnostic du CHU. Seuls les microremaniements confirmés et considérés comme pathogènes ont été retenus.

Résultats

2 patients porteurs d’une anomalie des chromosomes sexuels (monosomie X et syndrome XXY en mosaïque) ainsi que 13 patients avec 10 microremaniements différents ont été identifiés. Certains remaniements récurrents, associés aux troubles neuro-développementaux, sont identifiés à la fois dans la littérature et dans notre cohorte (loci 3q29, 15q13.3, 16p11.2). La mise en évidence d’une anomalie génétique associée peut rendre compte d’une majoration du phénotype 1- sur le plan cognitivo-comportemental en particulier dans les cas de duplication 15q11.3 et délétion 16p11.2, considérés comme des variants prédisposant aux troubles neuro-psychiatriques, 2 - sur le plan physique : par exemple la présence d’une monosomie X majore chez nos patientes le retard de croissance, et peut conduire à l’apparition d’une malformation notamment cardiaque ou aggraver ses conséquences ; l’anomalie génétique peut également modifier le phénotype, rendant plus difficile l’appréciation de la dysmorphie du SAF.

Conclusion

Cette étude est la première étude Française au sein d’une cohorte importante. Avec une proportion d’anomalies génétiques similaire à celles rapportées dans la littérature (15%), elle confirme l’importance de compléter à titre systématique les explorations réalisées lors du bilan d’un TSAF par un bilan génétique tant clinique que biologique. 

Ce bilan est fondamental afin 1 - de mieux disséquer les interactions entre patrimoine génétique et produit tératogène neurotoxique, 2 -  de proposer un bilan malformatif et un suivi appropriés ainsi qu’une prévention tertiaire optimale associant information vis-à-vis de la consommation d’alcool et conseil génétique de l’anomalie génétique.

De façon générale, cette étude vient conforter le plaidoyer d’une approche globale et multidisciplinaire des troubles du développement embryonnaire, avec sur le plan étiologique la recherche tant de facteurs environnementaux, tels les tératogènes évitables comme l’alcool, que de vulnérabilités intrinsèques, en particulier génétiquement déterminées.

Introduction :

Les dérivés chromosomiques sont des chromosomes remaniés résultant des différentes anomalies de structure en particulier les translocations réciproques et sont à l’origine de trisomies et de monosomies partielles. Ces dérivés chromosomiques sont souvent associés à un déficit intellectuel syndromique.

Objectif :

Nous rapportons les caractéristiques cliniques et cytogénétiques d’une patiente ayant un dérivé du chromosome 9 par translocation (9;16) générant une trisomie partielle 16q23-qter rarement décrite (une quinzaine de cas rapportés) et une monosomie partielle 9p24.3-pter.

Matériels et méthodes :

Une étude clinique, un caryotype standard et une étude complémentaire par hybridation in situ fluorescente (FISH) et par hybridation génomique comparative sur réseau d’ADN (CGH array) a été réalisée pour notre patiente.

Observation :

Il s’agit d’une fille âgée actuellement de 7 ans, adressée à notre service à l’âge de 1 an pour syndrome malformatif. Le développement psychomoteur était retardé avec une position assise acquise à l’âge de 1 an, une marche acquise à l’âge de 2 ans et 4 mois et une parole bisyllabique à l’âge de 6 ans. L’examen a montré un retard staturo-pondéral (-2DS), des anomalies squelettiques (coudes en flexion et pieds valgus), une hernie ombilicale, un souffle cardiaque, une fente palatine et une dysmorphie faciale.  L’exploration cardiaque a montré un canal artériel perméable de 2 mm.

Un caryotype standard a permis d’identifier du matériel chromosomique additionnel au niveau du bras court du chromosome 9. Les caryotypes des parents étaient normaux. Une étude complémentaire par hybridation in situ fluorescente (FISH) a montré une délétion de la région télomérique 9pter. Une hybridation génomique comparative (CGH array) a été réalisée et a mis en évidence une duplication terminale d’environ 8,7 Mb du bras long du chromosome 16 (région 16q23.2-q24.3) et une délétion terminale du bras court du chromosome 9 (région 9p24.3) de 1,14 Mb. La  FISH a permis de confirmer que le matériel chromosomique additionnel sur le chromosome 9 dérive du chromosome 16.

Conclusion :

Notre patiente présente des signes cliniques communs à la trisomie 16qter et la monosomie 9pter tels que le retard psychomoteur et mental et la malformation cardiaque. La dysmorphie faciale se rapproche plus de celle décrite dans la trisomie 16q. La fente palatine, le retard de croissance et les anomalies squelettiques présents chez notre patiente ont été décrits dans la trisomie 16q23-qter. Les anomalies anorectales souvent associés à la trisomie 16q et la trigonocéphalie et les signes dysmorphiques associés à la monosomie 9pter n’ont pas été retrouvés chez notre patiente. La CGH array nous a permis de caractériser l’anomalie de structure, d’établir une corrélation génotype phénotype précise et de donner un conseil génétique adéquat.

Abstract
Objective.  Callous callosum malformation (CCM) is the most common brain abnormality found in antenatal diagnosis and it is difficult to predict its neurological prognosis. The aim of this study is to evaluate the performance of array comparative genomic hybridization (aCGH) prenatal diagnosis in corpus callosum malformations. 

Methods. In this French multicenter retrospective study, 256 fetuses with corpus callosum malformation were included. All underwent invasive prenatal diagnosis, and the samples were analyzed using aCGH. CCMs were grouped depending on the presence of additional malformations affecting the brain and/or other organs and the CCM subtype. 

Results. Of the 256 fetuses included, 42% had isolated CCM (iCCM). The most frequent CCM was agenesis (N=176, 69%). A total of 56 (24%) chromosomal anomalies were detected prenatally with 38% (N=21) diagnosis by aCGH only. Nine chromosomal anomalies were detected in group of iCCM and 47 of non isolated (niCCM). The risk of chromosomal anomalies is 10% for iCCM, 15% for niCCM associated cerebral malformation, 31% for niCCM associated extracerebral malformation and 54% for niCCM associated cerebral and extracerebral malformation.

Conclusion. CCM is often associated with chromosomal anomalies. This study evaluated the risk of detecting a chromosome anomaly according to whether CCM is isolated or associated with other anomalies. The results of this study are helpful for defining risk during pre-test counselling and during post-test genetic counselling prognosis and management can be more thoroughly apprehended when a specific chromosomal anomaly is detected.

Introduction :

Les leucémies aiguës lymphoblastiques de type B (LAL-B) sont caractérisées par la présence au niveau de la moelle et du sang, de cellules immatures appelées blastes lymphoïdes. Elles sont plus fréquentes chez l’enfant : 75% des cas rapportes surviennent chez des patients de moins de 18 ans avec un pic de fréquence entre 2 et 5 ans. Les anomalies chromosomiques ont une valeur diagnostique, pronostique et sont un élément décision thérapeutique important indépendamment de l’ensemble des autres examens biologiques et cliniques. La technique de cytogénétique conventionnelle à elle seule ne permet pas de détecter l’ensemble des anomalies chromosomiques plus particulièrement les remaniements et les translocations cryptiques dont la translocation t (12;21) responsable du transcrit de fusion ETV6-RUNX1, observée dans 25% des LAL-B de l’enfant.

Méthode :

Nous rapportons dans cette série, une étude prospective, de juin 2016 à décembre 2018, intéressant 50 enfants adressés au service de cytogénétique au laboratoire national de référence pour étude cytogénétique. Le caryotype sur moelle a été réalisé avec une culture de 17h, complété dans certains cas par l’hybridation in situ par fluorescence (FISH) a la recherche du réarrangement MLL et la translocation t (12;21)(p13;q22).

Résultat :

L’âge de la cohorte de notre série variait de 1 an à 18 ans avec une médiane d’âge de 7 ans. Le caryotype standard a été réalisé chez 41 patients dont 27 (66%) ont révélés la présence des anomalies chromosomiques. Les 9 autres caryotypes ont été réalisés ailleurs, et ont bénéficiés seulement de la FISH.

 L’hyperdiploidie est l’anomalie la plus fréquente retrouvée chez 8 cas, tandis que l’hypodiploïdie a été retrouve chez un seul cas. Pour les anomalies de structure, la translocation t (12;21)(p13;q22) est la plus fréquente retrouvée  chez 6 enfants, 3 ont été visible par caryotype standard et confirmée par FISH, tandis que 3 autres cas ont été révélés seulement par FISH. En outre, d’autres anomalies chromosomiques ont été décelées telle que la translocation t (9;22)(q34;q11.2) chez 2 enfants, la translocation t (1;19)(q23;p13) chez 2 enfants, et la délétion du chromosome 6 del(6)(q16q23) chez un enfant. Cependant, les résultats de la recherche du réarrangement MLL s est averti négatifs.

Conclusion :

La cytogénétique a une place importante dans le diagnostic des LAL-B de l’enfant. Le caryotype standard permet de détecter les anomalies chromosomiques les plus fréquentes, cependant il doit être complété par FISH afin de détecter les aberrations cryptiques. La translocation t (12;21), et le réarrangement du MLL doivent être réalisées  systématiquement car elles ont un pronostic considérable.  

La maladie de Wilson est une maladie génétique transmise selon un mode autosomale récessif, elle est due à une accumulation de cuivre dans l’organisme, essentiellement dans le foie et le système nerveux central.

L’évolution de la maladie de Wilson, non reconnue à temps est sévère et

Spontanément mortelle, dans un tableau d’insuffisance hépatocellulaire sévère.

Cette pathologie est due à une anomalie de transporteur de cuivre, codé par le gène l’ATP7B, situé sur le chromosome 13, et comprenant 21 exons.

Le diagnostic biologique de cette affection est biochimique, en explorant le métabolisme du cuivre au niveau sanguin et urinaire (Céruloplasmine, Cuprémie, Cuprurie), et plus rarement par détermination du cuivre intra-hépatique.

Un diagnostic moléculaire est secondairement proposé aux familles par étude du gène ATP7B.

Notre travail a porté sur une cohorte de 20 patients (enfants, et adultes), adressés au laboratoire par les différents services de pédiatrie, neurologie, et gastro-entérologie.

L’étude moléculaire a été établi pour le cas index en premier lieu, élargi secondairement à la fratrie. Un séquençage Sanger a été réalisé sur l’ensemble des parties codantes du gène ATP7B.

L’identification de la mutation familiale correspond au seul moyen permettant d’établir un conseil génétique fiable, identifiant les hétérozygotes des porteurs asymptomatiques, ce qui permettra l’instauration du traitement avant que les signes cliniques n’apparaissent

Notre service a été sollicité par les services de l’Aide Sociale à l’Enfance pour l’évaluation d’une fratrie de 3 enfants âgés de 7, 4 et 2 ans, placés dans un contexte de suspicion de maltraitance. L’aîné de la fratrie présentait un tableau caractéristique de syndrome d’Ehlers-Danlos de type classique (SEDc) avec fragilité cutanée importante et hyperlaxité ligamentaire et selon la classification diagnostique de New-York (Malfait et al, 2017): 2 critères majeurs et 5 critères mineurs. Les deux autres enfants, ne présentaient aucun signe de SEDc mais un retard d’acquisition, de langage et des traits autistiques. Dans ce contexte, nous avons entrepris la recherche de mutation dans les gènes du collagène V par l’analyse de notre panel de 29 gènes en NGS et identifié rapidement la mutation : NM_000093.3(COL5A1):c.3179G > A (ou p.Gly1060Glu) confirmant le diagnostic de SEDc chez l’aîné. La recherche chez les parents et les autres enfants de cette mutation montre la présence d’un mosaïcisme somato-germinal de bas grade (env. 10-15%) sur le prélèvement du père (asymptomatique) et l’absence de la mutation pour les autres membres de cette famille. Pour les deux autres enfants, la recherche de syndrome de l’X fragile est revenue positive avec la présence d’une mutation complète à plus de 200 répétitions CGG chez la mère (paucisymptomatique) et les deux autres enfants, expliquant ainsi les difficultés neurodéveloppementales détectée par les services de l’ASE. Suite à ces résultats, les parents ont pu progressivement récupérer la garde de leurs enfants et être mis hors de cause vis-à-vis de cette suspicion de sévices. Nous n’avons pas connaissance d’autre cas de mosaïcisme somato-germinal dans le contexte de SEDc en rapport avec les collagènes V. Le conseil génétique a pu être précisé pour les deux affections et une surveillance cardiaque ainsi que le dépistage d’anomalies de l’hémostase primaire recommandée chez le père.

Les derniers changements comme la facturation des tests de diagnostic ou la mise en place d’automate a rendu rapide dans les laboratoires d’anatomopathologie nous poussent à revoir notre proposition de service. En effet le tout NGS, rend l’accès au diagnostic difficile pour certains établissements et c’est une perte de chance pour les patients. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt de la pcr digitale (dPCR) pour l’analyse d’échantillons ffpe et de positionner cette technique dans notre workflow.

Dans le cadre du diagnostic des tumeurs solides, nous avons évalué différents kits de la société ID Solution sur l’appareil Naica Geode (Stilla) afin d’analyser les mutations de l’EGFR pour l’analyse des cancers broncho-pulmonaires, les mutations KRAS et NRAS pour l’analyse des cancers colorectaux et les mutations BRAF pour l’analyse des mélanomes. Les résultats de dPCR ont été́ comparés aux résultats obtenus par la technique de référence du laboratoire : séquençage NGS par stratégie d'enrichissement par amplification multiplexe (panel design maison) utilisée jusqu’à présent pour le diagnostic de routine. Nous avons testé la sensibilité et la spécificité de cette technique et étudié l’impact de la qualité de l’ADN sur les résultats.

Au total, 108 analyses ont été réalisées (52 échantillons porteurs d’une mutation, 21 échantillons non mutés, 24 échantillons avec un pourcentage de cellules tumorales inférieur à 10% et 11 échantillons rendus « non contributif » par notre technique de routine). Considérant le NGS comme méthode de référence et pour les types de variants testés, nous obtenons une sensibilité 1,00 et une spécificité 0,98 par cette première approche de dPCR sur nos échantillons ffpe. La dPCR a permis de mettre en évidence une mutation de résistance T790M (AF 0,46%) non détecté par la technique de NGS confirmant ainsi la sensibilité de la dPCR. Sur des échantillons de moins bonne qualité et difficile à interpréter en NGS, l’approche dPCR combinant l’analyse de molécule unique et la sensibilité de détection, nous a permis de conclure sur l’absence de mutation en toute sécurité.

Cette expérience montre l’intérêt d’une telle approche dans notre laboratoire : rapidité d’analyse, sensibilité, spécificité et robustesse de la technologie face à la dégradation de certains échantillons. Avant de pouvoir utiliser cette technologie en routine, plusieurs points doivent encore être améliorés : 1) normaliser et limiter la quantité d’ADN 2) utiliser l’UNG (uracil n glycosylase) sur les échantillons ffpe pour limiter le « phénomène de pluie » et faciliter l’interprétation, 3) définir les mutations qui doivent être détectées pour éviter des erreurs de prise en charge thérapeutique La rapidité d’obtention du résultat nous permettrait d’enchainer avec une technique de NGS plus large en cas d’absence de détection de mutation par la dPCR sans perte de chance pour le patient.

Les mouvements en miroir congénitaux (MMC) correspondent à une maladie génétique rare à transmission autosomique dominante et à pénétrance incomplète. Les MMC se caractérisent par des mouvements involontaires d'un côté du corps qui reflètent les mouvements intentionnels de l'autre côté du corps. Ils apparaissent précocement puis persistent tout au long de la vie en l'absence d'autres symptômes neurologiques. Les patients atteints de MMC présentent habituellement une décussation anormale du tractus cortico-spinal.

A ce jour, les principaux gènes responsables de MMC sont RAD51, DCC et NTN1. DCC et Nétrine-1 forment un couple ligand/récepteur bien connu pour son rôle dans le guidage axonal, ainsi leur implication dans les MMC n’est pas surprenante. RAD51 est connue pour son rôle clé dans la réparation de l'ADN par recombinaison homologue, et la découverte de son implication a révélé un rôle totalement inattendu de ce gène dans le développement du système nerveux moteur. 

Nous disposons d’une cohorte de patients atteints de MMC qui nous permet d’étudier la fréquence des mutations et leur localisation dans les trois gènes connus de MMC. Environ la moitié de ces patients présente une mutation pathogène ou potentiellement pathogène dans l’un des trois gènes. 

Pour évaluer la pathogénicité des variants identifiés dans les gènes NTN1 et RAD51, nous étudions leur impact sur les propriétés biochimiques et cellulaires des protéines codées. Les protéines nétrine-1 mutées, exprimées dans des lignées cellulaires stables, sont presque exclusivement détectées dans le compartiment intracellulaire. La nétrine-1 étant une molécule de guidage extracellulaire diffusible, la physiopathologie implique donc probablement une perte de fonction de la protéine. 

De même, nous avons montré que les patients atteints de MMC porteurs d’une mutation tronquante RAD51 (R254*) présentent des taux d'ARNm réduits, probablement en raison de la dégradation de l’ARNm muté par le nonsense-mediated mRNA decay (NMD). Nous avons observé une diminution de l'expression de la protéine RAD51 dans les lymphocytes de ces patients MMC. Ces résultats montrent que cette mutation entraîne une haplo-insuffisance de RAD51 suggérant fortement que des mutations perte de fonction de RAD51 sont à l’origine des MMC chez l'Homme. 

La découverte récente de mutations non tronquantes dans le gène RAD51 (telle que R250Q) nous permet d'analyser in vitro les propriétés biochimiques des protéines mutées et d'étudier leur localisation subcellulaire dans des neurones corticaux de souris. A plus long terme, l’analyse fonctionnelle des protéines mutantes nous permettra de formuler et de tester de nouvelles hypothèses pour comprendre les mécanismes physiopathologiques qui conduisent à l'apparition des MMC.

Dans le contexte des méthodes d'imputation en population (par exemple Impute2), les avantages intuitifs de l'inclusion d'haplotypes spécifiques à la population étudiée dans le panel de référence ont maintenant été largement démontrés. Dans certains cas, comme dans l’étude de populations isolées, il peut être possible d’inclure des membres du panel de référence étroitement liés aux individus cibles; donnant ainsi une précision d'imputation exceptionnellement élevée.

Ces résultats suggèrent l'importance de correspondances entre les haplotypes cibles et de référence, en d'autres termes, les régions susceptibles d'être partagées identique par descendance (IBD), dont la détection est généralement la base des méthodes d'imputation basées sur les généalogies. Toutefois, dans la plupart des cas, les informations sur le partage de l'IBD ne seront pas suffisantes pour imputer les génotypes manquants sur l'ensemble du génome, car des régions partagées identifiables ne couvriront pas l’ensemble des chromosomes.

Cela a conduit à l’idée de combiner les méthodes en population et celles basées sur l’IBD. Bien qu'une intégration complète des deux systèmes n'ait pas encore été démontrée, deux logiciels récents offrant des approches en deux étapes ont été proposés: Ped-Pop et Kinpute. Ces méthodes visent à améliorer de manière significative l'exactitude des génotypes imputés par des méthodes en population en ajoutant l'information sur le partage du génome IBD. Ici, nous passons en revue ces deux logiciels et effectuons des tests sur des simulations basées sur la structure d’isolats génétiques du Cilento dans le sud de l’Italie. Cela nous permet de déterminer et de fournir des exemples de scénarios spécifiques dans lesquels de telles méthodes peuvent être le plus ou le moins efficaces.

Introduction :

On estime à 10% l’incidence des troubles de la fertilité. Dans 30 à 40% des cas, un trouble de la fonction ovarienne est identifié. Suite au bilan standard la majorité des infertilités ovariennes reste inexpliquée.

L’objectif de l’étude est d’évaluer l’apport des analyses génomiques (CGH et NGS) au diagnostic étiologique de ces infertilités.

Matériel et méthodes :

-Cohorte de 25 patientes de moins de 36 ans présentant une infertilité d’origine ovarienne inexpliquée (23 insuffisances ovariennes prématurées (IOP), et 2 troubles de la folliculogénèse avérés)

-Recherche de remaniements chromosomiques par CGH-array (Agilent, 180K)

-Recherche de variants géniques par NGS (Exome Clinique Sophia Genetics)

-Confirmation des variants identifiés et enquête familiale par caryotype, FISH, PCR semi-quantitative ou séquençage Sanger selon la nature du variant identifié.

Résultats :

La CGH-array a permis d’identifier 2 remaniements causaux dans des contextes d’IOP (délétion récurrente 15q25.2 (CPEB1), recombinant de l’X non visible au caryotype), et 4 autres remaniements d’intérêts peu ou pas décrits comprenant des gènes candidats dans l’infertilité (NAIP, DMXL2, SPANXC, SLCO3A1).

L’analyse NGS de 6 patientes, a permis d’identifier des variants causaux pour 3 familles :

Mutation tronquante homozygote dans le gène FIGLA identifiée chez 2 sœurs présentant une IOP franche.

Mutations faux-sens dans le gène MLH3 à l’état hétérozygote composite identifiées chez une patiente présentant un blocage méiotique diagnostiqué lors de la fécondation in vitro.

Mutation faux sens homozygote dans le gène ZP1 chez une patiente présentant un syndrome des complexes cumulo-ovocytaires vides diagnostiqué lors de la fécondation in vitro.

Discussion :

Cette étude a permis d’objectiver l’apport des explorations génomiques dans l’infertilité féminine inexpliquée. Au total une origine génétique a été identifiée pour 6 patientes et des variants d’intérêt  nécessitant des études complémentaires chez 4 autres patientes. Le rendement diagnostique de notre étude est donc de 25%.

Les causes génétiques occupent une place prépondérante dans l’infertilité puisqu’on estime qu’environ 50% des infertilités auraient une composante génétique isolée ou associées à d’autres facteurs. Malgré cela les causes génétiques de l’infertilité restent encore majoritairement inconnues. Combiner une approche chromosomique et une approche génique permettrait d’identifier le substratum moléculaire des infertilités inexpliquées.

Les anomalies du développement sont un problème important de santé publique. Bien qu’en grande partie d’origine génétique, le diagnostic étiologique reste compliqué en raison d’une grande hétérogénéité génétique (chromosomique et monogénique).  

Après évaluation clinique, et en l’absence d’orientation évidente vers une cause chromosomique ou génique, une analyse de premier niveau telle que l’ACPA (Analyse Chromosomique sur Puce à ADN) est réalisée. Puis, dans un second temps, une analyse par NGS (Séquençage Haut Débit) sera réalisée(panel de gènes orienté par le phénotype, exome clinique ou exome complet). Ainsi, l’association de l’analyse par ACPA et par étude d’un grand panel permet d’obtenir un diagnostic dans 30 à 40% des cas.

Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à une technologie de NGS basée sur la capture des séquences codantes de 5227 gènes associée à la capture de régions intergéniques réparties de façon homogène sur l’ensemble du génome (sondes « backbone ») (technologie OneSeq Constitutional Research Panel, Agilent Technologies). Cette technologie permet, au cours d’une technique unique, de rechercher les variants nucléotidiques dans un panel de 5227 gènes impliqués en pathologie, de détecter les délétions et duplications chromosomiques par l’étude de la profondeur de séquençage des sondes « backbone » et d’identifier les régions d’homozygotie.

Nous avons étudié 14 patients présentant diverses anomalies du développement avec un génotype chromosomique connu (délétion 22q11.21, dérivé de translocation, délétion 15q11.2, recombinant, tétrasomie 12p…). La technologie OneSeq a permis de retrouver 11 variants préalablement identifiés en ACPA avec un chevauchement médian des coordonnées génomiques de 96% (minimum 27%, maximum 99%). Trois autres patients présentant une trisomie 13 en mosaïque (~23%) diagnostiquée par FISH, une disomie uniparentale du chromosome 15 diagnostiquée par marqueurs microsatellites et une trisomie 13 homogène diagnostiquée par QF-PCR ont également été correctement identifiés.

Ces premières données semblent indiquer que la technologie Oneseq pourrait à terme être discutée comme une alternative à l’association de l’ACPA et de l’étude d’un panel de gènes en première intention dans le diagnostic des anomalies du développement. Cette technologie permet en effet de combiner ces deux approches en une seule technique, et ainsi diminuer le délai et le coût analytique. La poursuite de cette étude avec l’analyse d’une plus grande série de patients est en cours pour confirmer ces résultats et améliorer la sensibilité.

Une étude médico-économique devra être réalisée afin d’envisager les possibilités de pérennisation de cette technologie.

Le séquençage haut-débit de l’exome et du génome a permis de réduire l’errance diagnostique de patients atteints de maladies génétiques rares. Cependant ces approches ne permettent pas toujours d’identifier les variations génétiques expliquant ces maladies.

Le séquençage de l'ARN (RNASeq) permet de nombreuses applications, telles que l’analyse de la modification de l’expression des gènes ou la détection d’événements d’épissage alternatif. Ainsi, ces applications peuvent permettre d’améliorer le diagnostic chez les patients pour lesquels le séquençage de l'exome ou du génome n'a pas été concluant, notamment en aidant à l’interprétation de certaines variations, par exemple, des variations non codantes ayant un impact fonctionnel.

Toutefois, dans le cadre du diagnostic des maladies rares, le design expérimental de l’analyse RNASeq diffère de celui d’une analyse d’expression différentielle qui compare des groupes d’échantillons avec réplicats dans différentes conditions. Afin de détecter des événements pathogéniques, la stratégie consiste à identifier des événements aberrants (niveaux d'expression génique, événement d’épissage) par rapport à une large population, l’échantillon d’un patient étant alors comparé aux échantillons d’une large cohorte. Actuellement, peu de méthodes et d’outils bioinformatiques et statistiques ont été développés pour cette approche.

Afin d’évaluer leur capacité à détecter des événements aberrants, nous avons comparé différentes méthodes bioinformatiques sur les données RNASeq issues d’échantillon de sang d’une cohorte de 28 patients atteints de maladies rares non diagnostiquées par le séquençage d’exome. Pour la détection de gènes exprimés de manière aberrante, deux méthodes ont été testées : une approche utilisant DeSeq2 avec un design comparant l’échantillon de chaque patient au reste de la cohorte ; et un outil dédié, OUTRIDER qui détecte les niveaux d'expression génique déviant significativement de la distribution de la population. Pour la détection d’événements d’épissage aberrant, l’outil rMATs, qui se base sur l'estimation du niveau d'expression des exons, et l’outil Leafcutter, qui estime l'utilisation des introns, ont été testés en comparant l’échantillon de chacun des patients au reste de la cohorte. Au sein des 28 échantillons, nous avons ainsi détecté entre 0 et 300 gènes exprimés de manière aberrante par échantillon avec une médiane de 3 gènes par échantillon. De 0 à 141 (médiane = 5) et de 37 à 556 (médiane = 74) événements d’épissage aberrants par échantillon ont été détectés avec Leafcutter et rMATs, respectivement. Ces comparaisons nous permettront de valider une stratégie pour l’analyse des données RNASeq dans le contexte particulier des maladies rares. L’intégration de ces résultats avec les données de séquençage d’exome et de génome permettront d’évaluer la capacité de ces approches à améliorer l'interprétation clinique des variations des patients atteints de maladies rares.

Les variants de la neuropeptidase endothelin converting enzyme like 1 (ECEL1) sont associés à une forme autosomique récessive d'arthrogrypose distale. Les principaux signes cliniques comprennent une amyotrophie des membres inférieurs avec limitation de la flexion des genoux, associée à une scoliose, une camptodactylie, une amyotrophie linguale, des signes ophtalmologiques dont le ptosis et la lagophtalmie, ainsi qu'à un syndrome restrictif pulmonaire. A partir de l'analyse des données phénotypiques chez 23 familles, nous décrivons le spectre clinique associé aux variants du gène ECEL1. Nous discutons des relations génotype-phénotype et rapportons cinq variants non décrits dans la littérature. Afin de déterminer la pathogénicité des variants de signification inconnue et apporter des éléments physiopathologiques, nous utilisons un test d’activité in vitro avec ECEL1 recombinant en parallèle d’études de localisation cellulaire de la protéine. La quantification de l'activité neuropeptidase permet de montrer une diminution de l’activité enzymatique pour le variant récurrent p.(Cys760Arg). A travers la description clinique, l’analyse de données d’imagerie musculaire et l’étude moléculaire, nous caractérisons ainsi le phénotype associé à l’arthrogrypose liée aux variants du gène ECEL1.

Glioblastoma is the most aggressive malignant type of central nervous system tumors. The literature review revealed that the most common genetic abnormalities in primary and secondary glioblastomas are IDH1 / 2 mutation, p53 mutation, and overexpression of EGFR. To our Knowledge, this is the first Moroccan study that gives a holistic picture of genetic studies done in Moroccan patients to describe genetic marker and their frequency in our population. A profound research in ScienceDirect and Pubmed of articles treated glioblastoma in Morocco, this research based on these following keywords: Glioblastoma Morocco, Primary glioblastoma Morocco, secondary glioblastoma Morocco. We found only three research articles on genomic alteration of IDH1 / 2, p53 and EGFR expression.

L’agénésie du corps calleux (ACC) est la plus fréquente des malformations cérébrales avec une prévalence allant de 1,4 à 2,5 pour 10000 naissances vivantes. Elle peut être complète ou partielle, isolée ou associée à d’autres signes malformatifs (malformations cérébrales ou extra-cérébrales). Son expression clinique est variable allant des formes asymptomatiques où l’ACC est de découverte fortuite, aux formes syndromiques avec une déficience intellectuelle sévère.

BUTS DU TRAVAIL :

1- Déterminer les caractéristiques épidémiologiques et cliniques des agénésies du corps calleux syndromiques.

2- Souligner l’intérêt de l’examen clinique dans l’orientation étiologique de ces ACCs.

METHODES :

Il s’agit d’une étude descriptive et rétrospective de patients ayant une ACC syndromique, colligés sur une période de 16 ans, allant de janvier 2002 à décembre 2018, au service des Maladies Congénitales et Héréditaires à l’hôpital Charles Nicolle de Tunis.

RESULTATS :

Nous avons colligé 47 cas d’ACC qui étaient adressés principalement pour un retard de développement. La médiane d’âge était de 1,75 ans [0,58 ; 7,41] et le sex-ratio M/F était de 1,1. Les signes les plus fréquents révélés par l’examen clinique étaient : une microcéphalie (50%), un retard de croissance (37%), une dysmorphie faciale (94%), des anomalies des membres (50%) et des anomalies des organes génitaux externes (19%). Soixante-neuf pourcent des patients présentaient des troubles visuels et 22% une surdité. Une cardiopathie congénitale était identifiée dans 23,5% des cas.

La majorité de nos patients avaient un pronostic neurologique défavorable. Nous avons noté un retard des acquisitions motrices dans 78% des cas, un retard de langage dans 85% des cas, une déficience intellectuelle constante chez les patients âgés de plus de trois ans et une épilepsie dans 41% des cas. Des troubles de comportement étaient notés chez 10 patients avec une prédominance de traits du trouble du spectre de l’autisme.

L’IRM cérébrale réalisée chez tous les patients a objectivé une ACC complète dans 64% des cas et partielle dans 36% des cas. L’agénésie calleuse était associée à d’autre(s) anomalie(s) encéphalique(s) dans 57% des cas avec une prédominance des anomalies corticales et/ou de la migration neuronale et des anomalies de la fosse postérieure.

Les techniques de cytogénétique ont permis d’identifier une anomalie chromosomique chez un patient (trisomie 8 en mosaïque). Les études moléculaires ciblées se sont revenues normales. Le séquençage haut débit n’a été réalisé pour aucun patient devant sa non disponibilité comme un diagnostic de routine en Tunisie.

CONCLUSION :

L’étude clinique a permis d’orienter le diagnostic chez environ 40% de nos patients. Même en l’absence de confirmation génétique, cette orientation clinique nous a permis de donner un conseil génétique approprié aux couples, en terme de pronostic mais aussi de risque de récurrence.

Objectifs:

L’arthrose est la pathologie articulaire la plus fréquente au monde. C’est une pathologie hétérogène qui touche des individus de tout âge. A l’inverse, l’arthrose précoce non syndromique est une affection très rare et principalement familiale. Des critères diagnostiques de l’arthrose précoce ont été définis par Aury-Landas et al. : preuve radiologique d’arthrose, IMC < 30, âge de début < 40 ans, ≥ 1 articulation atteinte et histoire familiale positive. Bien que le mode d’hérédité habituel de l’arthrose soit multifactoriel, les causes monogéniques sont prépondérantes dans l’arthrose précoce. De ce constat, nous avons étudié les causes monogéniques d’arthrose précoce non syndromiques chez les patients français.

Méthode:

Entre 2013 et 2019, les centres de référence et de compétence « MOC » ont adressés les patients diagnostiqués comme ayant une arthrose précoce isolée, en se basant sur des données cliniques et radiologiques. Nous avons effectué un séquençage NGS par panel de gènes afin de mettre en évidence une cause mendélienne de l’arthrose chez ces patients.

Résultats :

Nous avons collecté 45 cas index présentant une arthrose précoce, dont l’âge moyen des premières douleurs articulaires est de 19,2 ans (de 3 à 45 ans). Un variant pathogène a été mis en évidence chez près d’un tiers des patients (13/45), parmi lesquels 11 portaient un variant COL2A1, à l‘état hétérozygote. Les deux autres patients portaient, pour l’un un variant ACAN, à l’état hétérozygote et, pour l’autre, un variant SLC26A2, à l’état homozygote. Suite aux analyses de ségrégation familiale, nous avons identifié 20 patients supplémentaires. Au total, parmi ces 33 patients porteurs d’au moins un variant pathogène et ayant eu un diagnostic d’arthrose précoce, l’âge moyen de prothèse articulaire est de 41 ans. Une majorité (85%) de ces patients de plus de 40 ans ont déjà eu au moins une chirurgie de prothèse articulaire. La hanche étant l’articulation la plus touchée.

Conclusion :

Le gène COL2A1 est le gène le plus souvent retrouvé dans l’arthrose précoce non syndromique. Cependant d’autres gènes pouvant être impliqués, nous recommandons une analyse moléculaire par panel de gènes, dès lors qu’un diagnostic radiologique est posé. En effet, un diagnostic précoce représente un gain de chance pour le patient en termes de prise en charge et de conseil génétique aux apparentés.

Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS), first described in 1961, is a well-known 4p-  terminal microdeletion syndrome that includes developmental delay and a distinctive "Greek Warrior Helmet" facial appearance. The gene(s) that account for the neurodevelopmental component in WHS critical region is (are) still matter to debate: WHSC1 and WHSC2 are strong candidates. Recently, a specific phenotype associated with WHSC1 truncating mutations has been reported in a small number of patients. It includes severe pre- and post-natal failure to thrive and an eating disorder, similar in many respects to what it observed in Silver-Russell syndrome, and, importantly, absence WHS dysmorphia. Mild intellectual disability, hypotonia, microcephaly and a moderately distinctive facial appearance, without epilepsy are observed. We report here an additional patient who had a history of intrauterine growth retardation and feeding difficulties from birth with growth deficiency requiring gastrostomia. Silver-Russell syndrome was first considered, however 11p15 methylation profile was normal, as was array-CGH. In addition, language delay and impaired social interactions were noted, along with a small head, dental anomalies and micrognathia. Radiological investigations, including cerebral MRI, EEG and skeletal radiographs, were normal. Mendelian genes sequencing identified an heterozygous de novo c.1798C>T (p.Arg600*) WHSC1 mutation (G. Smits, Brussels). Interestingly, the phenotype of our patient is very similar to seven patients among the 20 patients described sofar. We suggest that WHSC1 mutations cause a syndrome combining intellectual disability, an eating disorder and failure to thrive, that resembles Silver-Russell syndrome.

Introduction : La leucémie myéloïde aiguë  est une maladie complexe et multifactorielle résultant d'interactions entre  des facteurs de risque  génétiques et  environnementaux. L’objectif de notre étude était d’évaluer l’impact des polymorphismes du gène  glutathion S-transférase (GSTT1, GSTM1 et GSTP1) sur la susceptibilité à la leucémie aiguë myéloïde dans un échantillon de la population Marocaine. Les glutathions S-transférases (GST) enzymes de détoxication  polymorphes impliquées dans le métabolisme  de nombreuses substances précancérogènes. Récemment,  plusieurs études ont mis en évidence l'implication de certains variants allèliques de la GST dans le développement de plusieurs maladies surtout les cancéreuses.

Patients  et méthodes : Notre étude cas-témoin a porté sur 192 patients atteints de LAM et 210 témoins sains. Les profils génotypiques de la GSTT1 et GSTM1  ont  été déterminés en utilisant la technique de PCR multiplexe avec comme contrôle interne le gène BCL2. La PCR-Rflp (Restriction fragment long) a été utilisée pour identifier la GSTP1.

Résultats :

Nos résultats ont montré que le génotype nul de GSTT1  était significativement associé au risque de développement de  la LAM (OR: 2.12, CI: 1.37–3.29, ???? = 0.0007). Cependant, aucune association significative n’a été observée entre le génotype GSTM1 nul et GSTP1 et le risque de LAM (P > 0.05). Une association statistiquement significative a été retrouvée entre  certaines combinaisons  des trois polymorphismes du  gène GST et le risque de développement de la maladie.                                                                                      

Conclusion : Les résultats de notre étude suggèrent une forte association entre le génotype  nul de GSTT1 et certaines combinaisons des trois  gènes   avec le risque  de survenue de LAM au Maroc

Nous souhaitons présenter notre jeune association des « psy en génétique ».

Cette association a vu le jour en 2018 mais cela fait déjà longtemps que des psychologues, psychiatres, psychothérapeutes travaillant dans les services de génétique échangent et tentent de se réunir. Tout est parti d’une demande : aider le Collège des Enseignants et Praticiens de Génétique Médicale et de la Société Française de Génétique Humaine à proposer des Recommandations  afin de favoriser l’embauche de psychologues dans les services de génétique. A l’époque, avaient été identifiés 3 grands domaines possibles d’intervention du psychologue :

a les évaluations psychologiques du développement et du comportement d’un patient

a l’accompagnement psychologique des patients et de leur famille

                a la prise en charge des patient dans le cadre d’un diagnostic génétique présymptomatique

Nos premiers échanges entre psy en génétique se sont fait par un forum (47 mails échangés en 2007 - 58 mails échangés en 2008 - 22 mails échangés en 2009 - 51 mails échangés en 2010)

C’est bien pour formaliser les choses et aussi les rendre plus visible à l’ensemble des partenaires possibles : médecins, associations… que l’association a été créé. Car nous nous sommes rendu compte que bien que notre travail soit reconnu au sein des services médicaux, des unités de recherche ou des associations nous étions souvent isolés. Cette association a donc pour objectifs principaux:

4De favoriser les échanges entre les Psy travaillant dans les services de génétique ou Intéressés par la Génétique.

4 D’améliorer la visibilité de ces professions au sein du milieu médical de la Génétique.

Les différentes activités de l’association peuvent concerner :

4 Des réunions d'adhérents pour échanger autour des différents domaines d'application de la génétique médicale (adulte/enfant, Diagnostique Pré-Natal (DPN), Diagnostique Pré-

Symptomatique (DPS), expertise diagnostique, conseil génétique...) concernant tous types de pathologies d'origine génétique

4 La diffusion d'information aux adhérents concernant l'organisation de réunions, salons, congrès, colloques... visant à actualiser leurs connaissances en matière d'accompagnement des patients et de leurs familles concernés par la maladie d'origine génétique et/ou le handicap qu'elle entraîne

4 La diffusion d'informations, sous toutes ses formes, auprès des professionnels de santé, des familles, des associations de patients et du public sur les maladies génétiques

4 La production éventuelle d'écrits à visée informative (bulletins, plaquette, article...) et/ou scientifique

4 La collaboration avec les sociétés scientifiques impliquées dans la Génétique en France et dans le monde

4 L’amélioration de la prise en charge des personnes atteintes de maladie génétique

Introduction: L'épilepsie fait partie des troubles neurologiques les plus courants. Les médicaments antiépileptiques (MAEs) sont des médicaments efficaces contre l’épilepsie. De récentes études menées dans des pays développés et en voie de développement ont montré qu’environ 70% des patients épileptiques, pouvaient être traités avec succès au moyen de MAEs avec une maîtrise complète des crises pendant plusieurs années. Cependant, environ 30% des patients ne répondent pas favorablement à ce traitement et deviennent résistants. Les polymorphismes génétiques peuvent être impliqués dans la variation de la réponse aux MAEs. Le gène ATP-Binding Cassette sous famille A membre 1 (ABCB1) est le gène le plus étudié dans le cadre de la pharmacogénétique de l’épilepsie,

Matériel et Méthodes: Nous avons effectué une approche de gène candidat pour étudier la contribution du profil génétique dans la survenue d’une résistance aux MAEs. L'étude de cas-témoins a été réalisée pour examiner l'implication du polymorphisme C3435T du gène ABCB1, dans la survenue de l’épilepsie pharmacorésistante (EPR) chez des patients Tunisiens.

Résultats: L’étude cas-témoins a montré une association entre le polymorphisme C3435T et le risque d’EPR avec des odds ratios très significatifs. La réponse aux MAEs semble être modulée par les génotypes TT et les allèles T dans notre population d’étude.

Conclusion: Ce travail a fourni des informations plus précises et fiables de l’effet du facteur considéré sur le risque de survenue de l’EPR. Ces données seront précieuses pour les études génétiques ultérieures ciblant le gène ABCB1, à réaliser sur de plus larges cohortes pour préciser ses interactions dans les différentes populations. Ce type d’études permettra à son tour de valider nos résultats légitimant la mise en place d’un criblage génétique dans la perspective d’une médecine personnalisée chez les patients tunisiens atteints d'épilepsie.

L’interprétation des variants nucléotidiques à l’ère du séquençage haut débit est un challenge majeur. En oncogénétique, les panels de gènes de prédisposition aux cancers s’étoffent régulièrement de nouveaux gènes. La mise en place de bases de données pour chaque gène est indispensable afin de recueillir et diffuser l’interprétation des variants. Ces bases permettent ainsi d’améliorer et d’uniformiser les rendus d’analyses génétiques. Plusieurs études ont montré que les variants pathogènes d’ATM augmentaient le risque de de cancers, notamment  du sein, du pancréas et de la prostate. Cependant, ces risques sont imprécis et de nombreuses études nationales et internationales sont en cours pour préciser ces risques ; ce gène pourrait donc rapidement être analysé en routine diagnostique en oncogénétique. L’interprétation biologique de variants de signification inconnue d’ATM est donc fondamentale.

Le gène ATM (NM_000051.3) code une serine-thréonine kinase qui joue un rôle majeur dans la signalisation des cassures double brin de l’ADN. La prévalence des porteurs d’un variant ATM pathogène pour l’A-T à l’état hétérozygote dans la population générale est estimée à 1/150. L’inactivation constitutionnelle biallélique de ce gène conduit à une maladie rare : l’Ataxie-Télangiectasie (A-T). A l’Institut Curie, ATM est étudié dans un contexte d’A-T depuis 1995 et plus récemment devant certaines formes familiales de cancers. Contrairement aux patients porteurs d’un variant hétérozygote, les patients A-T peuvent bénéficier de tests fonctionnels afin d’évaluer la pathogénicité de leurs deux variants. Ainsi nous avons créé une base de données de variants identifiés et caractérisés chez ces patients A-T que nous enrichissons de variants constitutionnels identifiés chez des patients atteints de cancer et de variants acquis lors du processus tumoral.

Ainsi, chez 379 enfants A-T non apparentés testés à l’Institut Curie, 446 variants différents ont été mis en évidence. Chez 181 cas index de familles de cas de cancers du pancréas ou de la prostate, 3 variants pathogènes et 15 variants de signification clinique inconnue différents ont été identifiés. En parallèle, l’étude nationale TUMOSPEC permettant le séquençage d’ATM, entre autres, dans un contexte de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire a permis d’identifier 26 autres variants (12 étant classés comme pathogènes pour l’A-T et 14 de signification inconnue).

Lorsqu’ATM sera inclus dans les gènes de prédispositions aux cancers, il sera fréquent de détecter des variants dont l’interprétation sera parfois difficile. La mise à disposition de ces données sous forme d’une base de données à l’attention des laboratoires de diagnostic du Groupe Génétique et Cancer sera alors un outil de diagnostic précieux pour le conseil génétique mais également à visée théranostique pour l’inclusion dans des essais thérapeutiques.

Les neuropathies auditives (NA) sont une entité à part parmi les surdités de perception, elles sont pour la première fois décrites en 1996. Il décrit une forme particulière de déficience auditive attribuée à une mauvaise synchronisation des influx nerveux dans le nerf cochléaire. Les NA se caractérisent par une série de résultats paradoxaux lors des investigations audiologiques qui la distinguent des atteintes cochléaires habituelles. Les performances en audiométrie vocale sont typiquement moins bonnes que celles attendues. Le patient entend les sons mais ne comprends pas les phrases. Les NA représentent 5 à 10% des déficiences auditives et peuvent être congénitales ou secondaires, de cause génétique ou extrinsèque, isolées ou syndromiques. L’efficacité de la réhabilitation auditive est le plus souvent corrélée avec la localisation du déficit auditif : cellules ciliées internes; synapse entre ces dernières et les fibres nerveuses sous-jacentes, ou nerf cochléaire. 

Une étude de cohorte de cas présentant une NA a permis de mettre en évidence chez trois patients non apparentés le même variant pathogène hétérozygote du gène ATP1A3, c.2452G > A, p.(Glu818Lys), déjà rapportée comme responsable du syndrome CAPOS (OMIM-601338). Le syndrome de Capos associe une baisse de l’audition progressive, une atrophie optique, une hypotonie et une ataxie cérébelleuse. L’atteinte est décrite comme apparaissant dans l’enfance, avec des épisodes aigus fébriles de détérioration neurologique s’apparentant à des encéphalites. Les autres variants ATP1A3 sont responsables d’atteintes neurologiques distinctes : ataxies isolées, dystonies parkinsoniennes et hémiplégies alternantes de l'enfance. ATP1A3 code pour la sous unité alpha de la NA+/K+-ATPase α3 neurone spécifique localisée dans les neurones du ganglion spiral.

L’âge moyen au diagnostic de la surdité était de 9.6 ans. Ils existaient chez tous une discordance importante entre l’audiométrie tonale et vocale. Seul un patient présentait un tableau clinique évocateur du syndrome CAPOS avec dès l’âge de 3 ans des épisodes aigues fébriles avec hypotonie majeure et régression des acquisitions. L’atrophie optique était retrouvée chez une seule des patientes. Aucun cas ne présentait d’ataxie de type neurologique mais un déficit vestibulaire avait été objectivé chez tous. Notre étude montre également de bons résultats de l’implantation cochléaire en cas de neuropathie auditive associée à un syndrome de CAPOS, avec une amélioration de la compréhension des mots chez les 3 patients ; et ceux malgré la localisation neuronale de la protéine défectueuse.

La mutation p.(Glu818Lys) ATP1A3 est responsable de cas isolés et syndromiques (CAPOS) de NA. Ce diagnostic est probablement sous diagnostiqué en particulier dans les formes cliniques isolées. L’efficacité de l’implantation cochléaire retrouvée chez nos patients incite à rechercher systématiquement cette cause devant un tableau de NA.

La situation du médecin généticien n'est pas toujours une des plus plaisantes. Celui ci pourra toujours se réjouir au moment où sera posé le diagnostic d’une maladie génétique, mais se confrontera au sentiment d'impuissance face à la demande de solutions curatives. Est-ce envisageable d’outrepasser la corrélation génotype-phénotype et d’envisager des solutions thérapeutiques pour ces malades considérés par certains cliniciens comme "condamnés", "sans espoirs" ?

Dans ce travail nous rapportons l’exemple de quatre patients ayant consulté pour exploration d'un retard de croissance associé à une dysmorphie faciale dans trois cas et pour troubles du spectre autistique et épilepsie pour le quatrième cas. Une exploration par les techniques de cytogénétique conventionnelle et moléculaire a été menée.

Ces explorations ont mis en évidence une del18(q21), une del18 (q23.33) et un r(15) pour trois cas ainsi qu’une del1p34.2 pour le 4 ème cas.

La corrélation génotype phénotype a permis d’identifier une délétion des gènes GALR1, IGF1R et GLUT1 respectivement dans le cas des délétion 18q23.33, l’anneau du 15 et la délétion 1p34.2. Au-delà et en se basant sur les conséquences de l’haplo insuffisance de ces gènes, nous avons pu proposer une prise en charge adaptée à ces patients. Un traitement par de la GH a été administré pour les trois premiers afin d'améliorer le retard de croissance mais aussi curieusement, le développement psychomoteur. Le quatrième patient a suivi un régime cétogène pour pallier au déficit en GLUT1 et ainsi prévenir les crises d’épilepsie.

Une fois n’est pas coutume, et tenant compte de ces exemples qui démontrent bien l’aspect thérapeutique d’une maladie génétique, pourrions-nous dans un futur proche espérer défier les croyances et offrir à travers une médecine personnalisée un conseil génétique incluant un vrai traitement curatif ou du moins palliatif aux patients ?

Avec la mise en place du séquençage massif en parallèle (SMP) à l’IPC en 2015, la recherche séquentielle et unitaire de mutations a été remplacée par l’étude du statut mutationnel d’un panel de gènes orienté sur une thématique médicale précise.  Cette démarche a permis d’améliorer la qualité des résultats par une meilleure exhaustivité, le délai de rendu et donc in fine la prise en charge du patient. Par la suite, dans une volonté permanente d’efficience, le laboratoire d’oncogénétique moléculaire a réfléchi à une optimisation du flux par automatisation des étapes techniques.  

Pour ce process de SMP, nous nous sommes munis d’un Miseq ILLUMINA en complément des 2 robots de distribution HAMILTON déjà présents. Le circuit était semi-automatisé car les robots HAMILTON ne pouvaient être utilisés que pour certaines étapes.

Pour le passage à un circuit totalement automatisé, nous avons opté pour une mise à disposition de 2 robots PERKIN ELMER en collaboration avec la société Sophia Genetics.

Cette organisation n’a pas généré un gain de temps technique à proprement parler. En effet, la majorité des phases du circuit  sont incompressibles. Seules les étapes de lavages du matériel biologique à l’aide de billes magnétiques ont pu être raccourcies. Cependant, grâce à l’automatisation, le temps de travail des techniciens a été optimisé. En diminuant le temps consacré à la partie technique du SMP, les postes ont pu être réorganisés et les techniciens ont pu développer de nouvelles compétences, notamment sur le versant informatique (récupération et analyse préliminaire des données)  améliorant ainsi les délais de la phase post-analytique.

Les avantages de l’automatisation ont été:

- l’homogénéisation des pools de librairies entrainant une diminution du nombre  des échecs techniques, donc limitant d’éventuels repassages et par conséquent éviter des retards de rendu

-la sécurisation du process en réduisant le nombre de transferts de matériel biologique dans certaines étapes du circuit pour minimiser les risques d’erreur.

Le seul inconvénient identifié pour  l’automatisation a été le surcout de la manip par patient. Celui-ci a été  évalué à 15 € par patient.

En conclusion, l’automatisation des étapes du SMP a permis l’amélioration et la sécurisation du process avec une diminution des délais tout en répondant aux exigences de qualité liée à l’obtention d’une accréditation selon la norme ISO15189 depuis 2014. 

Parmi les facteurs contrôlant la croissance foetale et post-natale, le système des IGF représente un acteur majeur. Ce système comprend deux ligands (IGF1 et IGF2) qui stimulent la croissance foetale et post-natale via l'activation du récepteur IGF1R. Le gène IGF2 est un gène soumis à empreinte parentale, exprimé uniquement à partir le l'allèle paternel dans la région 11p15. Des anomalies du gène IGF2 sont responsables des syndromes de Silver Russell (retard de croissance) et de Beckwith Wiedemann (croissance excessive). Les anomalies du gène iGF1R sont responsables de retards de croissance pré et post nataux, associés habituellement à une microcéphalie.

Nous rapportons le cas d'une patiente présentant un remaniement chromosomique complexe, associant une délétion 15qter incluant le gène IGF1R (habituellement responsable de retard de croissance), et une duplication paternelle de la région 11p15 en mosaïque (habituellement responsable de syndrome de Beckwith Wiedemann). L'enfant est né avec des paramètres de naissance normaux, suggérant une compensation du défaut d'IGF1R par une surexpression d'IGF2. En revanche, la patiente présentait un retard de croissance post-natal, suggérant un rôle moindre d'IGF2 dans la croissance post natale.

Ce cas complexe permet une meilleure compréhension du rôle respectif des différents éléments du système des iGF, et permet une meilleure connaissance de la physiopathologie des anomalies de la croissance foetale et post-natale.

La maladie de Wilson (OMIM 277900) ou dégénérescence hépato-lenticulaire est une toxicose cuprique autosomique récessive, résultant d’une mutation du gène du transporteur hépatique du cuivre : l’ATP 7B.

Elle se caractérise par une accumulation tissulaire du cuivre libre, essentiellement hépatique, cérébrale et péricornéenne.

Son diagnostic est souvent difficile car repose sur un faisceau d’arguments cliniques, biologiques (céruloplasmine, cuivre sanguin et cuivre urinaire) et radiologiques. L'analyse moléculaire du gène ATP7B est actuellement le test de référence. Cependant le principal écueil du diagnostic génétique est le nombre important de mutations et de polymorphismes répertoriés.

Le cuivre échangeable sérique (CuEXC) et le calcul du REC [ratio CuEXC / Cuivre sérique total (CuT)] ont récemment été décrits comme des marqueurs prometteurs pour le diagnostic et le suivi thérapeutique des malades Wilsoniens.

Par ce travail, nous présentons les résultats de deux années de dosage effectué dans notre service.

Une stratégie ciblée de séquençage de 220 à 556 gènes connus (TES) a été réalisée sur un total de plus de 1,500 patients avec Déficience Intellectuelle/Autisme, avec une efficacité diagnostique constante autour de 25% et un taux plus élevé chez les filles (33%) que chez les garçons (21%). Dans 70% des cas il s’agit de formes autosomiques dominantes, dans 5% de formes récessives et dans un peu plus de 20% de formes liées à l’X, avec une répartition étonnamment similaire dans les deux sexes. Les variants pathogènes se répartissent de façon équitable entre les classes 1) faux-sens, 2) frameshift et 3) stop et épissage.

Dans 13% des cas, le séquençage ciblé a abouti à l’identification de variations de signification inconnue, qui sont de façon attendue très majoritairement des faux-sens ( > 60%). Les gènes qui en accumulent le plus sont HUWE1, MED12, PAK3 pour les formes liées à l’X et ANKRD11, DYNC1H1 ou TRIO pour les formes dominantes.

En parallèle ou en complément de ces analyses ciblées, nous avons réalisé des séquençages d’exome (ES) sur plus d’une centaine de patients avec DI/TSA, en solo (16%), en trio (35%) ou en utilisant des pools parentaux (la moitié des cas). Ce séquençage a permis d’aboutir à un diagnostic dans environ 30% des cas, mais également à identifier de nouveaux gènes de DI dont nous avons pu confirmer l’implication grâce à la réalisation d’études fonctionnelles (BRPF1, NARS, UNC13A, etc) et de nouveaux gènes candidats dont l’implication reste à confirmer (SLITRK2, ATP6V0E2, etc).

Pour une trentaine de patients, nous avons choisi de séquencer le génome en entier (WGS), à la recherche de variants ponctuels ou structuraux. Ces analyses ont permis de mettre en évidence des mutations pathogènes dans gènes de DI identifiés assez récemment (WAC, POU3F3, etc) ou dans des nouveaux gènes (DDX6).

Enfin, des séquençages d’ARN ont été réalisés à partir d’ARNm extraits sur des tissus facilement accessibles, sang et fibroblastes. Une proportion significative ( > 70%) de gènes impliqués dans la DI sont exprimés dans au moins un des deux tissus. Nous avons effectué une analyse combinée incluant 1) la détection/annotation des variants 2) détection d'altérations d'épissage 3) l’étude d'expression différentielle. Huit patients avec des mutations connues (épissage, perte d'expression d'un allèle) ont été inclus, ainsi que trois patients avec DI sans diagnostic après TES ou ES. Pour une des patiente, l’analyse a révélé une variation faux-sens pathogène connue dans un gène récemment impliqué dans une forme sévère de DI, MIPEP et exprimée de façon monoallélique. Le retour aux données d’exome nous a permis d’identifier en trans une variation tronquante, menant probablement à une dégradation des transcrits par le système NMD. Dans beaucoup de cas d’investigations génétiques poussées (WGS ou RNA-Seq), c’est donc plus la progression des connaissances plus que les progrès techniques qui ont permis d’obtenir un diagnostic moléculaire.

L’usage de la chimiothérapie demeure une alternative quasi-systématique dans le traitement du cancer du sein, favorisant la baisse du taux de mortalité des patientes. C’est ainsi que les anthracyclines sont d’un grand apport en oncologie médicale, en effet ces inhibiteurs de topoisomérase II sont largement utilisés dans les protocoles de chimiothérapie anti-cancéreuse grâce notamment  à leurs propriétés pro-apoptotiques. Cependant, certaines patientes se trouvent en échec thérapeutique, suite à une résistance aux anthracyclines. L’objectif de notre étude est d’estimer la proportion de femmes résistantes à ce type de chimiothérapie puis de chercher les causes de cette résistance en étudiant plus particulièrement les SNP72 Arg/Pro du gène p53 et SNP344T/A du gène mdm2. Notre étude a porté sur 400 patientes atteintes d’un cancer du sein de type carcinome canalaire infiltrant traitées par chimiothérapie à base d’anthracyclines. Le génotypage des patientes a été effectué par PCR en temps réel basée sur la méthodologie « TaqMan ». Les fréquences génotypiques et allèliques obtenues ont été analysées par test de Chi2 au seuil de 5%. Nos résultats ont montré que 25% des patientes présentaient une résistance à la chimiothérapie (n=95) et que cette chimiorésistance dépendait de la taille tumorale, de l’envahissement ganglionnaire et de la présence de métastases à distance (p < 1%), par contre elle ne serait pas associée aux polymorphismes SNP72Arg/Pro du gène p53 et SNP344T/A du gène mdm2.

La duplication interstitielle du bras long du chromosome 15 est une anomalie rare. Elle inclut généralement un retard de croissance, une déficience intellectuelle, des malformations crânio-faciale, des anomalies des membres, des anomalies génitales et des malformations cardiaques.

Nous rapportons le cas d’un nourrisson âgé de 10 mois présentant un retard psychomoteur (RPM), un retard staturo-pondéral (RSP), une microcéphalie, une dysmorphie faciale (DF), des pieds bots, et une hydrocéphalie.

Le caryotype en bande R a révélé un dérivé du chromosome 15. La FISH moyennant les sondes des gènes SNRPN, PML, IGF1R a montré une duplication distale 15q impliquant le gène PML en 15q24 et excluant le gène SNRPN en 15q11 et le gène IGFR1 en 15q26. La CGH array (44K) a permis de bien délimiter la duplication à 22Mb de 15q22.2 à 15q25.1. La duplication est apparue de novo. Aucune anomalie chromosomique n’a été mise en évidence chez les parents.
La duplication 15q interstitielle retrouvée couvre 165 gènes OMIM dont les gènes: LINGO1 connu impliqué dans la signalisation cellulaire, l’inhibition de la régénération axonale, la régulation négative de la différenciation des oligodentrocytes et la myélinisation axonale, et dans le développement cortical, décrit associé au RPM, à la DF et au retard du langage. Le gène MTHFS est connu impliqué dans le métabolisme des folates, et associé à la microcéphalie, au RPM et au retard statural. Le gène SCAPER a déjà été décrit responsable du RPM.

La caractérisation du tableau clinique associé à cette duplication 15q chez notre patient nécessite un suivi rapproché étant donné son jeune âge. La duplication 15q distale est une anomalie chromosomique très rare, le plus souvent secondaire à une translocation parentale. L’apparition de novo de cette duplication 15q distale chez notre cas index ainsi que son caractère interstitiel rendent compte de la particularité de cette anomalie chromosomique. Un complément d’exploration est en cours pour caractériser la mécanique chromosomique pouvant être responsable d’un tel remaniement.

Introduction/Objectifs :

L’observation de petits chromosomes marqueurs surnuméraires (sSMC) sur le caryotype est plus fréquente lors d’une infertilité que dans la population générale (0,125% vs 0,043%)[Liehr et al., 2007]. La survenue d’une infertilité peut être due à une perturbation de la méiose [Olszewska et al., 2015] mais aussi potentiellement à une amplification de certains gènes. Néanmoins, bien que 30% des sSMC soient associés à un déséquilibre de l’euchromatine, le contenu génique précis n’est pas toujours caractérisé [Armanet et al., 2015].

Matériels/Patients et Méthodes

Nous avons réalisé depuis 2011 au sein du service de Cytogénétique du CHU de Rennes une analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) pour tous les sSMC identifiés chez des patients masculins et féminins infertiles, afin de mettre en évidence la présence de gènes sur ces sSMC.

Résultats :

Sur notre cohorte de patients infertiles, 7 (4 hommes/3 femmes) présentent un sSMC, dont 4 sont en mosaïque. 3 sSMC proviennent des chromosomes 15 ou 13/21 (ACPA normale). Pour 4 sSMC, l’ACPA montre un gain de matériel chromosomique: un der(1) (gain 1p121q12 de 22,5 Mb), un psu idic(14) (gain 14q11.2 d’1 Mb), un r(18) en mosaïque (gain 18p11.31q11.2 de 15,2 Mb) et un idic(22) en mosaïque (tétrasomie 22q11.1q11.21 de 2.5 Mb) caractéristique d’un syndrome Cat Eye de type 1.

Ces gains impliquent entre 10 et 76 gènes. Certains d’entre eux sont des gènes candidats pour l’infertilité impliqués dans la division cellulaire ou la gonadogenèse (ex. : ESCO1, CABYR, …) ou sont des gènes connus pour être impliqués dans l’infertilité chez un individu de sexe opposé (ex. : TAF4B responsable de défaut de spermatogenèse [Ayhan et al., 2014] présent au niveau du sSMC d’un sujet féminin).

Conclusion : 

Des informations additionnelles concernant les gènes impliqués sont nécessaires pour établir un lien clair avec le phénotype (mise en évidence d’une surexpression génique et conséquences attendues dans des études fonctionnelles, confrontation aux données récentes de séquençage d’exome réalisé chez des patients infertiles).

La régulation transcriptionelle est modulée par des éléments cis-régulateurs, ils peuvent interagir avec le promoteur d’un gène via la formation de boucle d’ADN. Cette L’architecture chromatinienne va donc jouer un rôle essentiel dans la régulation génique. L’altération d’e ces éléments cis-régulateurs ou de l’organisation tridimensionnelle du génome peuvent conduire à des pathologies de type « cis-ruption disorder ».

 Les surdités correspondent à la pathologie sensorielle la plus commune et touchent 6 à 8 % de la population mondiale. Dans 80% des cas, ces surdités sont d’origine génétique. Les surdités non-syndromiques, non associées à d’autres pathologies, sont dans 30 % des cas liées au locus DFNB1. En effet, cCes surdités récessives sont associées à des mutations du gène GJB2 (Gap Junction Beta 2) et à des grandes délétions du locus. La mutation la plus fréquemment retrouvée est la 35delG avec une prévalence élevée dans la population entendante, d’ environ 2%, dans la population entendante. Cet excès de porteurs hétérozygotes sains dans la population Néanmoins,ainsi que des cas de surdités DFNB1 restent encore non inexpliqués., De plus, cet excès de porteurs hétérozygotes sains dans la population nous laisse supposer la présence d’éléments cis-régulateurs à distance du gène GJB2.

 La conformation chromatinienne du locus DFNB1 a été analysée par la technique 5C (Chromosome Conformation Capture Carbon Copy). Ces analyses ont permis de mettre en évidence plusieurs contacts chromatiniens avec le promoteur GJB2. Ces régions ont ensuite été analysées par gène rapporteur pour identifier de potentiels éléments régulateurs de GJB2. Nous avons alors identifié qQuatre régions ayant un effet enhancer et deux régions ayant un effet silencer sur l’expression de GJB2 ont été identifiées. De plus, nous avons analysé lL’architecture du locus DFNB1 a également été analysée en étudiant les sites de fixation du facteur de transcription CTCF (CCCTC-binding factor) par ChIP-qPCR. Cette protéine insulatrice joue un rôle essentiel dans l’organisation et dans l’architecture de la chromatine. Ici, nous mettons en évidenceAinsi, des sites préférentiels de fixation de la protéine CTCF ont été mis en évidence, ce qui nous permet permettant de proposer un modèle de régulation 3D du locus DFNB1. Les régions cis-régulatrices seraient alors rapprochées du promoteur GJB2 par la formation d’une boucle chromatinienne permettant ainsi sa régulation.

Les séquences répétitives occupent la majeure partie de l'ADN humain et leur importance dépend de leur position, fonction et nombre d’occurrence. Différentes séquences répétitives du génome humain ont été identifiées en utilisant l’alignement de séquences consensus et ont été annotées dans des banques d’ADN. Cependant, la recherche automatique de ces séquences reste un défi pour les chercheurs en biologie. Pour cela, il est indispensable de remplacer les expérimentations par de nouvelles méthodes pour explorer le génome humain. Dans ce travail, les outils de traitement du signal et de l’image ont été utilisés pour visualiser et détecter des séquences répétitives indépendamment de leur taille et de leur position. Notre technique est appliquée sur le chromosome en entier et elle permet la localisation de motifs répétitifs dans une nouvelle représentation de l’ADN en image. Les motifs répétitifs choisis dans cette étude, correspondent à des séquences de références qui sont les plus fréquentes dans tous les chromosomes du génome humain, et ce indépendamment de leur taille. Notre approche nous a permis de détecter des séquences répétées en tandem même si le motif de répétition renferme des variations nucléotidiques. En effet, une telle imperfection n’engendre pas d’une grande influence sur la forme globale du motif répétitif au niveau de la séquence de l’ADN. En conséquence, nous pouvons ainsi générer une nouvelle base de données de séquences répétitives contenant des motifs répétés en tandem ou des séquences dispersées dans les chromosomes du génome humain.

La maladie de Huntington (mdH) est une affection neurodégénérative du système nerveux central qui provoque, chez des sujets de 40 ans en moyenne, des troubles moteurs, cognitifs et psychiatriques et conduit au décès après une vingtaine d'années d'évolution des troubles. La prévalence de cette maladie génétique, de transmission autosomique dominante, est d’environ 5 cas pour 100 000 individus. En France, elle concerne 18 000 personnes : 6000 ont déjà des symptômes et 12 000 sont porteuses du gène muté mais encore asymptomatiques. Il n’existe pas de traitement préventif ni curatif de la maladie à ce jour. La prise en charge des patients repose sur des traitements symptomatiques rééducatifs (orthophonie, kinésithérapie), pharmacologiques et la mise en place d’un cadre médicosocial approprié.

Les troubles d’exécution motrice de la parole (troubles dysarthriques) sont présents dès le stade précoce de la maladie et s’aggravent progressivement, menant à terme à l’inintelligibilité du malade. Ces troubles pénalisent particulièrement l’autonomie du patient en détériorant ses capacités de communication ; ils constituent un handicap majeur avec retrait social, perte d’estime de soi et isolement, toujours vécus très douloureusement par les patients et leur entourage.

Cette dysarthrie a été très peu étudiée, ce qui rend sa prise en charge orthophonique non codifiée. Selon la classification de Darley (1975), la plus utilisée par les orthophonistes et les neurologues, les troubles de la parole observés dans la mdH sont englobés dans le groupe hétérogène des dysarthries hyperkinétiques, dont les contours et propriétés sont mal définis.

Ce projet vise à identifier et quantifier les dimensions de parole déviantes dans la dysarthrie associée à la mdH.

Actuellement, l’étude de la parole dans les maladies neurodégénératives ne repose plus uniquement sur des évaluations perceptives et les avancées en phonétique clinique ont permis de cibler les analyses acoustiques sur des critères objectifs et pertinents pour la pathologie, en fonction des langues étudiées.

Nous utiliserons, en complément d’un bilan perceptif, un protocole d’évaluation informatisé de la parole développé pour la langue française (MonPaGe, Fougeron et al, 2016) ; ce dernier permettra, à partir des productions enregistrées de 150 malades aux stades présymptomatique et déclaré de la maladie, une description quantitative et qualitative des troubles dysarthriques basée sur des jugements perceptifs ciblés et des mesures acoustiques semi-automatisées. A l’issue du projet, nous serons en mesure de caractériser et de quantifier précisément et objectivement les critères de parole déviants et de proposer un set de marqueurs acoustiques destinés au suivi de l’évolution de la maladie ; ces marqueurs pourront être utilisés pour le diagnostic précoce et pour l'évaluation de traitements lors de futurs essais cliniques.

L'ornithine transcarbamylase(OTC) est une enzyme du cycle de l’urée qui catalyse la formation de citrulline à partir d'ornithine et de carbamylphosphate. Des mutations du gène OTC sont responsables d’hyperammoniémie néonatale ou plus tardive chez les garçons hémizygotes, et d’un phénotype très hétérogène chez les filles hétérozygotes.Environ 500 mutations dans le gène OTC ont été rapportées dans la littérature. Dans 90% des cas il s’agit de mutations ponctuelles situées dans les régions codantes et les jonctions exon-intron et dans les cas restants  de larges remaniements à type de délétion ou de duplication affectant une partie ou la totalité du gène. Dans quelques rares cas,aucune mutation pathogène ne peut être mise en évidence.

Nous rapportons le cas d’une patiente chez laquelle le diagnostic de déficit en OTC a été porté à l’âge de 2ans devant des épisodes de vomissements avec cytolyse hépatique et une hyperammoniémie. L’évolution était marquée par un état stable sous régime et traitement. L’étude du gène OTC par séquençage Sanger, MLPA à la recherche de délétion / duplication,  puis séquençage haut débit incluant tous les gènes du cycle de l’urée n’a permis d’identifier que le variant c.-142G > A à l’état hétérozygote dans la région 5’UTR du gène OTC, quelques dizaines de nucléotides en aval du site d’initiation de la transcription. Ce variant est survenu de novo chez notre patiente. Afin d’évaluer son effet sur l’expression génique, une étude complémentaire du transcrit a été entreprise à partir d’ARN extrait des fibroblastes de la patiente. Nos résultats montrent que le variant n’est pas retrouvé sur l’ARN, suggérant soit une instabilité des ARNmessagers mutés, soit une diminution de l’expression du gène comme cela vient d’être montré par une autre équipe par l’utilisation d’un gène rapporteur.

Ces résultats soulignent l’importance de poursuivre la recherche de variations de séquence par l’étude des régions régulatrices des gènes chez les patients sans mutation identifiée.

Introduction : Le diabète de type MODY (maturity onset diabetes of the young) est classé parmi les diabètes monogéniques qui constituent un groupe d'affections de transmission autosomique dominante. Il est caractérisé par une hétérogénéité génétique et clinique importante. Les critères de diagnostic pour un MODY sont : une transmission autosomique dominante avec 2 à 3 générations atteintes, un diabète apparaissant avant l’âge de 25–30 ans et une origine monogénique entraînant une dysfonction de la cellule beta.

Le diagnostic du MODY repose essentiellement sur l’analyse moléculaire permettant, par ailleurs, le sous typage. Actuellement, 14 gènes impliqués dans l’apparition de cette maladie ont été identifiés. Ils ont permis  de classer les MODY en différents sous-groupes. En Tunisie, peu d’études se sont intéressées à ce type de diabète.

L’objectif de notre étude était la recherche de mutations associées au MODY dans un groupe de patients Tunisiens.

Patients et Méthodes : 10 patients ayant une histoire clinique évocatrice de MODY ont été analysés par la méthode NGS sur analyseur  Ion Torren PGM et  Ion S5 . L’approche NGS repose sur trois  étapes: la  première est une étape d’enrichissement ou de préparation d’une librairie par PCR-multiplex des 12 gènes d’intérêt (HNF4A, GCK, HNF1A, PDX1, HNF1B, NEUROD1, KLF11, PAX4, INS, BLK, ABCC8 et  KCNJ11) suivie d’une quantification des fragments amplifiés par PCR quantitative. La 2^ème étape consiste au séquençage proprement dit. Enfin, la 3^éme étape de base-calling correspond à la transformation des données brutes en données de séquences.   

Résultats : Après analyse bioinformatique, deux mutations et un polymorphisme ont été identifiés chez les 10 patients. La première mutation p.Ala161Thr a été identifiée au  niveau du gène HNF1A chez un patient âgé de 33 ans. Cette mutation responsable de MODY3 est déjà décrite dans la banque de données HGMD (The Human Gene Mutation Database). Par ailleurs, la 2^ème mutation p.Gln255Ter a été identifiée au niveau du gène HNF4A chez un autre patient de 25 ans. D’après le HGMD, cette mutation est responsable de MODY1. Le variant p.Ile463Val, au niveau du gène HNF4A, a été identifié chez 8 patients. Ce variant est déjà décrit, d’après HGMD, comme un polymorphisme associé au DTII.

Conclusion : Contrairement aux données de la littérature rapportant les MODY 2 et 3 comme étant les plus fréquents dans les populations caucasiennes, nos résultats ne reflètent pas à l’heure actuelle cette distribution et incitent à la recherche de gènes candidats pouvant expliquer les formes de MODY dans la population Tunisienne. L’approche NGS se prête parfaitement à ce type de diagnostic et permettrait d’optimiser le diagnostic des patients ayant un MODY, souvent classés, à tort, comme diabète de type 1 ou 2. Elle fournira ainsi une prise en charge adéquate au patient et aura pour conséquence une réduction du coût du traitement tout en évitant  au maximum les complications dégénératives.

Introduction : Les dyschromies cutanées en mosaïque, telles que l’hypomélanose d’Ito, sont présentes dans une grande variété de présentations cliniques syndromiques (associant généralement une atteinte intellectuelle et diverses malformations), et ont fait suspecter de longue date l’implication d’un mosaïcisme génétique sous-jacent. Ces évènements post-zygotiques étant cependant difficilement détectables par les techniques conventionnelles, les bases génétiques des dyschromies en mosaïque sont restées mal connues.

Matériel et méthodes : La cohorte M.U.S.T.A.R.D (Mosaic Undiagnosed Skin Traits And Related Disorders) rassemble à Dijon des échantillons d’ADN de biopsies cutanées de patients porteurs d’un mosaïcisme pigmentaire. Après une analyse phénotypique spécialisée, ces échantillons sont étudiés soit en séquençage d’exome (ES) à forte profondeur (200x) en trio, soit en séquençage ciblé à très forte profondeur (jusqu’à 50000x) d’un gène candidat précédemment identifié en ES. Les données sont analysées à l’aide d’un pipeline dédié, permettant la détection de variations ponctuelles en mosaïque (mSNV) à faible taux, mais également de diverses anomalies chromosomiques en mosaïque.

Résultats : De 2013 à 2019, 101 patients ont été inclus. Un ES a été réalisé pour 56 patients, identifiant une variation postzygotique chez 12 patient dans 6 gènes (4 inconnus en pathologie humaine, dont RHOA, et 3 précédemment associés à un phénotype constitutionnel différent), ou une anomalie chromosomique en mosaïques chez 17 patients (trisomies, tétrasomies, grandes délétions, mixoploïdies). Une étude ciblée des gènes ainsi identifiés chez 40 autres patients était positive pour 17 d’entre eux, soit un rendement diagnostique global de 55% (46/84).

Conclusion : Ce travail constitue la première étude des causes génétiques des dyschromies cutanées en mosaïque, mettant en évidence leur grande hétérogénéité. Il permet un conseil génétique et une adaptation de la prise en charge chez ces patients, jusque-là en situation d’impasse diagnostique. Il illustre l’importance d’une approche bioinformatique polyvalente, combinée à une expertise clinique. Il met également en évidence le rôle de la voie de signalisation dépendant des Rho GTPases, faisant progresser notre compréhension de la physiopathologie des dyschromies en mosaïque, une étape nécessaire à l’amélioration de la prise en charge de ces patients porteurs de maladies rares et complexes.

Les maladies neuromusculaires héréditaires regroupent une gamme de maladies manifestant par un dysfonctionnement musculaire, lié soit à une atteinte des fibres musculaires elles-mêmes, soit indirectement en raison d’une atteinte du motoneurone ou de la jonction neuromusculaire. Plusieurs formes existent, mais trois d’entre-elles sont les plus fréquemment retrouvées au Maroc :

-       la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) : caractérisée par une dégénérescence musculaire, liée à des anomalies dans le gène DMD, localisé dans le chromosome X,

-       la gamma-sarcoglycanopathie (LGMD2C) : caractérisée par une dégénérescence musculaire, liée à des anomalies dans le gène SGCG, localisé dans le chromosome 13,

-       l’amyotrophie spinale infantile (ASI) : caractérisée par une dégénérescence des motoneurones α de la corne antérieur de la moelle épinière, liée à des anomalies dans le gène SMN, localisé dans le chromosome 5.

Ce  travail représente une étude rétrospective, portée sur 52 cas marocains, diagnostiqués pour l’un de ces 3 types d’affections. Nous avons ainsi analysé pour chaque type, les aspects épidémiologiques, paracliniques et génétiques, ainsi de mettre en évidence des anomalies génétiques prises dans les gènes DMD, SGCG et SMN, en utilisant une approche de 3 techniques différentes de PCR ; PCR - multiplexe, PCR - séquençage et PCR - RFLP, respectivement. Il s’est révélé positif uniquement chez 19 cas (37 %) :

-       4 cas (33%) de DMD ont montré une délétion d’au moins un des exons du gène DMD, situés dans les régions mutationnelles chaudes, que nous avions ciblé,

-       7 cas de LGMD2C (50%), avaient la mutation « c.525delT » dans l’exon 6 du gène SGCG, dont 3 (22%) à l’état homozygote et 4 (28%) à l’état hétérozygote,

-       et 8 cas d’ASI (30%), présentaient une délétion homozygote de l’exon 7 du gène SMN1.

En dehors de l’intérêt de la confirmation du diagnostic clinique chez le patient index, l’identification de la mutation permet de délivrer un conseil génétique adapté dans la famille, et une intégration potentielle du patient dans une meilleure prise en charge basée sur le diagnostic ainsi confirmé.

L’arthrose est une pathologie dégénérative irréversible du cartilage articulaire. Différentes stratégies thérapeutiques ont été développées sans que l’on puisse actuellement la guérir. De nouvelles approches ont émergé comme la transplantation de chondrocytes autologues (TCA) initiée par Brittberg et ses collaborateurs en 1994. La TCA a permis le développement de plusieurs techniques d’ingénierie tissulaire permettant d’obtenir des organoïdes cartilagineux comme modèles d’étude du cartilage ou comme substitut biologique. Ces procédés restent perfectibles, entre autres du fait d’un phénomène de dédifférenciation chondrocytaire lors de l’indispensable phase d’amplification cellulaire. Il a été démontré l’intérêt de l’utilisation des chondrocytes fœtaux humains (CFH) de tête fémorale (TF) ou de genou comme source cellulaire. Du fait du processus d’ossification endochondrale, les foyers de CFH sont multiples. L’objectif de ce travail est de caractériser le phénotype de CFH issus de TF, de côtes (C) et de disques intervertébraux (DIV) en culture monocouche, ainsi que leur capacité de prolifération. Le potentiel de redifférenciation chondrocytaire des CFH est évalué en culture 3D, en hypoxie, en présence ou en absence du facteur chondrogénique, la « Bone Morphogenetic Protein-2 » (BMP-2) et ils sont comparés aux chondrocytes articulaires humains (CAH) adultes arthrosiques. Les résultats montrent une capacité de prolifération et de dédifférenciation différentes selon l’origine anatomique des CFH. Nous avons confirmé la capacité de redifférenciation des CFH. Par ailleurs, l’utilisation des CFH de DIV en présence de la BMP-2 semble la plus avantageuse. En accord avec les données de la littérature, nous avons également montré la supériorité des CFH vis-à-vis des CAH dans l’obtention d’organoïdes cartilagineux.

Les variants hétérozygotes (probablement) pathogènes du gène TGFB3 sont impliqués dans la survenue d’une maladie héréditaire du tissu conjonctif qui se manifeste par un atteint squelettique, ophtalmologique et cardiovasculaire. Il s’agit d’une maladie rare, moins de 50 cas sont rapportés dans la littérature. Ainsi, son phénotype n’est pas encore bien connu.

Le but de cette étude rétrospective, observationnelle et multicentrique est de décrire le génotype et le phénotype d’une cohorte internationale des patients TGFB3.

Onze (8 nouveaux) variants du gène TGFB3 ont été détectes chez 17 probands et 15 apparentés. Le profil mutationnel de notre cohorte comprenait des variants faux-sens, des sites d’épissage et tronquants, distribués sur toute la longueur de la séquence du gène, avec un hotspot mutationnel dans le motif RKKR, ce qui est en accord avec les données de de la littérature scientifiques et des bases des données.

Nous avons observé une pénétrance incomplète et une variabilité d'expression clinique intra et inter- familiale. Il existait une fréquence élevée des signes systémiques (63% arachnodactylie, 63% pieds plats, 57% malformation du pectus, 52% hypermobilité articulaire) et des caractères dysmorphiques (65% palais creux, 42% visage allongé, 36% luette bifide, 32%hypertelorisme). Sur le plan cardiovasculaire, la dilatation/dissection de l’aorte et la valvulopathie (insuffisance ou prolapse) mitrale étaient les atteints plus fréquents, touchant 35% et 32% des patients respectivement. 

Dans notre cohorte nous avons identifié le premier patient porteur d’un variant pathogène du gène TGFB3 a l’état homozygote. Le phénotype ce patient était marqué par une dilatation aortique a l’âge de 17 ans, myopie sévère, fente palatine, macrognathie, oreilles bas-implantées, le phénotype étant généralement plus sévère par rapport au phénotype de ses apparentes qui étaient porteurs du variant a l’état hétérozygote 

En résumé, moins de 50 TGFB3 patients ont été rapportés dans la littérature scientifique. Ici, nous décrivons les caractéristiques cliniques et génétiques d’une cohorte internationale de 32 patients (17 familles). Les variants (probablement) pathogènes du gène TGFB3 sont associés à un phénotype marqué par une fréquence élevée de signes systémiques et d’atteint aortique, en l’absence de risque accru de décès par maladie cardiovasculaire ni de complications sévères de la grossesse et de l'accouchement. Toutefois, les individus homozygotes peuvent présenter un phénotype plus sévère.

Introduction

Les tests de dépistage des anomalies chromosomiques reposant sur l’ADN libre circulant (ADNlc) voient leur utilisation se décupler dans le monde entier. Cette étude vise à décrire les utilisations actuelles de ces tests en Europe, en Australie et aux Etats-Unis.  

Matériels et Méthodes

Nous avons conduit une enquête auprès de confrères dans ces territoires pour décrire les utilisations actuelles des tests ADNlc. A l’aide d’une correspondance par courriel, ces personnes ont répondu à un questionnaire simple concernant leur pays portant sur les points suivants :
1. Accès des femmes enceintes aux tests ADNlc et existence de recommandations nationales
2. Cibles chromosomiques des tests ADNlc
3. Existence d’une couverture sociale ou d’assurances privées
4. Proportion de femme ayant recours au test pendant leur grossesse.
Dans le cas où un recueil national n’existe pas, certaines données ont été estimées par les participants.

Résultats

En Europe, 12 pays ont adopté les tests ADNlc dans des programmes ou recommandations nationales. Deux pays (Belgique et Hollande) proposent les test ADNlc à toutes les femmes enceintes en première intention de dépistage des anomalies chromosomiques alors que la plupart des autres pays Européens propose ce test aux patientes à risque élevé lors du dépistage du 1^er trimestre.  En Australie et aux Etats-Unis, il n’existe pas de recommandations nationales pour l’utilisation de ces tests alors qu’ils sont très largement implémentés dans le secteur privé. Dans la plupart des pays Européens, moins de 25% des femmes enceintes ont recours aux tests ADNlc. En Hollande et dans une grande partie des Etats-Unis, cette proportion est comprise entre 25% et 50%. Pour l’Espagne, l’Italie et l’Australie, ces taux sont compris entre 50% et 75%. Seule la Belgique obtient un taux d’utilisation supérieur à 75%. La majorité des pays sondés proposent un test ADNlc pour le dépistage des trisomies 13, 18 et 21 et le plus souvent des aneuploïdies des gonosomes. Uniquement la Belgique, la Hollande, la Lituanie, la Grèce et l’Italie proposent des tests ADNlc plus larges (pangénomiques et/ou recherche de microdélétions).

Conclusion

Les tests ADNlc dans le dépistage des principales aneuploïdies fœtales ont été très largement adoptés au travers de l’Europe, de l’Australie et des Etats-Unis. Seuls quelques pays/états ont élaborés des recommandations nationales sur l’utilisation de ces tests. La variabilité des attitudes des pays sondés pour l’utilisation de ces tests est considérable.

Les maladies de la réparation de l’ADN par excision de nucléotide (NER ou Nucleotide Excision Repair), comme par exemple le syndrome de Cockayne (CS) et la trichothiodystrophie (TTD), sont des pathologies très rares (respectivement 2,7 et 1, 2 cas par million de naissances vivantes), de transmission autosomique récessive, caractérisées par un retard de croissance, une microcéphalie, un retard psychomoteur, une atteinte neurologique et neurosensorielle et des anomalies de la peau et/ou des phanères. Les mutations ou délétions du gène DYRK1A sont responsables du syndrome retard mental dominant de type 7 (MRD7), associant une déficience intellectuelle (DI) avec retard sévère du langage, une microcéphalie, des traits dysmorphiques particuliers et des troubles de la marche. L’incidence globale des pertes de fonction de DYRK1A est évaluée entre 0,5 et 1% dans les cohortes de patients DI sélectionnés pour des explorations par séquençage haut débit.

Nous rapportons le cas de 6 patients initialement adressés à notre laboratoire pour suspicion de syndrome de Cockayne (n=5) ou trichothiodystrophie (n=1) en raison de signes cliniques évocateurs. Aucune variation pathogène dans les gènes de la voie NER n’a permis de confirmer ces diagnostics. Cependant, des analyses moléculaires complémentaires, par panel étendu de gènes impliqués dans le neurodéveloppement ou par exome, ont permis d’identifier chez ces patients des variations hétérozygotes de novo de type non-sens (n=2), délétion hors phase (n=1) ou insertion /délétion en phase (n=2) dans le gène DYRK1A. Le diagnostic de syndrome MRD7 est concordant avec les signes cliniques présentés par les six patients.

Le retard de développement avec déficience intellectuelle et retard de langage, la microcéphalie, l’énophtalmie et la cataracte constituent des symptômes fréquents et chevauchants entre CS, TTD et MRD7. Des anomalies oculaires (cataracte notamment), cutanées (eczéma) ou touchant les phanères (cheveux cassants) sont également visibles dans ces trois pathologies. Ces chevauchements phénotypiques expliquent les difficultés rencontrées par les cliniciens pour distinguer ces différentes entités. Le gène DYRK1A code pour la protéine kinase DYRK1A. En raison de la multiplicité des fonctions exercées par ses protéines cibles, DYRK1A est impliquée dans de nombreuses fonctions cellulaires telles que l’apoptose, la division cellulaire ou les fonctions synaptiques. De manière intéressante, des études d’expression menées sur des cellules de patients CS après irradiation aux UV ont indiqué une régulation négative de l’expression du gène DYRK1A (Kristensen, 2013 ; Epanchintsev, 2017). A l’inverse, nos études montrent que les cellules de patients MRD7 ne présentent pas de dérégulation significative des gènes de la voie NER. Le chevauchement clinique de ces pathologies pourrait donc reposer sur la dérégulation de voies cellulaires communes, les protéines de la voie NER intervenant en amont de DYRK1A dans ces mécanismes.

Introduction : Les maladies cardiaques héréditaires (cardiomyopathies et troubles du rythme isolés) exposent au risque de mort subite et/ou d’insuffisance cardiaque et elles ont un mode de transmission le plus souvent autosomique dominant. La prise en charge médicale réduit significativement le risque de complications sans pour autant guérir la maladie avec une morbi-mortalité résiduelle non négligeable. Si la mutation causale est identifiée, les couples ayant un projet de grossesse peuvent être amenés à solliciter ou à s’informer sur le recours à un diagnostic prénatal (DPN), un diagnostic préimplantatoire (DPI) ou à un don de gamètes. Le recours à un DPN ou à un DPI dans ces pathologies est controversé et les enjeux médicaux, éthiques et psychologiques sont particulièrement complexes. Aucune étude ciblée sur ces maladies héréditaires n’est par ailleurs disponible.

Objectifs : Les objectifs de cette recherche sont (i) de faire un état des lieux du nombre de DPN, de DPI et de dons de gamètes réalisés en France dans le cadre d’une maladie cardiaque héréditaire non syndromique (ii) de recueillir l’avis de patients sur ce sujet. 

Méthodes et Résultats : Les données exhaustives sur les procédures de DPN/DPI ont été récoltées auprès de l’Agence de Biomédecine et des laboratoires français : 18 DPN ont été réalisés en France entre 2009 et 2017 et 13 DPI entre 2013 et 2017 (majoritairement pour des cardiomyopathies). Le nombre de DPN et de DPI réalisés pour une maladie cardiaque héréditaire n’est donc pas exceptionnel mais relativement rare comparativement à la fréquence relativement élevée de ces maladies.

L’avis de 20 patients, suivis au sein du CRMR de la Pitié Salpêtrière pour une maladie cardiaque héréditaire (95% atteint d’une cardiomyopathie) a été recueilli via des auto-questionnaires. Leurs réponses montrent que peu connaissent les alternatives pour ne pas transmettre la maladie (DPN, DPI, don de gamètes, adoption) : seuls 25% connaissant l’ensemble de ces alternatives. Malgré cela, 45% des patients ont indiqué qu’ils ne souhaiteraient pas plus d’informations sur ces techniques en consultation de conseil génétique. Par ailleurs, 45% considèrent comme tout à fait acceptable ou acceptable le recours à un DPN et 75% le recours à un DPI, sans pour autant être demandeur d’y avoir recours pour eux- mêmes.

Conclusion : Nos résultats constituent les premières données disponibles dans le domaine des maladies cardiaques héréditaires non syndromiques en France. La perspective est de pouvoir progresser dans l’accompagnement des couples s’interrogeant sur leur risque de transmettre leur maladie et d’étayer les discussions au sein des CPDPN/centres de DPI.

Le domaine de la Cytogénétique tumorale et constitutionnelle a été bouleversé par la mise en évidence de nouveaux types de réarrangement complexe et massif du génome, que sont le chromothripsis, le chromanasynthesis et le chromoplexy.

Ces mécanismes, regroupés sous l’appellation « chromoanagenesis », se caractérisent par la multitude des remaniements qu’ils font subir à la cellule au cours d’un seul événement cellulaire, pour aboutir à la formation d’un ou de plusieurs chromosomes fortement remaniés.

Plusieurs caractéristiques confèrent une signature particulière à chacun de ces phénomènes, permettant de les distinguer des réarrangements chromosomiques complexes « classiques ».

L’existence de tels phénomènes cataclysmiques au sein d’une cellule suscite de nombreuses interrogations quant à leur formation et à leur impact sur le fonctionnement cellulaire. Ces mécanismes témoignent de la complexité insoupçonnée des phénomènes de restructuration chromosomique.

Au delà du contexte physiopathologique, la découverte des phénomènes de chromoanagenesis relance la discussion sur le rôle des remaniements chromosomiques dans les processus de spéciation au cours de l’évolution.

Les mécanismes de formation et de diffusion de ces phénomènes sont en accord avec plusieurs modèles de macro-évolution biologique dans lesquels de longues périodes d’équilibre sont ponctuées par de brèves périodes de changements importants.

Plusieurs exemples touchant diverses espèces de mammifères mais aussi l’Homme, illustrent l’impact des phénomènes de chromoanagenesis sur les processus de spéciation, et la notion de réarrangements évolutifs comme vecteur d’acquisition de nouvelles fonctions. Ainsi,  les processus de chromoanagenesis réintroduisent le concept de la co-existence des modèles d’évolution gradualiste et ponctualiste.

Important advances in the diagnosis and treatment of congenital heart malformations have been made in the past 50 years. Nowadays while echocardiogram plays an important role in the diagnosis, etiologic assessment at the genetic level becomes mandatory. Here, we studied by karyotyping, FISH and MLPA procedures, 36 Tunisian patients who had a tetralogy of Fallot (TOF). Clinical material with regard to congenital heart diseases, developmental milestones and dysmorphic features was gathered. The majority of investigated patients had an isolated TOF (n=30). Using 22q11.2 FISH technique, two patients with isolated TOF were found deleted (2/30: 6,7% - 2/36: 5,5). Clinical features of 22q11 microdeletions syndrome were shared by deleted patients. Dysmorphic features included broad nose, square shaped tip of nose, small philtrum, hypertelorism, telecanthus, squint and low set ears. Only one case diagnosed on the basis of clinical investigations as having Velo-Cardio-Facial (VCF; MIM 192430) syndrome with especially submucosal cleft palate and velopharyngeal incompetence, is still alive. Death of the other case occurred by respiratory distress syndrome within the two first years of life. This patient was diagnosed as having de novo DiGeorge syndrome (MIM 188400) because of immune system deficiencies associated with congenital thymic agenesis. Only one patient with isolated TOF had a cytogenetic chromosomal abnormalitie. He had dysmorphic features with dolichocephaly, micro-retro-gnathism, narrow/high-arched palate, low-set malformed ears, long philtrum, thin superior lip, upturned nares and periorbital fullness. Further findings were right hydrocele testis, long fingers and toes, and a small sacral dimple. No psychomotor impairments were detected until 7 months. Karyotyping revealed a de novo unbalanced translocation: 46,XY,der(16) t(X???;16). Array-CGH analysis with Constitutional Chip® 4.0, with a resolution of 700 kb, identified the Xp chromosome origin of the additional chromosomal material translocated to the subtelomeric region of chromosome 16q. With array CGH analysis it was possible to reveal an Xp duplication but without detection of a distal 16q monosomy. The karyotype was 46,XY,der(X)t(X;16). However, breakpoints mapping and eventual deletion of distal part of chromosome 16q are still under analysis. We conclude that children with congenital conotruncal heart malformations and especially TOF, should undergo karyotyping and microdeletion testing mainly when heart defects are associated with other congenital anomalies. Detection of chromosomal anomalies has a significant impact on prognosis and follow-up of patients, as well as on genetic counseling of families.

L'hétérogénéité tumorale observée dans le cancer du sein est à l'origine des échecs cliniques  et ce, malgré un important arsenal thérapeutique. Cette hétérogénéité s’explique par                         la présence, au sein de la tumeur d'une population minoritaire de cellules, les cellules souches cancéreuses (CSC). Ces CSC sont responsables des résistances aux traitements conventionnelles à l’origine des rechutes et des métastases. Un meilleur décryptage                     des programmes régulant les propriétés essentielles de ces cellules (à savoir l’auto-renouvèlement et la différenciation) est une étape cruciale pour le développement                         de nouvelles thérapies.  

Dans ce projet, nous avons donc effectué un criblage pan-génomique (18000 gènes) à haut débit (HTS : High THroughput pan-genomic screening) d’une banque d'ARN interfèrants (ARNsi) sur la lignée cellulaire SUM159 du cancer du sein. Les données générées par le HTS ont été analysées à l’aide de l’algorithme « HTS-Net » afin de mettre en évidence les gènes jouant un rôle majeur dans la biologie de CSC mammaires. Nous avons identifié ainsi 11 sous-réseaux de gènes, qui une fois inhibés,  pouvaient augmenter ou diminuer la population de CSC.

Notre étude ayant pour objectif principal l’identification d’un nouveau traitement anti-CSC, nous avons sélectionné 15 composés inhibiteurs ciblant 8 des 11 sous-réseaux identifiés. L'effet de chaque composé a été testé in vitro sur les CSC de cinq lignées cellulaires différentes de cancer du sein. Trois composés réduisant de manière significative les populations de CSC ont ainsi été identifiés: la Salinomycine qui est inhibiteur de l'autophagie, la Mifépristone, inhibant le récepteur des glucocorticoïdes) et JQ1, présentant un rôle inhibiteur du complexe médiateur. De plus, les combinaisons, deux à deux, réalisées in vitro et in vivo pour les trois drogues identifiées (Salinomycine, JQ1, Mifépristone) ont montré que l'association Salinomycine- JQ1 s’avérait être la plus efficace dans la diminution de la population de CSC et le développement des métastases.

En conclusion, les cellules souches cancéreuses pourraient constituer une cible thérapeutique pertinente dans le traitement du cancer du sein et éventuellement dans d'autres types de cancer. Notre étude propose une nouvelle stratégie thérapeutique anti-CSC mammaires qui pourrait conduire à un contrôle plus efficace du développement de la tumeur et à la prévention de la résistance au traitement.

Le cancer de la vessie représente la 6ème cause de cancer en Europe et la 2ème cause de cancer de l’appareil urinaire. Ce cancer s’accompagne de longues périodes de suivi, de taux élevés de récidives, d’interventions chirurgicales multiples et de surveillance invasive qui en font un des cancers les plus coûteux. Actuellement, il n’existe aucun traitement ciblé efficace ni de marqueur prédictif de récidive ou de progression de la maladie.

COBLAnCE (COhorte for BLAdder canCEr) est une cohorte prospective de 1805 patients diagnostiqués pour un cancer de vessie et suivis pendant 6 ans. Des données cliniques, environnementales, économiques, et de qualité de vie sont collectées à l’inclusion et durant le suivi. Ces questionnaires sont complétés au cours d’un entretien en face à face avec le patient, d’autoquestionnaires envoyés par courrier postal, et à partir du dossier médical. Des échantillons biologiques (sang, urine, ongle et tissu tumoral) sont également collectés et permettent de réaliser des extractions moléculaires (ADN, ARN et protéines).

COBLAnCE compte 14 centres de soins actifs (publics et privés) qui ont clôturé leurs inclusions fin juin 2018 et qui assurent désormais le suivi des patients. Les patients constituant la cohorte sont majoritairement des hommes (83%), l’âge moyen au diagnostic est de 68 ans (SD : 11ans) et 63% des patients présentaient à l’inclusion une tumeur n’envahissant pas le muscle vésical. Chez ces patients, 23% ont jusqu’à présent développé au moins une récidive et/ou progression de la maladie. Chez les patients atteints d’une tumeur invasive, 25% ont présenté une progression de la maladie. La biobanque qui a été constituée au moment de l’inclusion comporte l’ensemble des échantillons de sang, et des échantillons de tumeur et d’urine pour plus de 85% des patients. Les extractions moléculaires réalisées sur les échantillons ont conduit à l’obtention d’ADN et ARN pour respectivement plus de 90% et 70% des prélèvements. L’ensemble des dérivés moléculaires issus de ces échantillons biologiques sont de très bonne qualité et leur quantité permet d’envisager des analyses moléculaires mettant en œuvre les nouvelles technologies. La collecte de tumeurs lors des récidives se poursuit et vient enrichir la collection de dérivés moléculaires établie à l’inclusion.

Ainsi COBLAnCE permettra essentiellement : 1) d’étudier les mécanismes physiopathologiques de la maladie pouvant être modulés par le profil génétique des sujets et leur exposition à des carcinogènes environnementaux, 2) d'étudier plusieurs tumeurs consécutives chez un même patient, pour mieux comprendre les étapes de l'oncogenèse, 3) de transférer les résultats de l'étude vers la pratique clinique, 4) d'évaluer l'utilisation des ressources de soins dans les pratiques actuelles et comment elle peut évoluer en intégrant des biomarqueurs potentiels.

Financements : Investissements d’Avenir, Inserm, Ligue Nationale Contre le Cancer

Le locus 2q37 est l’une des régions subtélomériques les plus fréquemment délétées, pouvant être à l’origine du syndrome microdélétionnel 2q37, aussi appelé syndrome d’Ostéodystrophie Héréditaire d’Albright-like (AHO-like) ou syndrome retard mental-brachydactylie (BDMR) (MIM 60043), d’expression clinique variable. Suite à un appel à collaboration nationale, 41 patients porteurs d’une délétion 2q37 isolée ont été recensés. Tous les diagnostics ont été posés par l’analyse chromosomique sur puces à ADN, et confirmés par FISH avec une sonde locus-spécifique 2q37. Les délétions sont de taille variable, de 14kb intragénique DIS3L2 à 9.6 Mb.  La majorité des cas est non héritée, de probable survenue de novo. Cette cohorte, pédiatrique et adulte, permet de confirmer la variabilité phénotypique et d’affiner le phénotype post-natal (1 seul cas prénatal). Les deux signes principaux mais inconstants sont les difficultés légères à modérées des apprentissages associées à des troubles comportementaux notamment des difficultés attentionnelles, et la brachydactylie. La morphologie faciale typique précédemment rapportée est fréquente également dans notre cohorte. L’obésité (6/26), le surpoids (3/26), la petite taille (2/29) sont absents dans plus de 70% des cas. L’épilepsie est décrite dans 15% des cas. Les malformations sont le plus souvent cardiaques et rénales, de bon pronostic. D’autres particularités cliniques ont été soulignées (notamment malformations cérébrales non spécifiques, troubles du transit, trouble du sommeil, troubles squelettiques et hyperlaxité). Il s’agit de la plus grosse cohorte de patients non publiés (28/41) décrite à ce jour.

Introduction : Les techniques d’analyse des anomalies génétiques impliquées dans les troubles du rythme cardiaque ont évolué ces dernières années avec le développement des techniques d’analyses par séquençage haut débit. Nous nous proposons de comparer les résultats obtenus par séquençage Sanger et par séquençage haut débit.

Méthodes : Les pathologies rythmiques (sans cardiopathie du VG) les plus fréquentes reçues au laboratoire sont les suivantes : syndrome du QT long congénital (QTL), syndrome du QT court (SQT), syndrome de Brugada et troubles de la conduction, tachycardies ventriculaires catécholaminergiques (TVC) et dysplasie arythmogène du ventricule droit (DVDA). L’analyse par séquençage Sanger a porté sur 2317 patients : 985 patients QTL, 9 patients SQT, 690 patients avec suspicion de syndrome de Brugada, et 633 patients porteurs de DVDA. L’analyse par séquençage haut débit a été réalisée chez 1170 patients : 380 patients QTL, 330 patients atteints de syndrome Brugada et ou trouble de conduction, 405 atteints ou suspect de DVDA et enfin 13 patients porteurs de SQT, 25 patients atteints de TVC et 17 présentant des troubles du rythme atriaux.

Résultats et conclusion : La comparaison des pourcentages de variants pathogènes identifiés montre que les rendements sont sensiblement identiques entre séquençage Sanger et NGS pour les gènes classiques du syndrome de QTL (34% de variants de classe 4/5 vs 35% respectivement), du Brugada (16% vs 17%), et de la DVDA (29% vs 28%). La technique de NGS a cependant plusieurs avantages : l’analyse est plus rapide permettant d’étudier 24 patients sur une période de 2 mois sur un nombre de gènes définis par pathologie dans le cadre de la filière Cardiogen. Elle permet également d’identifier des remaniements de grande taille (délétion, duplication concernant un ou plusieurs exons de gènes) (2.8% dans les QTL et 1.7% dans les DVDA identifiés). Enfin elle permet le diagnostic de formes plus complexes avec des doubles mutationsou des mutations sur des gènes plus rarement impliqués. Cependant, le nombre de variants de signification inconnue identifiés par ces techniques reste une difficulté et nécessite l’étude de ségrégation du variant dans les familles pour espérer statuer sur un éventuel rôle causal.

Chronic myeloid leukemia (CML) is a clonal malignant disorder of a pluripotent hematopoietic stem cell characterized by the presence of a Philadelphia (Ph) chromosome produced by the reciprocal translocation t(9:22)(q34;q11), resulting in the chimeric gene BCR‑ABL. The Ph chromosome is found in over 90% of cases of CML, whereas 5-10% of cases demonstrate variant Ph chromosome translocations involving a third or infrequently a fourth chromosome in addition to chromosomes 9 and 22. Here, we report a case of Ph chromosome‑positive CML in the chronic phase characterized by an unusual variant Ph chromosome. A 76 year-old male patient suffered since 10 months with severe loss of weight and splenomegaly. White blood cell count was 80.500 × 109/l with myelaemia > 150 000.  Chromosome analysis using peripheral blood sample and RHG banding revealed a complex karyotype with a Ph translocation involving four chromosomal regions, 1p35-36, 9q34, 12p13 and 22q11.2: 46, XY, t(1;9;12;22)(p35-36;q34;p13;q11). The karyotype was in concordance with the clinical diagnosis of CML in chronic phase. There was no additional chromosomal abnormalities specific of acutisation. After karyotyping, the patient had initiation of Imatinib-treatment. Four‑way Ph chromosome translocations are an extremely rare event in myeloid malignancies and the phenotypic consequences of such rearrangements have not been investigated. FISH is the technique used at present to determine the mechanism of variant translocations. Usually, variant Ph translocations are observed at diagnosis in chronic phase of CML, and their occurrence is not associated with disease evolution. The mechanisms of the generation of the variant translocations are not fully clear. Moreover, it appears that variant translocations can affect any chromosome. However, it has been suggested that distribution of the break-points is non-random with the chromosomal bands most susceptible to breakage being: 1p36, 3p21, 5q31, 6p21, 9q22, 10q22, 11q13, 12p13, 17p13, 17q21, 17q25, 19q13, 21q22, 22q12 and 22q13. Since the majority of CML cases are currently treated with imatinib, variant rearrangements in general have no specific prognostic significance, although the mechanisms involved in resistance to therapy have yet to be investigated. As evaluation of prognostic features in a limited number of patients with four-way Philadelphia rearrangements at present yields controversial results, our case may add further information on the prognostic impact of such abnormalities in CML patients.

Les paraplégies spastiques héréditaires sont des pathologies caractérisées par une spasticité progressives des membres inférieurs. Récemment, des variants bialléliques dans VPS13D ont été rapportés chez des patients présentant une paraplégie spastique ou des troubles du mouvement de début infantile.

Nous rapportons ici le cas d’un patient avec une ataxie spastique liée à VPS13D. Le patient, sans antécédents familiaux notables, a présenté une paraplégie spastique touchant les membres inférieurs, qui s’est installée depuis l’âge de 7 ans. Celle-ci s’est progressivement aggravée, avec la nécessité de marcher avec une canne à l’âge de 19 ans puis de se déplacer en fauteuil roulant à partir de 26 ans. Il s’est plaint de troubles mnésiques et attentionnels à partir de ses 22 ans, troubles qui ont été confirmés par un bilan neuropsychologique. A 45 ans, une ataxie principalement statique a également été notée, associée à une spasticité sévère des membres inférieurs. L’IRM cérébrale a mis en évidence une atrophie cérébelleuse prédominant sur le vermis ainsi qu’une moelle cervicale atrophique.

Le séquençage d’exome en trio chez ce patient a mis en évidence la présence de variants présents à l’état hétérozygote composite dans VPS13D : c.946C > T, p.Arg316* et c.12416C > T, p.Ala4139Val. Le dernier variant était prédit comme pathogénique grâce aux outils de prédiction in silico.

Des analyses fonctionnelles ont été réalisées grâce à la biopsie de peau réalisée chez ce patient, afin de préciser l’impact de ces variants sur la fonction mitochondriale. En effet, la littérature médicale avait mis en évidence une implication de VPS13D dans le fonctionnement mitochondrial. L’analyse de l’organisation du réseau mitochondrial par microscopie à fluorescence a montré des mitochondries fragmentées. Les analyses par western blot ont également mis en évidence une diminution drastique des complexes mitochondriaux, suggérant une altération de la fonction mitochondriale.

Ces analyses fonctionnelles renforcent le caractère pathogène de ces variants de VPS13D et ce nouveau patient confirment donc la présence d’ataxies spastiques liées à VPS13D.

Contexte : Nous avons développé, dans le cadre de notre procédure d’identitovigilance, une PCR multiplexe permettant de tracer l’identité des échantillons lors du processus pré-analytique (extraction d’ADN) et analytique (ACPA et NGS).

Matériels & Méthodes : Cinq microsatellites (D15S1021, D16S3089, D6S1657, D22S1157, D16S3080) et un amplicon ciblant le chromosome Y (AMELY)  sont amplifiés sur l’ADN extrait ainsi que sur une seconde extraction d’1µl de sang du tube primaire avec le kit Genereleaser (Eurogentec). Les amorces sens sont modifiées en 5’ avec une queue universelle. Une amorce universelle fluorescente de séquence, identique à la queue des amorces sens, est ajoutée au mix d’amorces à la concentration finale de 0,5µM (d’après Schuelke M, Nature Biotechnology, 2000). L’amorce universelle fluorescente est marquée en FAM pour l’extraction de l’ADN et en HEX pour l’extraction Genreleaser. De plus, des PCR spécifiques d’allèles comportant 4 SNP (rs216903, rs2704051, rs2044613 et rs10789387) et un amplicon sur le gène AMELX  sont amplifiées dans le mélange PCR « ADN ». La discrimination des deux allèles des SNP se fait par la taille (ajout en 5’ d’une séquence de 4 bases sur l’amorce spécifique de l’allèle minoritaire). Brièvement, 1µl de sang total est mélangé à 10µl du réactif Genreleaser dans un microtube avant une incubation dans un thermocycleur selon les recommandations du fournisseur. A ce mélange sont ajoutés 15µl du mix multiplex Qiagen (Qiagen) et 4µl du mélange d’amorces. La PCR « ADN » est réalisée sous 10µl et comprend 5µl du mix multiplex Qiagen, 4µl du mélange d’amorces et 1µl d’ADN. Chaque PCR est réalisée de manière indépendante en utilisant le même programme de PCR (dénaturation initiale à 95°C pendant 15 minutes, 40 cycles comprenant 30 secondes à 95 °C, 90 secondes à 59°C et 30 secondes à 72°C, puis une élongation finale de 10 minutes à 72°C). A la fin des PCR, un mélange de 2µl de la PCR « Generealer » (marqué en HEX), 0,5µl de la PCR « ADN » (marqué en FAM et NED), 0,2µl de ROX et 7,3µl de formamide est analysé sur le séquenceur 3130XL (ThermoFischer). Les données sont interprétées par le logiciel Genemapper V6 (ThermoFischer).

Résultats : Des tests en limite de détection montrent que l’analyse des microsatellites et des SNP est possible jusqu’à 1ng/µl de l’ADN extrait. Le génotype des SNP est parfaitement concordant avec l’analyse en ACPA (ThermoFischer) sur 30 échantillons. Enfin, des tests de contamination inter échantillons ont été effectués et objectivent par l’analyse des microsatellites une détection de contamination à 5%.

Conclusions : Cette approche simple et robuste permet de vérifier la concordance entre l’ADN extrait et le tube primaire (utile en cas d’extraction manuelle ou semi-automatique), de vérifier l’absence de contamination de l’ADN extrait et de tracer l’échantillon tout au long du processus analytique par la comparaison des 4 SNP avec les données issues de l’ACPA ou du NGS.

La maladie de Pompe, ou glycogénose de type II, est une maladie génétique rare de transmission autosomique récessive, due à un défaut d’activité de l’hydrolase lysosomal (GAA), elle est de symptomatologie variable regroupant, une cardiomyopathie hypertrophique, une faiblesse musculaire, et une altération de la fonction respiratoire. Il existe 3 formes, forme adulte, adolescent, et infantile qui est la plus sévère et qui engage le pronostic vital.

   Notre travail est une étude rétrospective intéressent 2 familles ayant des enfants décèdes suite à la maladie de pompe, suivies en consultation de génétique médicale du CHU Casablanca. Le but de notre étude est de décrire le profil clinique, par aclinique et génétique de la maladie de Pompe.  

  Nous rapportant le cas de 2 familles, avec un mariage consanguin de 1^er degré, adressées pour un décès à un âge jeune de leurs enfants suite à la maladie de pompe. La première famille le décès de 2 enfants, dans la 2eme famille décès d’une fille unique. Dans le même contexte clinique, ils présentent, une cardiomyopathie hypertrophie et des infections respiratoire a répétition, le diagnostic a été confirmé par un dosage de alpha glucosidase acide sur le sang, une étude génétique n’a pas pu être réalisé vue le décès précoce des enfants. Un conseil génétique est réalisé chez les 2 familles.

  Un diagnostique précoce dès les premiers symptômes, et une détermination du statut du CRIM (cross réactive immune matériel) en urgence est préconisée avant toute prise en charge, ayant un intérêt pronostique et pouvant conditionner les indications thérapeutiques par des immunosuppresseurs transitoire. Un  conseil génétique chez la famille doit être réalisé,  pour le meilleur des enfants à venir.

  Mots clés : maladie de pompe, diagnostique, conseil génétique.

L’utilisation en routine des techniques de séquençage haut débit  entraîne la production  d’une quantité considérable de données génomiques. Par données génomiques nous entendons tous les fichiers générés lors de l’analyse bioinformatique. Les plus volumineux sont les fichiers contenant les lectures brutes (FASTQ, 5GB pour un exome 60X), ceux contenant les lectures alignées sur un génome de référence (BAM, 5GB) et finalement ceux contenant les variants annotés (VCF, 10MB). Cette croissance constante des analyses et des données qui en découlent, est à l’origine de deux interrogations concernant le stockage informatique de celles-ci : Quels fichiers doit-on garder et combien de temps ?

La norme ISO15189, à laquelle sont soumis les laboratoires de biologie médicale, indique qu’il est nécessaire de conserver les données brutes de séquençage le temps de deux audits COFRAC (SH-REF02). Le guide de bonne exécution des analyses de biologie médicale (GBEA), lui, recommande que les résultats nominatifs, en y incluant les données brutes des automates, soient conservés sans limite de temps. Il apparaît nécessaire de déterminer précisément les besoins afin de déterminer quelles seront les données stockées et d’évaluer les coûts de leur conservation. Il est important de noter que les coûts de stockage ne se limitent pas uniquement au prix du matériel informatique. En effet les ressources humaines nécessaires au maintien de l’infrastructure et de la production de données doivent également être prises en compte. Par exemple, s’il est décidé de ne conserver que les FASTQs et les VCFs et qu’il survient un doute concernant l’appel des variants, il sera nécessaire de consommer des ressources de calcul afin de ré-aligner les lectures avec le même logiciel et dans la même version qu’à l’époque de la première analyse.

Afin d’apporter un premier élément de réponse concernant la problématique de l’espace de stockage, nous avons réalisé un benchmark de trois outils de compression des fichiers FASTQ et BAM. Ces outils sont (i) le CRAM (samtools) recommandé par the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH), (ii) Lena (Enancio) et (iii) PetaSuite (PetaGene) que nous avons pu tester suite à des échanges avec les développeurs.

Chaque outil a été évalué sur plusieurs critères : taille du fichier d’origine par rapport à la taille du fichier compressé, temps d’exécution, nombre de lectures présentes dans chaque fichier compressé et l’intégrité des données après décompression via un md5check.

INTRODUCTION

Dans un objectif d’amélioration de la prise en charge des patients, il existe des pistes pour apporter une meilleure qualité d’information et d’échanges durant les consultations d’oncogénétique. L’une d’elle est l’organisation de consultations de groupe pour les cas index orientés dans le cadre d’une indication identique. Certaines études se sont intéressées à cette modalité de consultation dans un but de raccourcir les délais d’attente, d’autres pour évaluer l’effet sur la compréhension des patients sur les informations délivrées. L’objectif dans cette étude est cette fois d’étudier l’intérêt des patients autour d’un support d’explication et des échanges avec des autres personnes concernées.

MATERIEL ET METHODES

Cette approche a été testée 1 fois par mois lors d’une expérience pilote de 3 mois, avec des groupes de 8 à 10 patientes orientées dans le cadre d’une recherche de prédisposition génétique aux cancers du sein et de l’ovaire. Lors de la prise de rendez-vous téléphonique, les deux modes de consultations ont été proposés aux patientes de manière neutre et factuelle. Il leur a été précisé que les délais de rendez-vous étaient identiques quelle que soit la modalité de consultation, pour ne pas influencer leur décision. Leur choix ainsi que les motivations qui les sous-tendent ont ainsi pu être recueillis.

Le déroulé de la consultation était le suivant : un 1^er temps en groupe, d’environ 45 minutes, avec présentation des informations générales à l’aide d’un diaporama illustré, puis réponse à toutes les questions éventuelles. Dans un 2^nd temps, les patientes sont reçues à tour de rôle pour une consultation courte de 15 à 20 minutes maximum afin de revoir leur histoire personnelle et familiale du cancer préalablement complétée dans un document à cet effet, recueillir leur consentement éclairé, répondre aux questions qu’ils n’auraient pas souhaité poser en groupe, et prescrire l’analyse génétique le cas échéant. En sortie de consultation de groupe, la satisfaction des patientes a été évaluée au travers d’un court questionnaire.

RESULTATS

La consultation de groupe a été acceptée par 30% des patientes contactées. L’analyse des motivations montre que l’acceptation semble d’une part directement associée au bon état général de la patiente, autant physique que psychologique et d’autre part associée à leur proximité géographique et à une plus large disponibilité. L’analyse préliminaire de la satisfaction générale relevée après la première des trois consultations de groupe, a été excellente. Elles ont également apprécié et bénéficier des échanges dans le groupe. Les praticiens ont pu aussi apprécier cette modalité, qui permet de transmettre une seule fois les mêmes informations. Les résultats définitifs seront disponibles au mois de décembre et détaillés dans le poster.

L’objectif de ce travail est de mesurer l’intérêt du dispositif et la satisfaction des patients afin d’envisager de pérenniser ou non ce mode de consultation innovant.

La population carcérale se caractérise par une très forte prévalence de troubles psychiatriques, estimée à 80%. Les troubles anxieux apparaissent les plus fréquents (56%), suivis des troubles thymiques (47%), de la dépendance aux substances psychoactives et/ou à l’alcool (34%), du trouble de la personnalité antisociale (28%) et des troubles psychotiques (24%) dont 7% de schizophrénies (Enquête de prévalence sur les troubles psychiatriques en milieu carcéral – Rapport CEMKA-Eval 2004). Ces troubles psychiatriques peuvent être associés à des troubles cognitifs et il semblerait qu’il y ait une surreprésentation d’individus atteints de déficience intellectuelle (DI) en milieu carcéral. Actuellement, la cause de ces troubles n’est souvent pas recherchée et à notre connaissance aucune étude ne s’est intéressée à identifier des maladies génétiques rares, monogéniques, au sein de cette population.

Nous rapportons ici, à notre connaissance, la mise en place de la 1^ère série de consultations de génétique en milieu carcéral en France, chez des patients présentant des troubles cognitifs associés à des troubles psychiatriques. Sur quatorze individus rencontrés (douze hommes et deux femmes), six d’entre eux présentaient une DI légère et six présentaient des difficultés d’apprentissage. La majorité des patients souffraient également de troubles psychiatriques, notamment de troubles psychotiques (7/14) et de conduites addictives (6/14). Trois patients présentaient une dysmorphie faciale et/ou des anomalies des extrémités. Au total, neuf patients ont bénéficié d’une analyse par puce chromosomique et d’une recherche du syndrome de l’X-fragile. Nous avons mis en évidence des gains de matériel chromosomique de signification indéterminée, chez 2 individus (dup16p12.3p12.2 (2,4Mb) + dup22q11.21q11.22 (1,1 Mb) et dupXp22.2 (495kb)). Le séquençage de l’exome qui a été réalisé chez deux patients, a mis en évidence un variant EHMT1 (NM_024757:c.1248+1G>A,p.( ?)) de classe 3 et un variant perte de fonction qui sera étudié dans le cadre de la recherche.

D’après notre expérience, il nous semble qu’une part non négligeable d’individus incarcérés présentant des troubles cognitifs et des troubles psychiatriques, pourraient être atteinte de maladies génétiques rares. Le contexte de l’incarcération et les difficultés d’interprétation des variants, le plus souvent liées à l’impossibilité d’établir la ségrégation familiale, nous interrogent quant à la légitimité de de proposer ces consultations. L’identification d’un diagnostic étiologique pourrait permettre une meilleure orientation par les équipes médicales. Néanmoins la découverte d’un déterminisme génétique pourrait également avoir des répercussions judiciaires variables, voire opposées. Ainsi la mise en place de ce type de consultations et la découverte de variants potentiellement impliqués dans les troubles du comportement posent de nombreuses questions sur le plan éthique et juridique.

En Algérie, le cancer du pancréas présente un réel problème de santé publique. Les principaux facteurs de risque sont le facteurs environmentaux et génétiques. Plusieurs voies sont impliquées dans l'apparition du cancer du pancréas tel que la voie de métabolisme des folates. La MTHFR est une enzyme clé qui catalyse la conversion du 5,10 méthylènetetrahydrofolate en 5,méthyltetrahydrofolate et qui permet ainsi à l'homocysteine d'ètre reméthylé en méthionine et épurée de l'organisme.

L'objectif de la présente étude est de rechercher une eventuelle association entre le polymorphisme C677T du gène MTHFR et le développement du cancer du pancréas.

Cette étude est réalisée sur un total de 41 sujets, dont 23 témoins et 18 patients atteints du cancer du pancréas originaires de l'ouest algérien. L'exploration des differents génotypes du polymorphisme a été réalisée par PCR-RFLP. La comparaison des fréquences alléliques et génotypiques entre les deux groupes de témoins et cas a été établie en utilisant les tests statistiques.

Les résultats de l'étude épidemiologiques montrent une nette prédominance masculine sur l'ensemble des sujets malades (Sexe ratio 1,25/1) et une fréquence maximale de survenue entre 50 et 70 ans.

L'analyse statistique montre qu'il n'existe aucune différence statistiquement significative de distribution des fréquences génotypiques du polymorphisme C677T du gène MTHFR entre les cas et les témoins (OR=0.78, p=0.90). De meme, le génotype groupé ne semble avoir aucune distribution significatif entre les deux groupes (OR=1.09,p=0.86).

Les résultats obtenus restent préliminaires, il serait trés important d'augmenter le nombre de cas à étudier et d'explorer d'autres polymorphismes du gène MTHFR pour une caractérisation génétique précise du cancer du pancréas dans la population de l'ouest algérien.

Introduction 

Le syndrome de Li-Fraumeni (SLF) est une affection rare de prédisposition à de multiples cancers. Il est caractérisé par un large spectre tumoral associant essentiellement : cancer du sein, ostéosarcome, sarcome des tissus mous, tumeurs cérébrales et carcinome corticosurrenalien.

Il s’agit d’une maladie autosomique dominante à haute pénétrance due à une mutation germinale du gène TP53 codant pour un suppresseur de tumeurs. Ce gène est impliqué dans 75% des familles répondant aux critères classiques du SLF.

Objectif :

Etablir une corrélation génotype phénotype dans le SLF à travers deux familles chez qui une mutation du gène TP53 a été détectée.

Patients et méthodes :

Les cas index (P1) et (P2) ont été adressés  à la consultation d’oncogénétique pour suspicion de SLF. Une enquête génétique et une étude moléculaire du gène TP53 ont été réalisées.

Observations :

P1 est une patiente qui a développé, à l’âge de 27 ans, un cancer du sein bilatéral. Il s’agit d’un carcinome canalaire infiltrant de grade SBRII du coté gauche ainsi qu’un foyer carcinomateux intra canalaire du coté droit.  L’enquête génétique retrouve la notion de cancers multiples dans la branche maternelle à savoir : un cancer du colon chez la mère, un cancer du sein chez 5 cousines maternelles, un cancer du cerveau chez 3 tantes maternelles et un oncle maternel, un sarcome chez un cousin maternel et une hémopathie chez un autre cousin. L’étude génétique a permis d’identifier une mutation délétère (c.742C>T) au niveau de l’exon 7 à l’état hétérozygote.

P2  nous a été adressée à l’âge de 39 ans. Elle a comme antécédent personnel un ostéosarcome du membre inférieur droit développé à l’âge de 14 ans  pour lequel elle a été opérée. A l’âge de 35 ans, elle a eu un carcinome lobulaire  du sein droit traité par une chimiothérapie néo-adjuvante, une mastectomie et une radiothérapie. Neuf  mois après, elle a présenté  un carcinome épidermoïde de l’œsophage bien différencié qui a été traité par oesophagectomie sub-totale .

Par ailleurs, l’enquête génétique a retrouvé des antécédents de cancer du sein au niveau de la branche paternelle chez une tante et un oncle découverts à 42 ans et 65 ans respectivement.

L’étude du gène TP53 a permis l’identification d’une mutation délétère (c.159G>A) au niveau de l’exon 4 à l’état hétérozygote.

Un conseil génétique a été délivré aux deux familles.

Conclusion :

Le syndrome de Li-Fraumeni est caractérisé par une très grande variabilité clinique intra et interfamiliale avec une corrélation génotype phénotype bien établie. La confirmation moléculaire de ce syndrome permet de dépister les familles à risque élevé, de donner un conseil génétique adéquat et de proposer des mesures de surveillance.

Le gène GJB2 est localisé sur le chromosome 13 (13q12) et il code la connexine 26 (CX26). Les connexines sont des protéines transmembranaires qui s’assemblent en hexamères puis en connexons pour former une jonction intercellulaire (gap junction). Différentes connexines sont exprimées dans la cochlée et dans l’épiderme. Dans la cochlée, la CX26 est présente dans les cellules de support des cellules sensorielles et dans leurs cellules adjacentes, où elles permettent le passage d’ions et de molécules. Dans l’épiderme, la CX26 est présente surtout sur les paumes et les plantes et régule la prolifération et la différentiation des kératinocytes. Les mutations du gène GJB2, sont les causes les plus fréquentes de surdités non syndromiques autosomiques récessives (DFNB1) mais elles rendent également compte d’une surdité isolée de perception autosomique dominante (DFNA3) : bilatérale pré- ou post-linguale précoce, moyenne à profonde et souvent évolutive, et de formes syndromiques de surdité avec atteintes cutanées. Quatre formes de surdités syndromiques ont été décrites : le syndrome de kératodermie palmoplantaire-surdité (PPKD), le syndrome de Vohwinkel (VS), le syndrome de Burt-Pumphrey (BPS) et le syndrome kératite (et hystrix-like) ichtyose surdité (KID/HID). Nous présentons une cohorte de 20 familles (11 formes familiales et 9 cas sporadiques) recrutées au sein du réseau national du CRMR « Surdités Génétiques » présentant des variants pathogènes hétérozygotes dominantes de GJB2. Sur le plan clinique, il s’agissait de 8 cas de surdité isolée, 11 cas de surdités syndromiques et 1 famille dans laquelle co-existent les deux formes cliniques syndromique et isolée. Sur le plan génétique, 13 variations pathogènes ont été détectées : 8 déjà connues et 5 non rapportées dans la littérature. Parmi les 5 variations non rapportées, quatre étaient impliquées dans une surdité isolée DFNA3 et une dans un syndrome KID. Pour les variations déjà connues, nous avons pu confirmer le phénotype décrit précédemment chez 6 cas et dans les 2 restants nous avons observé un phénotype diffèrent.  L’étude de cette large cohorte française nous a permis d’enrichir la connaissance des phénotypes associés aux mutations dominantes du gène GJB2.

La technologie de séquençage à haut débit est maintenant utilisée en routine pour la plupart de tests génétiques. La méthode actuelle ne permet pas toujours un séquençage complet de toutes les régions d’intérêt, ce qui peut générer des résultats « faux négatifs » pour lesquels le variant pathogène n’est pas été identifié. Sachant que dans plus de moitié de cas on ne trouve pas de défaut moléculaire responsable de la maladie, il est indispensable de s’assurer que le séquençage des régions d’intérêt est de bonne qualité. La qualité du séquençage est définie par sa profondeur et sa couverture. Si un des gènes potentiellement impliqués dans la pathologie du patient n’est pas assez couvert, il est nécessaire de demander un séquençage complémentaire ciblé pour exclure la possibilité d’un faux négatif. Dans la pratique actuelle, l’information détaillée sur la couverture des régions séquencées n’est pas rendue systématiquement avec les résultats d’analyses et souvent dans un format difficile à interpréter.

Pour faciliter l'interprétation des données de couverture, nous avons conçu CovReport, un nouvel outil de visualisation de la couverture du séquençage des gènes qui facilite grandement l’interprétation des compte rendus de tests diagnostiques par séquençage. En générant un résumé concis de la couverture par exon, il permet d'évaluer en un coup d'œil la performance du test de séquençage et donc d’augmenter la fiabilité du diagnostic. Une interface conviviale génère un résumé graphique de la couverture qui peut être directement inclus dans le compte rendu. CovReport ne nécessitant pas d'installation complexe, il peut donc être facilement implémenté dans tous les cadres diagnostiques. En plus d'une version interactive, CovReport existe également en version en ligne de commande, permettant l’automatisation pour un grand nombre des analyses. Cet outil flexible et facile à utiliser fait maintenant partie des analyses de routine « panels de gènes » effectuées au département de génétique de Laboratoire de Génétique Moléculaire de l’APHM depuis 1 an (700-1000 rapports générés).

Disponibilité et implémentation : CovReport est disponible sur http://jdotsoft.com/CovReport.php Il est implémenté en Java et supporté sous Windows, Mac OS X et Linux.

Les causes d’hydrocéphalie fœtale sont multiples. Parmi les causes obstructives impliquant l’aqueduc de Sylvius, l’examen neuropathologique permet de distinguer les sténoses (réduction de calibre) des atrésies (oblitérations avec formations en rosettes). Les atrésies de l’aqueduc de Sylvius (AAS) sont classiquement considérées comme secondaires à un évènement hémorragique ou inflammatoire. Le gène MPDZ a été identifié comme le premier gène responsable de l’AAS, de transmission autosomique récessive. Récemment, des mutations du gène CRB2 ont été rapportées chez des patients avec hydrocéphalie et une anomalie de l’aqueduc de Sylvius décrite comme une sténose à l’imagerie, +/- syndrome néphrotique cortico-résistant.

Nous rapportons ici l’observation d’un fœtus de 25 semaines présentant une hydrocéphalie majeure, sans autre malformation associée. A l’examen neuropathologique, nous avons observé une dilatation biventriculaire associée à une AAS avec nombreuses rosettes épendymaires également présentes au niveau du V4 et du canal médullaire. Notre analyse par séquençage d’exome a exclu MPDZ et a identifié deux variations hétérozygotes composites dans le gène CRB2, une variation perte de fonction et une variation faux sens déjà rapportée comme pathogène.

Le gène CRB2 code pour une protéine transmembranaire participant à la formation des jonctions serrées au niveau cérébral. Elle appartient au complexe CRUMBS et interagit avec d’autres protéines de jonction serrée comme ZO-1 et MPDZ, mais également avec le complexe PAR, impliqué dans le maintien de la polarité cellulaire et des jonctions adhérentes. Chez les modèles murins avec inactivation ciblée de CRB2 dans le télencéphale ou la rétine, la localisation des protéines de jonctions serrées (ZO-1) et adhérentes (N-Cadhérine) semble dépendante de CRB2. Afin de mieux comprendre le mécanisme de l’AAS chez l’homme, nous avons réalisé des analyses immunohistochimiques marquant les différentes protéines de jonctions. Nos résultats préliminaires orientent vers une conservation des protéines de jonctions serrées et adhérentes suggérant un mécanisme différent telle une anomalie de la polarité cellulaire ou de la transition épithelio-mésenchymateuse.

Cette observation fœtale ouvre le champ des hydrocéphalies fœtales aux formes primitives des AAS liées aux mutations des gènes de jonctions épendymaires comme le CRB2 et MPDZ. En cas d’interruption médicale de grossesse, l’examen neuropathologique est indispensable pour en préciser la cause et orienter l’étude génétique, mais aussi appréhender les mécanismes physiopathogéniques sous-jacents.

Introduction

La maladie de Rendu-Osler (RO ou HHT Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia) est une maladie génétique rare, autosomique dominante (prévalence 1/6000). Elle se manifeste par des épistaxis qui peuvent être très sévères, des télangiectasies et des malformations artério-veineuses pulmonaires, hépatiques et cérébrales. Ces symptômes affectent significativement le quotidien des patients, leurs relations sociales et leur vie professionnelle.

Les outils de mesure de la qualité de vie (QDV) sont souvent génériques ; ils ne tiennent pas compte des particularités des pathologies et de leurs symptômes et ne permettent pas d’avoir une vision fine de leur impact sur la QDV.

Objectif principal

Elaborer et valider un outil de mesure de la qualité de vie (QDV) spécifique à la maladie de RO, simple et rapide, en auto-passation

Objectif secondaire

Evaluer les corrélations entre cet outil et des questionnaires validés

Méthodologie

ELECT-RO est une étude prospective multicentrique non interventionnelle en 2 phases ; durée 36 mois dont 33 mois d’inclusions

Promotion Hospices Civils de Lyon ; Avis CPP favorable le 27/11/2018

1) Phase qualitative : réalisée par le Centre de Référence (CRMR) pour la maladie de Rendu-Osler

1. Entretiens non directifs avec des patients et des médecins spécialistes du réseau de prise en charge de la pathologie pour créer une grille d’entretien ; puis 13 entretiens semi-directifs avec des patients (saturation des données)
2. Analyse des contenus thématiques : méthode de la théorisation ancrée pour élaborer un outil de 75 items abordant tous les domaines de la QDV (santé, famille, professionnel, loisirs, psychologique)
3. Apports de la phase qualitative : la QDV est d’abord liée à la santé (présence et sévérité des signes) et aux conséquences professionnelles, familiales et sociales des symptômes. Les patients rapportent le manque général de connaissances lié au caractère rare de cette maladie et le sentiment d’être incompris qui en découle

2) Phase quantitative : actuellement en cours dans le Centre de Référence pour la Maladie de Rendu-Osler, les 16 Centres de Compétences et 3 consultations associées

1. Passation de l’outil de 75 items par 400 patients RO
2. Epuration statistique pour créer un outil de 20-25 items
3. Passation par 200 patients du nouvel outil associé à des questionnaires validés : SF36, échelle d’anxiété-dépression, échelle de soutien social et échelle de régulation émotionnelle ; re-test du nouvel outil à 1 mois
4. Validation statistique : cohérence et corrélation entre les outils, reproductibilité

Conclusion

Cette échelle validée permettra une identification et une quantification des aspects de la qualité de vie impactés chez les patients avec une maladie de RO (domaines de la santé, familial, professionnel, des loisirs et/ou psychologique) afin de leur proposer un accompagnement médico-psycho-social individualisé tout en harmonisant les pratiques.

Contexte: Le test prénatal non invasif (TPNI) permet la détection d’informations génétiques relatives au foetus de manière sécuritaire, plus précoce et plus fiable que les méthodes de dépistage existantes. Certaines provinces canadiennes ont déjà intégré le TPNI dans leur programme public de dépistage prénatal, limité à la détection d’aneuploïdies chez les grossesses à risque élevé. Ceci est généralement bien accueilli par l’opinion publique et la communauté médicale, mais certains s’inquiètent de l’expansion du TPNI à un plus grand nombre de conditions. En effet, grâce aux avancées technologiques, il est concevable que l’on puisse procéder au dépistage de nombreuses conditions génétiques via le TPNI. Cela pose d’importants dilemmes éthiques, qui font écho à ceux déjà énoncés dans le cadre du diagnostic préimplantatoire (DPI). Le groupe de recherche PÉGASE 2 est chargé de réfléchir aux enjeux de l’extension de l’accès au TPNI au Canada, ainsi qu’aux justifications éthiques et morales autour de la détection d’un plus grand nombre de conditions grâce au TPNI. Pour identifier des critères pouvant être utiles dans le cadre du TPNI, nous avons donc procédé à une revue systématique des critères actuellement utilisés pour guider l’utilisation du DPI.

Méthodologie: Nous avons procédé à une revue systématique de la littérature sur le DPI et les critères utilisés pour guider son utilisation dans les pays de l’OCDE depuis 1998. Nous avons identifié 448 documents, dont 216 ont été retenus comme pertinents après évaluation de l’abrégé. Ces 216 articles ont été révisés par 2 auteurs et codés en utilisant le logicial NVivo.

Résultats: Le consensus général est qu’il est justifiable d’avoir recours au DPI pour détecter la présence d’une condition génétique sévère. Cependant, il n’existe pas de normes établies pour déterminer si une condition génétique donnée est sévère ou non. Pour illustrer la sévérité d’une condition, on fait appel dans la littérature à des caractéristiques de la maladie qui sont associées à une plus grande sévérité: une pénétrance élevé, un âge précoce d’apparition des symptômes, l’absence de traitement, une diminution de la survie, une progression rapide de la maladie et/ou une diminution de la qualité de vie. Plus une condition possède ces caractéristiques, plus elle est susceptible de faire consensus. Le TPNI comme le DPI ouvre la porte à la détection de caractéristiques fœtales non-médicales, comme le sexe fœtal. Cela est controversé en DPI, et l’est tout autant pour le TPNI.

Conclusions: Comme le DPI n’est effectué que dans un petit nombre de grossesse, il est plus facile d’évaluer chaque cas individuellement selon des critères locaux. Pour le TPNI qui sera intégré à des programmes de dépistage prénatal populationnels, une approche individuelle n’est pas réaliste. Le développement de critères établis sera nécessaire pour déterminer l’acceptabilité de l’ajout de conditions données au panel de conditions ciblées par le TPNI.

C’est pendant mes études que j’ai découvert le génogramme comme outil possible à la prise en charge thérapeutique. Mais cela n’était que de l’informatif : on m’a présenté un outil sans formation autour de cet outil. On peut dire que du coup ma première rencontre avec le génogramme a coïncidé avec mon poste de psychologue dans un service de génétique car en génétique toute consultation commence par la réalisation d’un arbre généalogique.

La consultation de génétique est toujours une consultation familiale ; même si la personne vient seule. Avec l’arbre généalogique systématiquement fait lors de la consultation de génétique, la famille est convoquée et interrogée dans sa normalité médicale dès le départ. C’est une consultation difficile et longue pendant laquelle le médecin va recueillir des données dites « objectives » (antécédents médicaux, enfants décédés....). La construction de l’arbre généalogique, mais aussi le fait de se placer sur cet arbre déjà construit, renvoie la personne à cette histoire qui est la sienne et celle de sa famille. Cette consultation peut rappeler des souvenirs, elle renvoie aux pertes et elle place certaines personnes en tant que: responsable de, ou futur malade.

Mais déjà lorsque le psychologue participe aux consultations médicales, il peut venir superposer un autre arbre à celui purement généalogique et médical pour faire en sorte que la personne ne reste pas dans un type de « cognition » (pensée) unique.

Nous tenterons dans cette présentation de reprendre comment le thérapeute travaillant dans un service de génétique peut se saisir de l’arbre généalogique comme source d’informations sur les liens familiaux, les enjeux psychiques. Et comment le génogramme peut être un outil qui permettra au sujet de se « reconnecter » à son histoire.

Objectifs: L’objectif du dépistage néonatal de la mucoviscidose (DNM) est de repérer les nouveau-nés atteints de forme classique de la maladie de façon à proposer une prise en charge précoce. Ce dépistage conduit néanmoins à repérer également des nouveau-nés pour lesquels le diagnostic ne peut être conclu (CFSPID), notamment en présence d’un test de la sueur intermédiaire et lorsque le génotype n’identifie pas deux variants pathogènes associées à la mucoviscidose (variants CF). L’objectif de cette étude est de prendre en compte la pénétrance associée à certains variants afin de mieux les classer pour le diagnostic et le conseil génétique.

Méthodes: La pénétrance au DNM a été évaluée pour 15 variants du gène CFTR (c.1521_1523del (F508del) et 14 autres variants) identifiés chez des nouveau-nés CFSPID, 8 de ces 15 variants étant classés différemment selon les deux bases de données locus spécifiques CFTR-France (données de patients et individus présentant des phénotypes variés) et CFTR2 (données des registres de patients atteints de mucoviscidose). Partant des données du DNM entre 2002 et 2016, le nombre de nouveau-nés repérés homozygotes pour F508del et hétérozygotes composites pour F508del et un autre variant a été comparé au nombre théorique attendu de nouveau-nés porteurs de ce même génotype sur la même période. Ce nombre a été déterminé à partir des fréquences alléliques dans la population générale française ou européenne (gnomAD).

Résultats: Sur les 2441 nouveau-nés dépistés avec un diagnostic de mucoviscidose ou CFSPID entre 2002 et 2016, 987 étaient homozygotes pour F508del et 354 hétérozygotes composites pour F508del et l’un des 14 autres variants. Pour 4 variants classés pathogènes CF dans les deux bases de données, le ratio du nombre de nouveau-nés observés / nombre théorique de porteurs d’un génotype donné est proche de 100%. Par contre, pour les variants présentant une classification discordante entre les deux bases de données, ce ratio est faible. Il est notamment très faible pour les variants classés dans CFTR-France comme associés aux pathologies modérées du CFTR (CFTR-related disorders) : 0,03% pour c.1210-34_1210-6TG[11]T[5] (TG11T5), 0,4% pour TG12T5 et 0,6% pour c.2991G > C (L997F). Il est de 2% pour TG13T5, 15% pour c.350G > A (R117H;T7) et 12% pour c.3454G > C (D1152H).

Conclusion: Ces résultats illustrent le fait que les données épidémiologiques doivent être prises en compte pour évaluer au mieux le risque de développer une mucoviscidose dans le contexte du DNM. Cela est par ailleurs important à considérer dans le contexte des données fortuitement identifiées lors des études pangénomiques, pour le gène CFTR et d’autres gènes impliqués dans des maladies héréditaires graves.

Introduction: Cancer is the leading cause of disease-related mortality in children beyond fourteen years of life. Major advances have been made in onco-pediatric research but additional studies are needed to further elucidate the genetic etiology of pediatric cancers.

Materials and Methods: Our work aims at improving the understanding of pediatric cancer pathogenesis by analyzing the pan-cancer transcriptome data provided by the Treehouse Childhood Cancer Initiative. We constructed a gene co-expression network and performed a deep multi-layer examination of modules gathering genes functionally related to pediatric cancers.

Results: Pediatric cancer genes were regrouped in 6 modules enriched in biological processes specific to various cancer histotypes. Interestingly, developmental pathways representative of the cellular lineage of the tumors were found among the enriched processes, consistent with a link between organogenesis and tumorigenesis in childhood cancers. Childhood cancer predisposition genes were significantly enriched in one particular module associated with common oncogenic processes, such as DNA repair and cell cycle regulation. In this module, we revealed an over-representation of clinically actionable genes, as well as in two other modules tightly related to leukemogenesis. The driver genes of pediatric acute leukemias were co-expressed in one module related to epigenetic and post-transcriptional processes, suggesting a critical role of these pathways in the progression of hematologic malignancies. Topological analyses highlighted that many of the key regulators of these cancer-histotype specific modules correspond to known pediatric cancer predisposition genes (e.g. PHOX2B, PAX5).

Conclusion: This integrative pan-cancer study offers detailed information about the genes and modules associated with childhood tumors and provides a deeper understanding of the genetic architecture of pediatric cancers.

Durant la deuxième grossesse pour un couple non apparenté, les échographies anténatales ont montré une forte suspicion de malrotation intestinale et de duplication rénale unilatérale avec présence de kystes chez le foetus, de sexe masculin. Dans ce contexte, le couple a été adressé en consultation de génétique, pour compléter les antécédents familiaux, et expliquer l'intérêt et les limites du caryotype et d'une CGH-array en anténatal.

La mère, qui travaillait comme aide-soignante, a pour principaux antécédents sur le plan digestif une malrotation intestinale avec volvulus à un mois de vie, grèle court congénital (grèle mesuré à 65cm), a eu une nutrition parentérale jusqu'à 15 mois, et présente des troubles digestifs chroniques, elle avait interrompu son suivi nutritionnel depuis plusieurs années. Sur le plan rénal, elle présente une duplication rénale unilatérale, des kystes rénaux, de multiples lithiases rénales et a eu plusieurs épisodes de pyélonéphrite. Une possible pathologie autosomique dominante (AD) avait donc été évoquée. Le premier enfant n’a pas de problèmes digestifs ou rénaux.

La CGH-array sur liquide amniotique a mis en évidence une duplication hétérozygote de 768kb en 16q24.1, héritée de la mère, incluant plusieurs gènes dont FOXF1. Une duplication de taille et localisation proche a été décrite dans la littérature chez une famille avec sténose du pylore, mésentère commun, aplasie de l'appendice de transmission dominante avec développement psychomoteur normal. Un des trois patients décrits aurait présenté un grêle court. Son grand-père aurait présenté une insuffisance rénale. Des mutations de FOXF1 sont connues comme responsables de malrotation intestinale et dysplasie alvéolo-capillaire congénitale.

Par la suite, la grand-mère maternelle a été vue en consultation et présente également cette duplication, ce qui était attendu, elle-même présentant un mésentère commun diagnostiqué à 60 ans, des troubles digestifs chroniques depuis l’enfance évoquant un probable grèle court congénital. Elle a bénéficié d’une transplantation rénale à l’age de 35 ans, en raison d'une néphropathie interstitielle chronique par dysplasie rénale. Elle a également présenté des épisodes récurrents de pancréatite aigue, sans cause retrouvée.

Concernant le nouveau-né, le diagnostic de grèle court congénital a pu être porté dès un mois de vie, une nutrition parentérale a été mise en place rapidement. A un an, il a un suivi gastropédiatrique et néphropédiatrique régulier. Il présente des kystes rénaux, a eu plusieurs épisodes de pyélonéphrites, par ailleurs sa croissance est régulière, et son développement psychomoteur est normal. Le diagnostic anténatal associé à l’analyse des antécédents familiaux dans cette famille a permis que la mère a reprenne un suivi nutritionnel et des supplémentations, et que le nouveau-né bénéficie d’une surveillance et d’une prise en charge adaptée.

Nous rapportons deux patients d’une même fratrie présentant tous deux un tableau de régression neurologique et cognitive majeure, une encéphalopathie épileptique, des myoclonies erratiques multi focales, une tétraparésie pyramidale, une cécité corticale, une absence de tenue de la tête et une alimentation par gastrostomie. Ce tableau est en faveur d’une pathologie récessive autosomique.

L’analyse de l’exome (MedExome, Roche Nimblegen®) réalisée chez ces deux patients a mis en évidence la présence d’un variant tronquant hétérozygote dans le gène RARS2 (NM_001350505.1:c.598C > T, p.(Gln200*)) décrit dans les hypoplasies ponto-cérébelleuse (OMIM 611524) de transmission autosomique récessive mais également rapporté dans d’autres phénotypes associant une dégradation neurologique et/ou une épilepsie. Le phénotype des patients étant compatible, nous avons d’abord recherché la présence d’un CNV sur l’autre allèle sans succès. L’analyse bibliographique nous a ensuite conduit à rechercher un variant intronique profond pathogène comme publié en 2015 par Lax et al. c. 613-3927C > T (intron 8). Le séquençage Sanger de la région encadrant ce variant a identifié à 2 pb d’écart une variation hétérozygote en c.613-3927C > T. L’analyse de ségrégation a montré que les deux variants étaient en trans. L’étude du cDNA a démontré que ce variant conduisait à la production de deux transcrits anormaux : l’un contenant la rétention de 123 pb de l’intron 8 et l’autre dépourvu de l’exon 8,  validant ainsi un effet de cette variation intronique au niveau du transcrit. Les 123 pb exonisées sont, à la base près, annotées comme exon non codant sur plusieurs transcrits dans RefSeq nous laissant penser qu’il s’agit probablement d’un exon « poison ».

Les exons « poison » deviennent de plus en plus décrits dans la littérature. SCN1A en est un bon exemple (Carvill et al. 2018). Il semblerait que ces exons « poison » servent à la régulation du taux de protéine. Ils sont généralement épissés sauf si le taux protéique devient trop élevé auquel cas, par un mécanisme particulier, l’exon serait retenu. Ces exons « poison » contiennent très généralement un codon stop en début de séquence conduisant à la destruction de l’ARNm par le mécanisme de Non Mediated Decay (NMD). L’analyse des 123 pb introniques exonisées montre que très tôt apparaît bien un codon stop diminuant donc la quantité d’ARNm fonctionnel.

Le séquençage du génome grâce au Plan Médecine Génomique 2025 et notamment, dès à présent, grâce aux plateformes AURAGEN et SeqOAI déjà fonctionnelles, nous révèlera certainement de plus en plus ce type de variants et augmentera, nous l’espérons, le taux de rendus diagnostiques positifs. En attendant si un patient est porteur d’un seul variant hétérozygote pathogène dans RARS2 sans CNV associé et que la clinique est très évocatrice, il convient de séquencer une partie de l’intron 8 du gène.

La grande majorité des patients présentant une déficience intellectuelle (DI) ont également des troubles du spectre autistique. La coexistence de ces deux troubles s'explique par leur origine moléculaire commune. En effectuant un séquençage d'exome chez un individu présentant une DI sévère, des troubles du spectre autistique et des caractéristiques morphologiques spécifiques (sourcils bien dessinés, cils longs, fissures palpébrales courtes, épicanthus, nez court avec une racine nasale large, macrostomie avec des lèvres épaisses et petites dents espacées) nous avons identifié une mutation non-sens c.362C > A (p.Ser121*) de novo dans le gène CSDE1 (cold shock domain-containing E1 - alias UNR). CSDE1 est une protéine de liaison à l'ARN (RBP) avec une haute affinité pour les ARNm contenant des motifs de liaison riches en A/G. Elle régule l’expression des gènes cibles en favorisant ou en entravant à différentes étapes la traduction des transcrits (en agissant sur l'initiation, l'allongement ou la fin de la transcription). Très récemment, des mutations du gène CSDE1 ont été identifiées chez des patients atteints d’autisme dans une étude qui montre le rôle de la protéine CSDE1 dans le développement neuronal dans un modèle murin et chez la drosophile (Guo et al., 2019). Dans notre étude, nous avons exploré le rôle de CSDE1 dans des fibroblastes du patient porteur de cette mutation. En étudiant le transcrit et la protéine CSDE1 correspondante, nous montrons que la mutation c.362C > A (p.Ser121*) conduit à une haplo-insuffisance. Par une approche transcriptionnelle par RNA-seq et fonctionnelle, nous démontrons que l’haploinsuffisance de CSDE1 entraîne une augmentation significative de l’expression des modulateurs de la voie Wnt/β-catenine - une voie fondamentale pour les processus neurodéveloppementaux et post-neurodéveloppementaux. De plus, nous mettons en évidence l’implication de CSDE1 dans la régulation de l’adhésion cellulaire, processus important pour le guidage axonal et la formation des synapses. En effet, la diminution de l’expression de CSDE1 induit une dérégulation de l’expression des éléments impliqués dans l'adhésion cellulaire (e.g. CDH2, PAI1, EFNB2) et par conséquent, une augmentation significative de l'adhésion des fibroblastes du patient à la matrice extracellulaire. Notre étude, qui rapporte la première description phénotypique détaillée d’un patient porteur d’une mutation de CSDE1 permettant d’orienter le diagnostic clinique, ouvre de nouvelles perspectives sur le rôle cellulaire de CSDE1 et établit pour la première fois les effets de la perte de cette protéine dans la pathogenèse des déficits cognitifs chez l’homme.

Introduction. Le syndrome de Cabezas (MIM #300354) lié au variants pathogènes dans CUL4B associe une déficience intellectuelle avec un retard de langage important, une petite taille, un hypogonadisme, des traits morphologiques particuliers, et des signes neurologiques tels que des tremblements, des troubles de l’équilibre ou une épilepsie. Une grande variabilité phénotypique est constatée dans ce syndrome, confirmée par la description de nouveaux cas. CUL4B code pour une protéine d’échafaudage permettant une activité Ubiquitine-ligase E3 au sein du système Ubiquitine-Protéasome (UPS). Notre but était de décrire les caractéristiques cliniques de 22 nouveaux patients affectés par le syndrome de Cabezas, ainsi que d’étudier leurs profils de fonction protéasomale.

Matériel et Méthodes. Nous avons recueilli 22 patients issus de 21 familles, porteurs de variants pathogènes hémizygotes dans CUL4B. L’identification de variants CUL4B a principalement été réalisée par séquençage d’exome, en l’absence de signes initiaux spécifiques permettant d’orienter le diagnostic. L’étude des lymphocytes T de patients obtenus à partir de prélèvements sanguins a permis l’évaluation du profil d’activité protéasomale pouvant être affectés par la dysfonction de cette ubiquitine ligase.  

Résultats. Nous avons retrouvé une majorité de variants hérités d’une mère saine ainsi que 3 occurrences de novo. Les patients présentent tous une déficience intellectuelle de sévérité variable, marquée par un retard de langage sévère ainsi qu’un retard à la marche. Des anomalies à l’imagerie cérébrale ont été retrouvées chez 12/22 patients, dont 5 montrent des anomalies de signal de la substance blanche. Nous avons observé plus fréquemment que dans les autres séries des troubles du spectre autistique (7/22). Les autres signes habituellement décrits (tremblement, ataxie etc.) ont été également retrouvés. L’activité protéasomale est plus élevée chez les patients que chez les contrôles pour les familles testées.

Discussion. Bien que le gène CUL4B ait été impliqué dans le syndrome de Cabezas en 2007, il persiste des difficultés diagnostiques devant la grande variabilité d’expression et la présentation qui peut s’avérer peu spécifique. La description de séries de patients de plus grande envergure peut ainsi permettre un élargissement du spectre phénotypique. Enfin, la description de processus cellulaires anormaux, comme la fonction protéasomale dans cette étude, pourrait permettre d’expliquer une partie de cette variabilité, étant donné l’hétérogénéité familiale et individuelle des machineries cellulaires.

Introduction : L’utilisation en routine du séquençage haut débit (HTS) dans l’exploration des étiologies de la déficience intellectuelle (DI) isolée, associée à la création de projets collaboratifs internationaux, ont permis d’améliorer le taux diagnostic dans ces cohortes de patients. Des approches non biaisées (exome ou WGS) ont également permis d’élargir le spectre phénotypique des pathologies associées à des gènes décrits préalablement. Ce travail décrit 6 patients présentant une DI isolée et porteurs d’un variant de classe 4 dans le gène KCNQ2, un gène associé à l’épilepsie infantile bénigne (BFNS) ou à une encéphalopathie épileptique de survenue précoce (EOEE).

Matériels et Méthodes : Quatre patients, adressés à notre laboratoire pour DI isolée, ont été

diagnostiqués par HTS ciblé. Un appel à collaboration via GeneMatcher a permis de récolter les données clinico-biologiques de 2 autres patients (diagnostic par exome). Les outils in silico SIFT, VEP, UniProt, PyMol ont été utilisés pour prédire la pathogénicité des variants et les changements structuraux induits.

Résultats : L’âge des patients au diagnostic était compris entre 8 mois et 6 ans. Un patient a présenté trois crises convulsives hyperthermiques, les cinq autres n’avaient aucune manifestation épileptique. Aucun patient ne présentait d’activité ictale à l’EEG. Ils présentaient une DI légère à sévère avec une déficience prédominant sur le langage. Hypotonie et traits autistiques étaient fréquents (4 et 3 cas). Tous les patients portaient un variant faux sens dans KCNQ2. Quatre de ces variants modifiaient le même résidu (Arg144, modification déjà rapportée dans l’EOEE). Tous les variants étaient très conservés et prédits délétères. Le variant était de novo dans 5 cas, hérité dans 1 cas. Pour étudier la corrélation phénotype-génotype, nous avons rassemblé tous les variants pathogènes préalablement rapportés ( > 130). Nous avons montré que les variants faux sens dans les segments S4, H5 et S6 de la protéine sont significativement associés à l’EOEE. Aucun des variants retrouvés chez nos patients n’étaient situés dans ces domaines. Toutefois, il existe un fort chevauchement entre les variants responsables d’EOEE, ceux donnant une BFNS et ceux causant une DI isolée : près de 20% des variants pathogènes sont responsables à la fois de BFNS et d’EOEE et 36% des cas familiaux rapportés montrent une variabilité phénotypique intrafamiliale.

Conclusion : Nous avons démontré que la DI isolée fait également partie du spectre phénotypique des pathologies liées à KCNQ2 mais qu’il n’est pas possible de définir de corrélations génotype-phénotypes claires. Une seconde variation pathogène, le cumul de variants rares ou d’autres facteurs extrinsèques pourraient expliquer une telle variabilité phénotypique. Cependant, ce travail montre l’intérêt d’étudier les gènes responsables d’encéphalopathies épileptiques chez des patients présentant une DI isolée.

Introduction :

Le facteur VII, ou proconvertine, est un facteur de coagulation, vitamine K-dépendant. Le déficit en facteur VII, ou maladie d’Alexander, est une affection très rare, se manifestant par un syndrome hémorragique d’expression variable pouvant aller de l’épistaxis minime à l’hémorragie cérébrale. Les objectifs de cette étude est de montrer l’importance du diagnostic positif de cette pathologie hémorragique constitutionnelle rare, et du dosage des facteurs de coagulation en cas d’anomalie du bilan de l’hémostase.

Patient et méthodes :

Nous rapportons l’observation clinico-biologique d’une patiente suivie au niveau du CHU Ibn Rochd de Casablanca depuis janvier 2019, pour un déficit constitutionnel isolé en facteur VII de la coagulation.

Observation :

Il s’agit de l’enfant A.I, âgée de 7 ans, deuxième d’une fratrie de deux enfants, sans notion de consanguinité, suivie au CHU Ibn Rochd depuis janvier 2019 pour troubles d’hémostase de découverte fortuite, au cours du bilan pré-opératoire d’une amygdalectomie, pour angines streptococciques à répétition. L’interrogatoire ne retrouve pas d’antécédents d’hémorragie spontanée ou post-traumatique, ni d’antécédents chirurgicaux, ou de prise médicamenteuse. L’examen clinique est revenu normal, avec absence de signes hémorragiques cutanéo-muqueux, ou de signes de maladies auto-immunes.

Sur le plan biologique, le bilan d’hémostase, réalisé par méthode chronométrique sur l’automate Sysmex 5000, retrouve un temps de Quick allongé à 16.3 secondes, un taux de prothrombine bas à 62%, un temps de céphaline activé normal  à 23 secondes. L’étude de l’hémostase a été complétée par la mise en évidence de l’absence d’anticorps anti-coagulants circulants, puis par le dosage chronométrique de l’activité enzymatique du facteur VII, qui a retrouvé un taux bas de proconvertine à 27% (taux normal entre 70 et 140%). Ceci a permis de retenir le diagnostic de déficit constitutionnel en facteur VII.

Le reste du bilan biologique de la patiente, ainsi que le bilan d’hémostase chez les parents sont revenus normaux.

Discussion :

Les déficits constitutionnels en facteur VII est une maladie rare de transmission autosomique récessive. Chez les patients homozygotes ou hétérozygotes composites, les manifestations hémorragiques peuvent être précoces, spontanées et sévères (hémorragies cérébro-méningées, hémarthroses), tardives et provoquées, voire totalement absentes. Certains patients peuvent, en effet, être totalement asymptomatiques avec un taux de FVII inférieur à 1 %. Ainsi, il n’y a le plus souvent aucune corrélation entre les taux de FVIIc résiduels et la symptomatologie clinique.

Introduction :

Le facteur II, ou prothrombine, est un facteur de coagulation, vitamine K-dépendant, qui appartient au complexe prothrombinique. Le déficit en prothrombine est l’un des plus rares déficits en facteurs de coagulation.

Les objectifs de cette étude est de montrer l’importance du diagnostic positif de cette pathologie hémorragique constitutionnelle rare, du dosage des facteurs de coagulation en cas d’anomalie du bilan de l’hémostase, ainsi que d’une enquête familiale en cas de découverte d’un déficit congénital isolé en facteurs de la coagulation.

Patient et méthodes :

Nous rapportons l’observation d’une patiente suivie au niveau du CHU Ibn Rochd de Casablanca depuis janvier 2019, pour un déficit constitutionnel isolé sévère en facteur II de la coagulation.

Observation :

Il s’agit de la patiente G.K, âgée de 26 ans, mère de deux enfants, suivie pour troubles d’hémostase de découverte fortuite, au cours du bilan pré-opératoire d’un kyste hydatique du foie. L’interrogatoire retrouve plusieurs antécédents d’hémorragies aigues de grande abondance, ayant nécessité des hospitalisations en urgence avec des transfusions sanguines de culots globulaires. L’examen clinique est revenu normal, avec absence de signes hémorragiques cutanéo-muqueux, ou de signes de maladies auto-immunes.

Sur le plan biologique, le bilan d’hémostase, réalisé par méthode chronométrique sur l’automate Sysmex 5000, et recontrôlé à deux reprises, retrouve des anomalies des voies endogène et exogène de la coagulation, avec un taux de prothrombine bas à 8 %, un temps de céphaline activé allongé à 149.6 secondes. L’étude de l’hémostase a été complétée par la mise en évidence de l’absence d’anticorps anti-coagulants circulants, puis par le dosage chronométrique de l’activité enzymatique de tous les facteurs de coagulation de la voie commune, qui a retrouvé un taux bas isolé du facteur II < 1 % (taux normal entre 70 et 140%). Ceci a permis de retenir le diagnostic de déficit constitutionnel isolé sévère en prothrombine.

L’enquête familiale réalisée a permis de retrouver une notion de consanguinité au 4^ème degré, et de confirmer un déficit constitutionnel isolé sévère en facteur II chez une sœur âgée de 31 ans.

Discussion :

Les déficits rares en facteurs de la coagulation ne représentent que 3 à 5 % des déficits congénitaux, les plus rares parmi eux étant les déficits en facteur II et les déficits combinés.

Le déficit congénital en prothrombine est une maladie génétique rare à transmission autosomique récessive. Sa prévalence est de 1/2 000 000, avec un sexe ratio : H= F.

Ce déficit congénital est responsable d’hémorragies variables selon la sévérité du déficit; hémarthrose, hémorragies cérébro-méningées, saignements excessifs après chirurgie, ou bien un accouchement, et il est souvent asymptomatique chez les hétérozygotes, comme c’est le cas chez les deux parents, ainsi que les enfants de la patiente G.K, le taux minimal asymptomatique en facteur II étant > 10 %.

Le déficit en prolidase est une maladie rare de transmission autosomique récessive avec un âge de début très variable (naissance à âge adulte). Elle est caractérisée par l’association inconstante de symptômes tels que : déficience intellectuelle, lésions cutanées, splénomégalie et cytopénie. Le diagnostic du déficit en prolidase peut être clinique mais repose surtout sur le bilan métabolique. La prolidase est une enzyme ubiquitaire qui joue un rôle majeur dans le métabolisme des protéines riches en proline dont les collagènes. Chez les patients avec déficit en prolidase, la mise en évidence d’une excrétion massive de dipeptides contenant de la proline peut être mise en évidence sur la chromatographie des acides aminés urinaires. Le diagnostic de certitude est alors posé après étude moléculaire du gène PEPD. Devant l’absence de test disponible en Europe, nous avons mis en place le séquençage Sanger du gène PEPD en 2015 et sommes encore aujourd'hui le seul laboratoire français à proposer ce test. Nous rapportons ici deux nouveaux patients avec variants pathogènes dans le gène PEPD. Compte tenu de l'expressivité variable de la maladie, nous avons réalisé une méta-analyse de la littérature afin de décrire le spectre phénotypique de cette pathologie, ainsi que les actuelles hypothèses physiopathologiques liée à cette maladie. Un algorithme diagnostique est proposé afin de mettre fin à l'errance diagnostique pour ces patients.

Les myopathies à corps de polyglucosan sont des maladies musculaires rares caractérisées par l’accumulation intracytoplasmique de glycogène de structure anomale. Trois déficits peuvent être à l’origine de ce phénotype : enzyme branchante (GBE1, 3p12.2), glycogénine (GYG1, 3q24) et RBCK1 (RBCK1, 20p13). Très peu de cas de déficit en RBCK1 associant a minima une faiblesse musculaire et une cardiopathie et pour certains cas un déficit immunitaire ont été publiés.

Nous rapportons ici deux nouveaux patients présentant un déficit en RBCK1 avec deux nouvelles mutations.

Cas 1

Il s’agit d’un patient adulte, avec des parents consanguins, suivi depuis l’âge de 20 ans pour une myopathie à corps de polyglucosan à la biopsie et sans déficit immunitaire qui avait débuté à l’adolescence. L’atteinte musculaire était distale et proximale aux membres inférieurs associée à un ptosis. Il a eu une greffe cardiaque à 19 ans pour cardiopathie dilatée. Un frère était décédé à l’âge de 20 ans d’une cardiopathie dilatée. Après avoir éliminé une glycogénose de type IV et un déficit en glycogénine (pas de mutation dans GBE1 et GYG1), RBCK1 a été séquencé et a permis de mettre en évidence une petite délétion à l’état homozygote c.497delG déjà rapportée. L’étude parentale a permis de confirmer le caractère homozygote vrai de la délétion. L’évolution a été marquée des complications liées à la greffe cardiaque et le patient est décédé à 40 ans d’une infection pulmonaire.

Cas 2

Il s’agit d’une patiente de 57 ans présentant une faiblesse motrice lentement progressive, proximale, devenant sévère, des membres supérieurs et inférieurs avec myalgies. Les CK étaient à 3N sans épisode de myolyse. Elle présentait également un trouble respiratoire restrictif, une stéatose hépatique dans un contexte d’obésité sévère (classe III, IMC ≥ 40 kg/m²) mais pas de cardiopathie ni de déficit immunitaire (pas d’anomalie leucocytaire, pas de syndrome inflammatoire biologique). La biopsie musculaire montrait une surcharge en glycogène compatible avec des corps de polyglucosan. Les glycogénoses de type II (maladie de Pompe), de type V (maladie de McArdle) et de type VII (maladie de Tarui) avaient été écartées. Une analyse par WES (whole exome sequencing) a permis de mettre en évidence deux nouveaux variants faux-sens dans le gène RBCK1 : c.305G>A (p.Gly102Glu) et c.880C>T (p.Arg294Cys), confirmés par Sanger. Les analyses in silico prédisent un effet délétère de ces deux variants.

Le déficit en RBCK1 reste une affection rare. L’atteinte musculaire squelettique semble toujours présente alors que l’atteinte immunitaire semble plus rare. Pour la première fois, nous rapportons un cas de déficit en RBCK1 sans atteinte cardiaque chez une patiente présentant 2 mutations faux-sens. Les autres cas précédemment rapportés avec cardiopathie associaient tous au moins une mutation créant un codon stop prématuré, suggérant que ce type d’anomalie génétique pourrait être un facteur de risque majeur pour l’atteinte cardiaque.

La recherche de déficits de l’immunité innée chez les patients ayant souffert d’encéphalite herpétique (EH) dans l’enfance a permis d’identifier 8 gènes dans la voie de signalisation de TLR3-interferon (IFN) comme responsable de la maladie. Cependant, une majorité des patients reste sans diagnostic génétique et l’importance relative des différents types d’IFN dans l’immunité anti-virale du système nerveux centrale est incomplètement élucidée.

Nous avons identifié un patient ayant souffert d’une EH avec un déficit autosomique récessif du récepteur de l’interféron de type 1 (IFNAR1). De façon intéressante, le patient présente une large délétion homozygote dans le gène IFNAR1, qui code pour une des deux chaines du récepteur de l’interféron de type 1, conduisant à la perte d’une partie de l’intron 10, de la partie codante de l’exon 11 et d’une partie du 3’UTR. Ce variant n’est retrouvée dans aucune base de données publique ni dans la cohorte de notre laboratoire comprenant plus de 7000 exomes.

Ce mutant conduit à l’expression d’une protéine tronquée avec expression normale à la surface mais qui est incapable d’interagir avec TYK2. De plus, la phosphorylation de STAT1 et de STAT2 après stimulation par l’interféron-alpha2b est complètement abolie, alors qu’elle est conservée pour l’interféron gamma.

Nous avons précédemment rapporté deux patients isolés avec un déficit autosomique récessif (AR) en IFNAR1 ayant chacun souffert de réactions sévères après vaccination par des vaccins vivants (ROR: Rougeole-Oreillons-Rubéeol ou fièvre jaune). Notre patient d’EH déficient en IFNAR1 avait été vacciné par le ROR, et avait présenté une réaction modérée.  

Au total, le déficit AR en IFNAR1 prédispose à l’encéphalite herpétique et aux réactions sévères aux vaccins vivants (ROR et fièvre jaune au minimum), avec une pénétrance incomplète. Les patients présentant des infections virales sévères doivent donc être explorés sur le plan génétique. Cette découverte d’un patient ayant eu une EH avec déficit en IFNAR1 suggère que l’addition d’interféron alpha ou beta in vivo, en plus du traitement par Acyclovir, pourrait être bénéfique dans le traitement des patients souffrant d’encéphalite herpétique.

Sotos syndrome is a rare autosomal dominant childhood overgrowth condition, characterized by distinctive facial features, intellectual disability, macrocephaly and overgrowth of the body in early life. In almost 90% of cases, mutations occurred in the gene encoding nuclear receptor-binding SET domain containing protein 1 (NSD1). After informed consent of both parents, a Senegalese patient diagnosed with SOTOS syndrome at age 3 months was recruited. He was the second child of a nuclear family. Blood samples were collected from the index case and each parent for genetic testing. Genomic DNA was extracted and all coding exons and flanking intronic regions of NSD1 (NM_022455.4), DNMT3A (NM_175629.6) and SETD2 (NM_014159.6) genes, were screened for mutations by multiplex PCR followed by next generation sequencing of amplicons. Identified mutations were systematically verified by Sanger sequencing.

The reported case has excessive body growth (size > Z3DS), macrocephaly and facial dysmorphism (pronounced occipital horns, elongated face, palpebral anti-mongoloid clefts). We identified in the index case a heterozygous mutation in exon 5 of the NSD1 gene, leading to a frameshift and premature termination of protein synthesis: c.2306dup (NM_022455); p.Gly771Trpfs*38 (NP_071900). This mutation occurs de novo in the index case and was not detected in either parents.

This is the first case of SOTOS syndrome genetically diagnosed in Senegal.

Introduction

Le syndrome de délétion 10q26 (OMIM #609625) est une anomalie chromosomique rare rapportée dans environ 110 cas. Il se caractérise par une hétérogénéité clinique comprenant principalement une dysmorphie faciale, un retard de croissance, une microcéphalie, une déficience intellectuelle et des malformations cardiaques et urogénitales.

La délétion est le plus souvent terminale et de novo. Bien que cette région contienne un grand nombre de gènes candidats pour les anomalies décrites dans ce syndrome, la corrélation génotype-phénotype n’est bien établie.

Objectif

Dans ce travail, nous rapportons l’observation d’un nouveau cas de délétion 10q26 découverte au caryotype et caractérisée par CGH array (hybridation génomique comparative) chez une patiente présentant un retard du développement, tout en établissant une corrélation génotype-phénotype.

Observation  

Il s’agit d’une patiente adressée à l’âge de 14 mois pour retard psychomoteur. L’enquête génétique était négative. L’interrogatoire retrouve la notion d’hypotonie néonatale avec acquisition de la position assise à 9 mois et absence de l’acquisition de la position debout.

L’examen physique a objectivé une microcéphalie à -3.4 DS avec une taille à +1.7 DS et un poids à la moyenne. La patiente présentait également une dysmorphie faciale: un front bombé avec une rétraction bitemporale, un hypertélorisme, un strabisme gauche, une lèvre supérieure fine, un nez aplati avec une arête large et des oreilles décollées et mal-ourlées. Sur le plan neurologique, elle avait une hypotonie axiale et un syndrome pyramidal prédominant aux membres inférieurs.

L’IRM cérébrale a mis en évidence des anomalies de la ligne médiane avec un  aspect grêle du tronc cérébral une hypoplasie des lobules vermiens inférieurs et un corps calleux fin. L’échographie cardiaque était normale.

Le caryotype sanguin a montré la présence d'une délétion terminale du bras long d’un chromosome 10 en 10q26.1 (46,XX,der(10)del(10)(q26.1)). L’étude des caryotypes des parents a montré que l’anomalie était de novo. L’étude par CGH array a confirmé l’anomalie qui était une délétion hétérozygote terminale de la région 10q26.12q26.3 d’une taille de 13Mb. Cette délétion a emporté 61 gènes OMIM dont 11 gènes morbides tels que FGFR2, WDR11 et EBF3.

Le gène FGFR2 (OMIM #17693) est impliqué dans la dysmorphie faciale et les anomalies des extrémités. Le gène EBF3 (OMIM #617330) est associé au syndrome hypotonie ataxie et retard du développement à une dysmorphie faciale et au strabisme. L’haplo-insuffisance de ces gènes pourrait expliquer le tableau clinique de notre patiente.

Conclusion

La réalisation d’une CGH chez cette patiente même devant une anomalie chromosomique visualisée par un caryotype standard a permis de caractériser avec précision les différents gènes impliquées dans la délétion et ainsi de fournir un conseil génétique adapté et une prise en charge orientée.

Les délétions de la région 12p13.3 sont connues comme étant responsables de troubles neurodéveloppementaux au phénotype variable (retard psychomoteur, déficience intellectuelle, apraxie de la parole, trouble du spectre de l’autisme, déficit attentionnel, etc.). Les gènes candidats incriminés dans la littérature sont également divers : CACNA1C (Fanizza et al., 2014), ELKS/ERC1 (Thevenon et al., 2013), etc.

Nous rapportons le cas de deux patients de sexe masculin (CAS 1 : 24 ans ; CAS 2 : 6 ans) ayant consulté en raison d’une pauvreté des interactions sociales. L’analyse cytogénétique (CGH-Array et FISH) a mis en évidence l’existence chez ces deux patients d’une délétion d’environ 1,2Mb en 12p13.33p13.32 de transmission maternelle. Cette délétion de taille inférieure à celles déjà décrites dans la littérature emporte TSPAN9, TUP3, et une partie de CACNA1C qui sont tous trois exprimés au niveau cérébral. L’évaluation phénotypique ne retrouve ni anomalie malformative, ni signe dysmorphique, ni anomalie neurologique. Sur le plan cognitivo-comportemental, les patients présentent tous deux des antécédents de retard de développement psychomoteur léger. Ils ne remplissent pas les critères diagnostiques de trouble du spectre de l’autisme. Leur efficience intellectuelle se situe dans la norme mais les capacités langagières et praxiques sont déficitaires. Le profil des patients n’est toutefois pas strictement superposable. CAS 1 présente de nettes difficultés de cognition sociale et de pragmatique du langage (utilisation en contexte du langage), alors que les aspects formels (production et compréhension du langage) sont préservés. Ses difficultés ont freiné son insertion socio-professionnelle. CAS 2 présente par contre un trouble du langage oral formel et ses difficultés d’interaction sociale ont tendance à régresser avec le temps. L’enquête familiale ne retrouve pas de signe neurodéveloppementaux chez le parent ayant transmis la délétion, en dehors d’un léger retrait social sans impact fonctionnel. Dans les deux cas, ce trait est également présent chez le second parent.

En comparaison aux cas déjà publiés, nous décrivons donc une délétion de taille inférieure et un phénotype atténué quoique cohérent. Cette délétion est héritée d’un parent qui présente des traits comportementaux non spécifiques. L’ensemble de ces éléments permet d’alimenter la discussion sur les gènes probablement responsables et la variabilité phénotypique dans délétions de la région 12p13.3.

Nous rapportons ici deux nouveaux cas familiaux d'association de délétions 15q11 et 7p22, avec une grande variabilité clinique pour la délétion 7p22. 

Deux patients d’une fratrie présentaient une translocation familiale déséquilibrée similaire, provenant d'une translocation maternelle équilibrée, avec des délétions de 7p22 et de 15q11 (arr [GRCh37] 7p22.3-p22.2 (42976-3736851) x1, 15q11.1-q11.2 (20172544-24979427) x1).

Nous avons utilisé les techniques d’ACPA, de FISH et du caryotype pour étudier le phénotype des deux patients.

La délétion 7p22 (3,5 Mb) contient 58 gènes, dont plusieurs gènes OMIM. Les patients 1 et 2 ont présenté un retard des d'acquisitions, des particularités morphologiques et une hypogammaglobulinémie, d’expression plus sévère chez le patient 1 que chez le patient 2. Le patient 1 a également été atteint d'une vascularite cérébrale.

Nous discutons ici de l'éventuelle implication des gènes PDGFa, CARD11, LFNG, GPER1 et MAFK, inclus dans la délétion 7p22, dans les caractéristiques cliniques et biologiques de ces deux patients.

La dysplasie cleido-cranienne (ORPHA: 1452) est une maladie génétique rare de transmission autosomique dominante. Sa prévalence est estimée à 1 sur 1 000 000. Il s’agit d’une maladie osseuse constitutionnelle caractérisée par une triade associant une hypoplasie/aplasie claviculaire, une ossification imparfaite et retardée du crâne et des anomalies dentaires telles qu’une absence ou un retard à l’éruption des dents permanentes.  L’intelligence est en général normale.Le diagnostic est basé sur des caractéristiques clinico-radiologiques et confirmé par l’étude moléculaire du gène RUNX2 « Runtrelated transcription factor 2 » situé en 6p21. Ce gène est un facteur de transcription qui joue un rôle important dans la différenciation des ostéoblastes, le remodelage osseux, et l’odontogénèse. L’étude moléculaire du gène RUNX2 détecte des mutations dans la majorité des cas. Des délétions partielles ou totales du gène sont rapportées dans 10% des cas seulement. Certains cas de délétions en remaniement complexe peuvent être associés à un retard des acquisitions. Nous rapportons le premier cas de dysplasie cleido-cranienne diagnostiquée en prénatal, associée à une délétion totale du gène RUNX2 associé à un pronostic neuro-développemental incertain.

Il s’agit d’une patiente âgée de 23 ans, primigeste, sans antécédent particulier. L’échographie du deuxième trimestre a mis en évidence des os longs courts à -3 Z Score,  absence d’os plats du nez et une hypoéchogénicité des os du crâne. Devant ces signes d’appel échographiques, une amniocentèse a été pratiquée. Le caryotype fœtal a montré une formule chromosomique 46,XY. L’analyse chromosomique sur puces à ADN a mis en évidence deux microdélétions distinctes sur le chromosome 6: Une première microdélétion de 3.8 Mb en 6p21.2p21.1 peu décrite dans la littérature, et une deuxième microdélétion de 1.2 Mb en 6p21 emportant le gène RUNX2 associé à la dysplasie cleido-crânienne. Un contrôle échographique réalisé à 25SA a montré une absence de minéralisation du crâne, des clavicules non visibles et un léger hypertélorisme. L’ensemble des signes d’appel échographiques était concordant avec le tableau clinique de la dysplasie cleido-crânienne, résultant de la délétion du gène RUNX2 chez le fœtus. L’étude parentale a montré le caractère de novo de ces délétions.

En conclusion, il s’agit du premier cas de dysplasie cleido-crânienne diagnostiqué en période anténatale avec des signes échographiques jusqu’à présent peu rapportés. Enfin l’atteinte neuro-développementale restera à définir en post-natal en raison de la présence de 2 délétions dans ce remaniement complexe dont une pouvant être considérée comme un VOUS.

Langer mesomelic dysplasia (LMD) is a rare congenital dysplasia, characterized by severe disproportionate short stature with mesomelic limb shortning, thick and curvedradius and tibia and aplasia or severehypoplasia of ulna and fibula. Associated malformations are rarely reported and intellect is normal in all affected subjects reported to date.It is a recessive syndrome caused by homozygous or compound heterozygous defects of SHOX gene or its enhancer.

We report the case of a 25-year-old woman, from healthy and related parents, referred to our genetic department for short stature and limbdeformities. She had one sister and two paternal cousins with the same phenotype. Shehad no dysmorphic features, normal dermatoglyphics, clinodactyly of the 5^thtoes, long toes and joint laxity. The radiographs showed symmetrical shortening of the forearm bones, the tibiae and fibulae with bilateral genu varum. Array CGHand MLPA were performed to the proband and her parents.

We identified a homozygous deletion that does not encompass SHOX coding sequences. The 165 kb deletion is located downstream from SHOXgene, including severalconserved non-coding elements (NCE) (from NCE 3 to NCE5, NCE7 and NCE9). Her parents were heterozygous for the same defect.

To the best of our knowledge, the present report is the first case of homozygous deletion in the downstream enhancer region of SHOX gene in a Tunisian patient with LMD.Molecular genetic testing allows us topropose a proper genetic counseling to the family.

Introduction :

Le rétinoblastome est la tumeur maligne oculaire la plus fréquente chez l’enfant. Son incidence est de 1/15 000 à 1/20 000 naissances, avec un sex-ratio de 1,5/1. Le rétinoblastome, dans sa forme héréditaire, est un syndrome de prédisposition génétique au cancer. Le gène RB1, gène suppresseur de tumeur, se localise en 13q1.4.

L’objectif de cette étude est de rappeler l’intérêt de l’étude cytogénétique, de l’enquête familiale et du conseil génétique dans la prise en charge des patients atteints de rétinoblastome.

Patient et méthodes :

Nous rapportons l’observation médicale d’une patiente suivie au CHU Ibn Rochd de Casablanca depuis 2015, pour un rétinoblastome bilatéral, associé à un syndrome de délétion 13q.

Résultats et discussion:

C’est une patiente âgée de 5 ans et demi, suivie au service de génétique médicale pour un retard du développement psychomoteur, associé à une dysmorphie faciale. L’étude cytogénétique a objectivé la présence d’une délétion interstitielle du bras long du chromosome 13 : 46,XX,del(13)(q14q24).Un conseil génétique, avec étude du caryotype des parents sont prévus, notamment à la recherche d’une insertion équilibrée (insertion et délétion 13q14).

Par ailleurs, la patiente est suivie depuis l’âge de 9 mois au niveau du service d’ophtalmologie pédiatrique pour un rétinoblastome bilatéral, en rémission depuis trois ans, après une énucléation de l’œil gauche et un traitement conservateur de l’œil droit.     

Le rétinoblastome est un modèle de développement tumoral par défaut d’anti-oncogène. Un sujet porteur d’une mutation constitutionnelle du gène RB1 présente un risque supérieur à 90 % de développer un rétinoblastome, et présente par ailleurs une prédisposition génétique à des tumeurs secondaires, d’où l’intérêt d’une surveillance régulière des patients au long cours.

Cette observation médicale montre l'intérêt de réaliser une étude cytogénétique en cas de diagnostic de rétinoblastome, notamment en cas de rétinoblastome bilatéral, ou associé à un retard mental ou un syndrome dysmorphique Une surveillance du développement psychomoteur très étroite doit compléter Ie suivi ophtalmologique de ces patients, avec surveillance de l’apparition de tumeurs secondaires, et un conseil génétique systématique de ces familles.

Les indications et la place du dépistage de la trisomie 21 par analyse de l’ADN libre circulant (ADNlc) sont définies par l’arbre décisionnel du parcours de soin de la femme enceinte (publié au journal officiel du 20 décembre 2018), les recommandations de l’Haute Autorité de Santé (HAS)(17 mai 2017) et de l’Association des Cytogénéticiens de Langue Française (ACLF)(Version 3-2017).

Ils délimitent l’usage de ce test dépistage et la place du test diagnostic. Les nuances sur les indications présentes au travers des ces différents documents de références nous conduisent à discuter avec nos confrères de la stratégie de prise en charge la plus efficiente pour les patientes. L’utilisation de technologies ayant une certification CE-IVD (certification européenne apposée sur un test lorsque le résultat est garanti et sous la responsabilité du fabricant) ne nous affranchit pas d’une analyse rigoureuse et d’une interprétation des résultats obtenus. En effet, comme tout résultat d’analyse biologique, une confrontation à la clinique est indispensable.

 A travers l’analyse rétrospective de nos données issues des 9 mois d’activités suivant la mise à la nomenclature de ce test, nous vous présentons notre retour d’expérience (notamment sur le traitement préanalytique des échantillons), l’évolution des pratiques des prescripteurs et des correspondants.

 Nos discussions portent sur l’interprétation des résultats des prélèvements avec des clartés nucales supérieures au 95 ème percentile et inférieures à 3.5 mm, ou avec un risque de trisomie 21 évalués par le dosage des marqueurs sériques maternels supérieur à 1/50, ainsi que le problème des comptes rendus échographiques non conformes (absence de conclusion, compte rendu manuscrit non lisible, absence d’information sur la morphologie précoce…).

L’analyse des 1500 prélèvements des patientes dépistées sur cette période nous a permis de faire évoluer et de conforter nos pratiques, nos interprétations des résultats et les prestations de conseils aux prescripteurs.

Les syndromes neuro-ichtyosiques sont un groupe de maladies génétiques rares comprenant des troubles du métabolisme lipidique, des anomalies du transport vésiculaire intracellulaire ou de la synthèse glycoprotéique. Nous rapportons l’observation d’un patient présentant un syndrome neuro-ichtyosique avec déficience intellectuelle, leucodystrophie et ichtyose prurigineuse congénitale associé à des mutations délétères dans ALDH1L2 (aldehyde dehydrogenase family member L2). Ce gène code pour la formyltetrahydrofolate deshydrogenase (FHD) mitochondriale. A partir des cultures de fibroblastes issues du patient, nous avons pu démontrer que la perte de cette enzyme induisait une perte de fonction mitochondriale affectant d’une part la morphologie mitochondriale, d’autre part la beta-oxydation des acides gras (accumulation des dérivés des acylcarnitines et des intermédiaires du cycle du Krebs, diminution de la production d’ATP et augmentation d’ADP/AMP indiquant un faible index énergétique). La ré-expression de l’enzyme FHD fonctionnelle dans les cellules déficientes permettait de restaurer la morphologie mitochondriale et le profil métabolique des fibroblastes identiques à ceux des sujets sains. Cette étude suggère l’importance d’ALDH1L2 dans le maintien de la fonction mitochondriale et son implication dans le phénotype du patient.

Des variations bialléliques des gènes BUB1B, TRIP13 et CEP57 sont rapportées chez les patients présentant un Syndrome d’Aneuploïdie Variée en Mosaïque (SAM). Ces gènes sont impliqués dans le point de contrôle du fuseau mitotique, la nucléation et la stabilisation des microtubules.

Le SAM est dû à une division cellulaire défectueuse provoquant une non-disjonction mitotique des chromosomes, ce qui se traduit par la coexistence de cellules diploïdes avec des cellules aneuploïdes ( > 10%). Le SAM est un syndrome rare, transmis sur un mode autosomique récessif, hétérogène également sur le plan clinique.

Les patients présentent habituellement un retard de croissance à début anténatal, une microcéphalie, des éléments morphologiques mineurs, une déficience intellectuelle variable. Des malformations cardiaques, ophtalmologiques et du système nerveux central peuvent être associer.

Seuls, 7 patients présentant un SAM avec des variations bialléliques du gène CEP57, ont été rapportés dans la littérature. Leur phénotype comprend un retard de croissance post natal, un raccourcissement rhizomélique des membres supérieurs (5 cas sur 7), une déficience intellectuelle légère et une dysmorphie comparable. Les anomalies de la forme du crâne sont constantes, allant de la présence de bosses frontales à une craniosténose authentifiée chez une patiente décrite en 2014 par notre équipe. 

Nous rapportons le cas d’une fillette de 4 ans qui présente un syndrome malformatif congénital avec un retard statural, un raccourcissement rhizomélique des membres supérieurs, une cardiopathie, une craniosténose et des éléments morphologiques mineurs tout à fait similaires au phénotype de notre première patiente. Ces patientes sont d’origine différente et non apparentées. De façon intéressante, cette nouvelle patiente a rattrapé spontanément son retard statural initial, à la différence des autres cas rapportés.

L’étude du gène CEP57 réalisé après des investigations négatives (ACPA, panel de gènes impliqués dans les craniosténoses), met en évidence chez cette fillette le même variant homozygote récurent c.915_925dup11.

La recherche répétée d’aneuploïdie variée en mosaïque chez cet enfant est restée négative à ce jour après analyse du liquide amniotique (clarté nucale augmentée), des lymphocytes (plus de 100 métaphases) et des fibroblastes cutanés.

Ce nouveau cas, ainsi que les données récentes de la littérature qui confirment le rôle de CEP57 dans la modulation de FGF2 et son rôle dans la croissance osseuse, suggèrent que la craniosténose est un signe majeur du phénotype SAM.

Ce nouveau cas évoque également la possibilité d’un phénotype SAM sans aneuploïdie variée en mosaïque chez des patients porteurs de variants CEP57.

Nous faisons appel à collaboration pour décrire de nouveaux patients afin de corroborer ces données.

AFF1, AFF2, AFF3 et AFF4 sont des facteurs de transcription à domaine ALF, composants du complexe de super élongation qui régule l’expression de gènes impliqués dans la neurogenèse et le développement. Alors que des variants d’AFF4 ont été associées au syndrome CHOPS, caractérisé par une dysplasie osseuse et une déficience intellectuelle, nous décrivons ici que des variations d’AFF3 sont associées à un syndrome similaire.

Nous avons identifié dix individus présentant une combinaison d’anomalies reconnaissables telles qu’une dysplasie mésomélique de type Nievergelt/Savarirayan, un rein en fer à cheval, de l’épilepsie, de l’hypertrichose, une déficience intellectuelle et des difficultés respiratoires, porteurs de variants de novo faux-sens dans le dégron d’AFF3. Cette séquence de neuf acides-aminés du domaine ALF régule la dégradation de la protéine via interaction avec des ubiquitines ligases et sa modification entraine une accumulation des protéines AFF3 mutées. La surexpression d’AFF3 chez le zébrafish entraine des anomalies du développement, supportant la pathogénicité d’une augmentation de la quantité de protéine AFF3.

Un onzieme individu avec une microdélétion comprenant uniquement le domaine de transactivation et le dégron d’AFF3 présente des symptomes similaires. Les souris knock-out arborent des anomalies osseuses, rénales, cérébrales et cognitives, alors que les souris knock-in modélisant la microdélétion et les variants faux-sens identifiés chez les patients présentent une mésomélie des membres inférieurs et une létalité précoce, respectivement.

Des analyses transcriptomiques et phylogénétiques ainsi que le recoupement partiel des syndromes associés aux variants dans AFF3 et AFF4  suggèrent que les facteurs de transcription ALF ne sont pas redondants contrairement à ce qui était suggéré précédemment.

WNK3 est un des quatre membres de la famille de sérine/thréonine kinases WNK3 (with no lysine [K] kinase) qui présentent la particularité d’être dépourvus du résidu lysine catalytique classique du sous-domaine II commun à toutes les autres sérine/thréonine kinases. De manière générale, les kinases WNK participent à la régulation de l'homéostasie ionique dans les reins et le système nerveux central. WNK3 est fortement exprimé dans le cerveau où il joue un rôle important dans la régulation du volume cellulaire et la signalisation GABAergique. Dans le cadre d'une étude collaborative internationale, nous avons identifié 14 variants nucléotidiques rares (12 faux-sens, 1 non-sens, 1 site d'épissage) du gène WNK3 chez 18 individus (17 hommes et 1 femme) de 14 familles non apparentées présentant une déficience intellectuelle (DI) ou un retard du développement psychomoteur. La majorité des individus atteints porte un variant hémizygote hérité d’une mère saine. La plupart d’entre eux présentent une DI non syndromique. Certains individus présentent une microcéphalie ou l'épilepsie parfois associées à des anomalies à l’imagerie cérébrale. Par contraste, deux variants de novo ont été trouvés chez une fille et un garçon non apparentés présentant une déficience intellectuelle respectivement syndromique sévère (associée à une très petite taille et à une dysmorphie) et non syndromique. En parallèle, une étude indépendante menée par des collaborateurs a mis en évidence un variant faux-sens dans une famille atteinte de déficience intellectuelle liée à l’X décrite sous le nom de syndrome de Prieto. Des études fonctionnelles préliminaires réalisées sur des cellules neuronales ont montré qu’une grande partie des variants testés réduisait la stabilité de la protéine WNK3 et induisait une diminution des taux protéiques dans les cellules.

Le syndrome APMR (alopecia with mental retardation OMIM#203650) est un syndrome neuroectodermique rare de transmission autosomique récessive se caractérisant par une hypotrichose et une déficience intellectuelle (DI) ou un retard du développement psychomoteur, voire parfois une encéphalopathie épileptique précoce.

Dans le cadre d’une étude collaborative internationale multicentrique, nous avons identifié des variants pathogènes bi-alléliques dans le gène LSS codant pour la lanostérol synthase, enzyme de la voie de biosynthèse du cholestérol chez 11 individus atteints du syndrome APMR.

Notre étude a mis en évidence l’implication de variants pathogènes dans LSS chez 11 patients APMR au sein de sept familles. Pour l’une d’entre elles, nous n’avons pu mettre en évidence qu’un seul variant pathogène héritée de la mère. En revanche l’étude ARN a permis de montrer un déséquilibre allélique chez le père et l’enfant suggérant un second événement.

Parmi les 11 variants pathogènes identifiés, sept sont des faux-sens, deux induisent des codons stop prématurés et deux affectent l’épissage. L’effet délétère de ces derniers a été confirmé par analyse des transcrits sur prélèvements sanguins ou par minigènes.

Bien que la lanostérol synthase soit une des enzymes clés de la voie de biosynthèse du cholestérol, en conduisant à la cyclisation du (S)-2,3-oxidosqualene en lanosterol, nous n’avons pu révéler à ce jour d’anomalie notable dans la quantification du cholestérol et de ses précurseurs chez les patients de la cohorte testés.

En conclusion, nos données ont permis d’identifier une nouvelle pathologie en lien avec la biosynthèse du cholestérol et de révéler LSS comme le gène majeur du syndrome neuroectodermique APMR.

Le gène ARHGEF9 a déjà été impliqué chez des patients atteints de déficience intellectuelle (DI) liée au chromosome X avec ou sans épilepsie. La plupart des individus atteints rapportés sont des garçons, avec cependant une dizaine de filles décrites. Jusqu’à présent, des variants nucléotidiques (10 faux-sens dont 6 hérités d’une mère asymptomatique, 1 non-sens, 1 d’épissage) et 3 délétions complètes du gène (toutes de novo) ont été identifiées chez les garçons, tandis que chez les filles atteintes, seuls des variants structuraux de novo ont été rapportés (5 délétions, 1 inversion paracentrique, 2 translocations X-autosome et 2 délétions intragéniques). Environ la moitié (6/10) des filles atteintes présentaient un biais d’inactivation du chromosome X (ICX). L’hypothèse avancée était alors celle d’un mode de transmission récessif lié à l’X (RLX).

Nous rapportons trois nouveaux variants (« perte de fonction ») dans ARHGEF9 (NM_015185.2): un variant synonyme de novo affectant l’épissage (c.1056G > A, p.(Lys352=)) chez une fille atteinte de DI avec épilepsie, un variant non-sens chez une autre fille atteinte de DI isolée (c.865C > T, p.(Arg289*)) hérité de son père asymptomatique en mosaïque (24%), et un variant non-sens de novo chez un garçon (c.899G > A; p.(Trp300*)) atteint d’encéphalopathie épileptique. Une analyse de l’ARN a révélé que le variant synonyme, qui substitue le dernier nucléotide de l’exon, induit un saut de l’exon 7. Les deux filles de cette étude présentaient une ICX aléatoire.

Nous suggérons donc que les variants faux-sens sont responsables d’une DI récessive liée à l’X affectant les garçons, tandis que les variants « perte de fonction » sont responsables d’une DI dominante liée à l’X affectant les garçons et les filles avec ou sans biais d’ICX.

Les techniques de séquençage à haut débit ont accéléré l’identification de nouveaux gènes de déficience intellectuelle (DI) et d’anomalies du développement. Les variants pathogènes du gène GATAD2B ont récemment été associés à une forme syndromique de trouble neurodéveloppemental (GAND) caractérisé par une DI sévère, une altération du langage, une hypotonie infantile et une dysmorphie. Depuis, seul sept patients ont fait l’objet d’une description clinique détaillée dans la littérature, ce qui contraste avec la fréquence de détection de variants perte de fonction (LoF) de GATAD2B rapportés comme causals dans les bases de données. Nous décrivons 15 nouveaux patients dont le diagnostic de syndrome GAND a été confirmé sur le plan moléculaire et précisons le phénotype associé. Dans cette étude, le retard de développement était sévère avec un âge médian pour l’acquisition de la marche libérée de 2,6 ans (intervalle [2-5]) et un âge médian de 3 ans pour les premiers mots (intervalle [1-6]). Le langage progressait peu et lentement par la suite, certains patients restaient sans langage, dont les deux plus âgés qui avaient plus de 30 ans. La DI était en général modérée à sévère, avec trois cas sévères, un cas de DI profonde et un de DI légère. Les traits dysmorphiques les plus observés étaient un grand front, des fentes palpébrales étroites, une énophtalmie, un hypertélorisme, une base du nez large, une bouche aux coins tombants, et un menton pointu. La médiane du périmètre crânien (PC) était décalée de deux déviations standards (SD) par rapport à la population générale. Par ailleurs, les complications prénatales, les malformations extra-cérébrales, l’épilepsie et les traits autistiques étaient peu fréquents. Etaient également rapportés des difficultés alimentaires, des troubles du comportement et des anomalies non-spécifiques à l’IRM cérébrale. Les approches de séquençage haut débit ont contribué à une meilleure détection des variants de GATAD2B. En améliorant notre connaissance du phénotype clinique de ce syndrome nous pourrons faciliter l’interprétation des variants identifiés et adapter le suivi des patients.

La prévalence de la déficience intellectuelle (DI) est estimée entre 2 à 3% de la population générale. Chez les individus de sexe masculin 5 à 10% des DI seraient liées à l’X. On connait actuellement 146 gènes de DI sur le chromosome X. Le premier variant pathogène retrouvé dans le gène PAK3 (P21-Activated Kinase 3) est un variant faux-sens identifié par Allen et al. en 1998 dans une famille de patients atteints d’une DI liée à l’X. Les patients, décrits comme peu dysmorphiques, avaient une microcéphalie et des troubles du comportement, hyperactivité dans l’enfance et hétéroagressivité à l’âge adulte. Notre étude multicentrique rétrospective avait pour objectif de décrire les caractéristiques cliniques des patients ayant une mutation dans le gène PAK3 puis de faire une analyse de corrélation phénotype/génotype. Elle a porté sur dix patients recrutés en France et quarante-cinq patients de la littérature. Nous avons retrouvé une DI non spécifique associée à une hypotonie dans 92% des cas, un retard de langage dans 91%, une microcéphalie dans 46% et des réflexes vifs dans 32% des cas. Les troubles du comportement présents chez 97% des patients sont au-devant du tableau clinique avec une auto- ou une hétéroagressivité dans 58% des cas et une psychose dans 26% des cas. Sur le plan morphologique, il n’existe pas de caractères spécifiques, mais des oreilles longues sont retrouvées chez 60% des patients et un palais creux chez 71%. Enfin, une agénésie du corps calleux est retrouvée dans 42% des cas mais peu de patients ont eu une IRM cérébrale. Au total, 14 patients issus de 4 familles ont une mutation nulle et 40 patients issus de 12 familles ont une mutation faux-sens. Nous n’avons pas mis en évidence de corrélation génotype-phénotype significative, notamment les patients ayant une mutation nulle n’ont pas une atteinte clinique plus sévère que les autres. Une nouvelle étude avec un plus grand nombre de patients et davantage de données d’imagerie cérébrale serait intéressante pour évaluer la fréquence de l’agénésie du corps calleux et définir si elle est liée à certains types de mutations.

Le nystagmus congénital est une des atteintes neuro-ophtalmologiques les plus fréquentes. Les formes liées à l’X sont associées à des variants pathogènes des gènes GPR143 et FRMD7. Nous présentons deux familles initialement adressées pour diagnostic moléculaire d’albinisme oculaire. L’ADN des patients a été analysé par NGS comprenant un panel de gènes impliqués dans l’albinisme et pathologies associées (TYR, OCA2, TYRP1, SLC45A2, SLC24A5, C10ORF11, GPR143, SLC38A8, HPS 1 to 10, LYST, MITF, FRMD7). Un variant pathogène de FRMD7 a été retrouvé chez tous les cas atteints et les femmes porteuses saines. On montre que l’atteinte chez les filles est due à un biais d’inactivation du chromosome X. En analysant tous les cas publiés, on discute la pénétrance variable chez les femmes en fonction du type de variant et de l’inactivation du chromosome X.

Introduction

Le syndrome microdélétionel 15q13.3 (OMIM #612001), est caractérisé par des troubles neurocognitifs d’importance variable, pouvant aller d’une absence de symptomatologie à une déficience intellectuelle de différents degrés, une prédisposition à une épilepsie, et des particularités faciales et des extrémités. Une symptomatologie plus sévère est rapportée dans de rares cas avec microdélétion 15q13.3 homozygote. Le gène CHRNA7 (OMIM *118511), codant pour le récepteur nicotinique alpha-7 à l’acétylcholine (nAChR), a longtemps été considéré comme le gène candidat à l’origine des manifestations neuropsychiatriques associé à ce syndrome. Cependant, de récentes études sur modèles murins ont remis en cause son rôle dans le phénotype associé à la microdélétion 15q13.3, et mis en avant l’implication du gène voisin OTUD7A/CEZANNE2 (OMIM *612024), codant pour une déubiquitinase à domaine OTU (ovarian tumor), dans le phénotype neurocognitif des souris porteuses de la délétion hétérozygote synténique (Df(h15q13)/+). Ainsi le gène OTUD7A représente le meilleur candidat pour expliquer le dysfonctionnement cérébral observé en cas de microdélétion homozygote ou hétérozygote de la région 15q13.3 du génome humain.

Matériel et méthodes

Un séquençage d’exome en trio a été réalisé chez un patient présentant un retard global sévère du développement, avec troubles de la vision corticale, spasmes puis crises myocloniques généralisées avec des anomalies à l’IRM cérébrale (hypsarythmie) .

Résultats

Un variation faux-sens rare à l’état homozygote dans le gène OTUD7A: NM_130901.2:c.697C > T, p.(Leu233Phe) a été identifié dans un contexte de consanguinité parentale éloignée. Ce changement d’acide aminé ultra-conservé p.(Leu233Phe), localisé au sein du domaine catalytique OTU est prédit par SIFT et Provean comme délétère. Les parents et son frère, porteurs de la variation à l’état hétérozygote, présentent des difficultés d’apprentissage.

Des analyses fonctionnelles ont été effectuées afin d’étudier l’impact de cette variation, et ont montré qu’elle était à l’origine d’un dysfonctionnement du protéasome. Cette variation semble être un candidat solide pour expliquer les manifestations neuropsychiatriques observées chez ce patient.

Discussion

L’identification d’autres patients porteurs de variations bialléliques pathogènes dans ce gène seront nécessaires pour renforcer ces résultats. GeneMatcher a permis une mise en contact avec une équipe du NIH ayant colligé plusieurs patients, allant dans le sens de ces résultats.

Les mutations du gène CDC42 ont été décrites en pathologie constitutionnelle humaine en 2015, initialement avec un tableau de macrothrombocytopénie syndromique, le syndrome de Takenouchi-Kosaki, puis chez 15 patients au phénotype hétérogène. Il est caractérisé par une très grande variabilité : aucun signe clinique ne semble constant, ce qui en rend le diagnostic ciblé particulièrement difficile. Martinelli et al. ont classé les mutations en 3 groupes en fonction de leur localisation et de leur impact, mais cette corrélation génotype-phénotype  n’explique pas complètement la variabilité d’expression.

Les principaux signes cliniques rapportés sont une dysmorphie faciale, des anomalies cérébrales variées, une déficience intellectuelle, une surdité, un retard statural, une microcéphalie et des anomalies immuno-hématologiques. Un tableau polymalformatif est également décrit, ainsi que des anomalies lymphatiques.

Nous rapportons ici le cas d’un garçon de 15 ans, connu depuis la période anténatale pour une ambiguïté sexuelle, une microcéphalie et une agénésie rénale gauche, opéré après la naissance d’un hypospadias, d’une cryptorchidie et d’une imperforation anale, qui présente une dysmorphie faciale, une atteinte cognitive hétérogène, une insuffisance vélaire, une surdité mixte légère appareillée et des limitations articulaires multiples notées dès l’âge de 2 ans, qui n’ont pas semblé évolutives sur la durée du suivi, induisant une gêne fonctionnelle significative. Son imagerie cérébrale montre une atrophie de la substance blanche périventriculaire. Son atteinte hématologique se résume à une anisothrombocytose et de rares macrothrombocytes, sans thrombopénie.

Les explorations anténatales n’avaient pas été souhaitées. Après plusieurs années de suivi et d’examens post-nataux infructueux (caryotype, recherche de syndrome de Smith-Lemli-Opitz, de syndrome ATRX, de maladie de surcharge, CGH-array), la réalisation d’un WES a permis la mise en d’une mutation hétérozygote faux-sens du gène CDC42, vraisemblablement de novo (père décédé).

A ce jour, 2 autres cas sur les 18 rapportés sont porteurs de la même mutation ; ni l’imperforation anale ni les contractures articulaires ne sont décrites. Parmi les patients porteurs d’une autre mutation de ce gène, seule une camptodactylie est répertoriée. Néanmoins, la lecture attentive des données supplémentaires permet de retrouver chez 3 autres patients la notion de contractures intéressant une ou plusieurs articulations autres que les doigts. 

                Nous décrivons un nouveau patient porteur d’une mutation du gène CDC42 avec un tableau très malformatif et des limitations articulaires au 1^er plan. Nous comparons notre cas à ceux de la littérature et confirmons l’extrême variabilité du tableau clinique. Nous élargissons le spectre phénotypique et mettons l’accent sur un nouveau symptôme, faisant de CDC42 un nouveau gène impliqué dans les limitations articulaires syndromiques.

L'instabilité microsatellitaire (MSI) est un marqueur moléculaire d'une déficience du système de réparation de l'ADN (MMR) et est utilisé a des fins diagnostiques, pronostiques et thérapeutiques dans les cancers colorectaux et de l’endomètre.
Actuellement, la méthode de référence d’analyse des MSI effectuée dans les laboratoires est basée sur la distribution de la taille des fragments par PCR-multiplex à partir d'un échantillon tumoral.
En parallèle, le séquençage haut-débit (NGS) par amplicons est devenu une technique largement implantée pour la recherche de mutations ponctuelles somatiques.
Pour que cette technique, simple, précise et évolutive, puisse être utilisée pour la détection des MSI nous avons développé un outils basé sur le machine learning : MIAmS (Microsatellite Instability detection on NGS Amplicons Sequencing).
Ce dernier répond en tous points aux besoins spécifiques du processus de diagnostic :    
    - analyses par deux méthodes distinctes;
    - interface conviviale pour l'analyse des résultats;
    - gestion des logs;
    - récupération des erreurs.
Etant basé sur du machine learning MIAmS se divise en deux workflow:
    - apprentissage : création d’un model de distribution de tailles correspondant au statut stable et instable pour chaque locus;
    - annotation : prédiction du statut à partir de deux méthodes de classification.
La première méthode utilise mSINGS qui se base sur la comparaison avec l'écart maximal par rapport à un modèle normal de distribution des pics.
La deuxième, fusionne les paires de lectures afin d’éliminer les fragments pouvant contenir des erreurs de type Indels lors du séquençage. Ensuite, elle classifie les distributions de tailles de chaque locus selon les modèles stables et instables. Le classifieur utilisé par défaut est SVM (Support Vector Machine), sélectionné parmi 5 autres classifieurs de la libraire scikit-learn.
Afin d'évaluer les performances et la robustesse de la méthode, une cohorte de 143 échantillons, séquencés sur 6 loci contant des microsatellites, a été élaborée par les laboratoires de Toulouse et de Montpellier.
Cette dernière a été divisée 50 fois de façon aléatoire en suivant la règle suivante :
    - 60% des échantillons ont servit pour la création du model;
    - 40% des échantillons ont servit pour la validation du model.
En utilisant la combinaison des deux classifieurs le taux d'erreurs est de 0% en moyenne (2 outliers sont compris entre 0 et 2%).
MIAmS semble donc être un outils performant pour prédire le statut MSI des échantillons tumoraux à partir de données issus de NGS. De plus, ses principales caractéristiques permettent une utilisation en routine dans le processus de diagnostic.

Le syndrome de l’X fragile est une maladie génétique rare caractérisée par une répétition anormale de triplets CGG au niveau de la région 5' non traduite du gène FMR1 situé sur le chromosome X. Cette mutation dynamique peut évoluer d'un état de pré-mutation (de 55 à 200 répétitions) à un état de mutation complète de l’allèle ( > 200 répétitions). Elle reste aujourd’hui la cause la plus fréquente de déficience intellectuelle héréditaire liée à l'X. Au cours de ce syndrome, les patients atteints vont présenter une hyperméthylation de triplets CGG conduisant à une extinction épigénétique de l’expression du gène FMR1 et, par voie de conséquence, à la perte de la protéine FMRP.

Le diagnostic de la maladie peut s’avérer long et coûteux, du fait de la nécessité de réaliser dans certains cas, deux PCR (dénombrement des triplets et étude de la méthylation). Grâce au séquençage de 3^ème génération, il est désormais possible de séquencer individuellement des molécules d’ADN sans aucun marquage fluorescent ni amplification préalable, réduisant ainsi considérablement le temps d'exécution et le coût réactifs. Le séquençage de molécules uniques permet notamment l’obtention de données de séquençage en temps réel, favorisant une détection plus rapide des variants structuraux (variabilité du nombre de copies, duplications, délétions, insertions, inversions ou translocations) ou la détection de modifications de base (méthylation). Ainsi, combinés à la technique d’édition du génome par CRISPR-Cas9, la sélection spécifique et le séquençage consécutif de ces régions génomiques d'intérêt est désormais permis.

Nous présentons une nouvelle méthodologie reposant sur le séquençage ciblé de molécules uniques et capable de restituer simultanément, sans biais de duplicats de PCR, à la fois le dénombrement de triplets CGG et le statut de méthylation du gène FMR1. La validation de méthode a été réalisée à partir d'échantillons contrôles dont la région d’intérêt, présentant un nombre de répétitions connu, a pu être spécifiquement obtenue par stratégie CRISPR-Cas9. Nous démontrons que l’identification de répétitions de triplets sur séquenceur MinION (Oxford Nanopore Technologies) est aussi précise que les techniques classiques basées sur une amplification PCR. L’analyse de méthylation, réalisée grâce au module variant-caller de Nanopolish, nous a permis d’observer des niveaux de méthylation élevés pour les allèles pré-mutés et mutés (73 répétitions ou plus).

L’utilisation combinée du séquençage nanopore consécutif à un enrichissement médié par stratégie CRISPR-Cas9 constitue un outil de diagnostic rapide et complet pouvant à la fois permettre la détection de triplets et l’établissement du statut de méthylation d’une région d’intérêt. L’application de cette approche, particulièrement intéressante dans le cadre des mutations dynamiques, pourrait être étendue aux syndromes ataxiques, l'atrophie musculaire spino-bulbaire, la dystrophie myotonique de Steinert ou la chorée de Huntington.

Introduction: Le cancer de l’ovaire est la 5^ème cause de décès par cancer chez la femme avec environ 4400 nouveaux cas par an en France. Depuis 2016, l’arrivée dans l’arsenal thérapeutique des inhibiteurs de PARP s’adressant à des patientes atteintes d’un cancer de l’ovaire avancé et porteuses d’une mutation des gènes BRCA a imposé de rechercher les mutations de ces gènes dans les tumeurs ovariennes inclues en paraffine.

Environ 30% des carcinomes de l’ovaire sont associés à la présence d’une mutation dans la tumeur des gènes BRCA, soit d’origine constitutionnelle (20%) soit purement somatique (10%). La fréquence des grands réarrangements de BRCA1/2 survenant dans ce contexte somatique n’est pas connue.

Afin de répondre à cet enjeu thérapeutique, nous avons mis en place et validé la détection des grands réarrangements en utilisant une stratégie de Séquençage de Nouvelle Génération basée sur la capture des gènes BRCA1 et BRCA2 dans les tumeurs de l’ovaire inclus en paraffine.

Matériel, population et méthodes: Après extraction de l’ADN des blocs inclus en FFPE, un enrichissement par capture a été réalisé à l’aide du kit mini-HRS (SOPHiA GENETICS, Suisse). Le séquençage a été réalisé sur un MiniSeq™ (Illumina, France) en paired-end 150 pb. Une étude de détection des CNVs (Copy Number Variations) a également été développée en deux approches : (i) normalisation simple des profondeurs de couverture issues des données de séquençage, et (ii) une confirmation par MLPA.

Cette première analyse a été réalisée de manière rétrospective sur 14 séries, chacune comprenant jusqu’à 12 échantillons dont 2 ADN contrôles inclus systématiquement. Au total, 117 échantillons ont été analysés.

Une amélioration du pipeline de détection des CNVs a été implémentée. Cette analyse a été réalisée sur les mêmes séries, puis en prospectif sur 70 nouvelles séries soit 610 échantillons.

Résultats: Une couverture complète de plus de 1000x des gènes est obtenue par cette approche. La sensibilité est de 83% (2 faux positifs) et la spécificité de 99,3%. L’analyse n’a pas pu être concluante dans 3% des cas (ADN trop dégradé). Tous les grands réarrangements d’origine constitutionnel ont été retrouvés (concordance 100%).

Discussion et conclusion: Nous avons pu mettre en place une méthode d’analyse permettant la détection des grands réarrangements constitutionnels et somatiques avec une très bonne sensibilité et spécificité. La fréquence des grands réarrangements somatiques est très importante (> 10%). Néanmoins, leur interprétation reste difficile.

Les hémoglobinopathies sont les affections génétiques du globule rouge les plus répandues dans le monde. Elles sont liées principalement à un défaut de synthèse de l’hémoglobine (Hb). On distingue deux types d’anomalies : anomalies quantitatives ou thalassémies et anomalies qualitatives responsables de la synthèse de variants structuraux de l'Hb.

Le diagnostic de ces anomalies repose essentiellement sur l’analyse des données de l’hémogramme, le dosage du fer sérique  et de la ferritine ainsi que  la quantification des fractions de l’hémoglobine par des techniques séparatives. Parmi ces fractions l’HbA2 revêt une importance considérable dans le diagnostic des hémoglobinopathies. L’HbA2 s’exprime à l’état normal à des taux voisin de 2 à 3%. Sa diminution en-deçà de 2% peut être due à une carence martiale, une delta thalassémie voire même une alpha thalassémie. Dans le cas où elle se trouve dédoublée, une anomalie structurale est évoquée. L’étude moléculaire du gène delta permet de confirmer le diagnostic.

Notre objectif était de réaliser une étude moléculaire pour les patients ayant un dédoublement de l’HbA2 sans dédoublement de l’HbA afin d’identifier et de recenser les mutations du gène delta-globine dans notre pays.

Il s’agit d’une étude sur une cohorte de 22675 patients diabétiques suivis aux consultations externes de l’institut national de nutrition et de technologie alimentaire de Tunis, pour lesquels un dosage de l’HbA1c a été demandé durant la période entre le 1er février 2018 et le 31 juillet 2018. Le dosage de l'HbA1c et de l'HbA2 a été réalisé sur  Capillarys 2 Flex Piercing - Programme HbA1c. L'étude moléculaire a été réalisée par séquençage direct de l'ADN.

Parmi les 22 675 patients, 98 patients ont montré un dédoublement de l’HbA2 sans dédoublement de l’HbA. Le séquençage nous a permis  d’identifier 5 variants structuraux de l’HBA2 dont un variant décrit pour la première fois dans le monde [c.122G > C (delta40 (C6) Arg > Thr)].

Trois autres variants sont décrits pour la première fois en Tunisie: le variant HBA2-North Africa[delta59 Lys à Met (AAG à ATG)], le variant HBA2-Babinga [delta136 (H14) Gly à Asp (GGT à GAT)] et  le variant HBA2-Coburg [delta116 ArgàHis (CGC à CAC)].

Le variant HBB2 [delta16 (A13) Gly à Arg (GGC à CGC)] déjà décrit en Tunisie a été également retrouvé dans cette série.

Les variants structuraux décrits dans ce travail viennent certainement enrichir le spectre mutationnel du gène delta en Tunisie et fournir ainsi une assise génétique pouvant servir essentiellement dans les études d’association  aux gènes béta-thalassémiques. Une étude plus poussée des haplotypes chromosomiques associés aux mutations du gène delta permettrait d'étayer l'origine géographique de ces variants et de retracer l'histoire de migration des populations à travers leur patrimoine génétique.

On estime que 10% des cancers du sein et/ou de l'ovaire sont la conséquence d’un variant pathogène héréditaire, et dans plus de 50% des cas, ces variants pathogènes sont situés dans les gènes BRCA1 et BRCA2. Actuellement, le criblage de ces gènes est couramment effectué à l’aide d’un panel de gènes étendu en utilisant le séquençage à haut débit. Cette technologie est plus sensible que les méthodes de séquençage traditionnelles et améliore la capacité de détection des événements en mosaïque. Très peu de cas de mutations de novo ont été décrits dans les gènes BRCA avec un seul cas de mosaïcisme constitutionnel démontré, sur le gène BRCA1 (Friedman, Br J Cancer 2015).

Nous rapportons un cas de mosaïcisme constitutionnel du gène BRCA2. Il s’agit d’une femme de 46 ans adressée en consultation de génétique pour un cancer du sein bifocal, présentant deux lésions de 9 et 15 mm montrant, un carcinome lobulaire invasif SBR I Ki67 à 10%, avec une composante in situ à 30 % sur un foyer (pT1b pN0), et un carcinome lobulaire in situ sur le deuxième foyer. L'immunohistochimie était positive pour les récepteurs aux œstrogènes et à la progestérone et négative pour le récepteur Her2. Dans ses antécédents familiaux, on note deux sœurs atteintes d'un cancer du sein à 58 et 74 ans. Elle a deux filles et un garçon, mineurs, en bonne santé.

L’analyse, effectuée chez cette patiente, d’un panel de 13 gènes reconnus d’utilité clinique (établi selon les recommandations nationales) dans le cadre d’un syndrome de prédisposition héréditaire au cancer du sein et/ou de l’ovaire  par séquençage haut débit, à partir d’un prélèvement sanguin, a mis en évidence le variant pathogène tronquant (classe 5) c.4688G > A, p.(Trp1563 *) sur le gène BRCA2. La fréquence allélique du variant est de 23% (profondeur de lecture > 500X) suggérant une mutation en mosaïque (résultat confirmé par séquençage Sanger). L’analyse d’autres types de prélèvements a permis de confirmer la présence du variant pathogène en mosaïque, à des taux similaires dans le tissu mammaire sain, l’urine, la salive, et dans les bulbes capillaires.  Aucun matériel tumoral n’est accessible à ce jour et le test pré-symptomatique de ses enfants est prévu, à leur majorité.

Nous rapportons ici le premier cas de mosaïcisme constitutionnel du gène BRCA2. Même si le mosaïcisme n'est probablement pas un phénomène courant dans les familles BRCA1 /2, il est probablement sous-estimé, et le nombre de cas devrait augmenter pour deux raisons : le dépistage réalisé par une technologie plus sensible et plus précise (séquençage haut débit), et l’élargissement des indications de tests moléculaires en raison des thérapies ciblées (inhibiteur de PARP). Ainsi, même s'il est rare, cet événement devrait être pris en compte pour le conseil génétique, et dans l'évaluation des familles à haut risque.

Contexte et Objectifs : En Tunisie, les maladies génétiques constituent un problème de santé publique. Ceci est dû aux forts taux de consanguinité et d’endogamie.Ces pathologies sont généralement graves, chroniques et évolutives et incurables. Le pronostic vital est souvent mis en jeu.La planification des stratégies de préventions des ces maladies (dépistage prénatal, néonatal), dépistage en cascade pour l’identification des personnes atteintes encore asymptomatiques) ainsi que la mise au point des nouvelles pistes thérapeutiques et la préparation des essais cliniques exigent des données épidémiologiques fiables et précises. Malheureusement ce type de données n'est pas disponible en Tunisie. Le séquençage de l'exome entier permet d'élucider l'étiologie moléculaire des maladies génétiques et d’identifier les variants génétiques spécifiques d'une population.Dans cette étude, nous avons pour objectif de déterminer le spectre des maladies génétiques décrites en Tunisie et d’enrichir leur spectre mutationnel via une analyse des données d’exome des Tunisiens.

Méthodes : Nous avons mis à jour la base de données locale déjà conçue au sein de notre laboratoire par une fouille textuelle dans la littérature scientifique en intégrant les données génétiques, épidémiologiques et moléculaires. L’ensemble de maladies génétiques décrites en Tunisie ont été classées selon le mode de transmission et selon la dixième version de la classification internationale des maladies proposée par l’OMS. Nous avons exploité les données de la banque d’exomes de notre laboratoire pour les analyses bioinformatiques en vue d’enrichir le spectre mutationnel des maladies génétiques. Cette banque renferme 59 exomes d’individus dont certains sont atteints de différentes maladies génétiques appartenant à 10 groupes pathologiques, d’autres sont sains.

Résultats :Le nouveau spectre des maladies génétiques s’élève à plus de 540 entités pathologiques dont 60,1 % sont transmises selon le mode autosomique récessif reflétant le rôle de la consanguinité. La classification selon la CIM-10 de ces maladies a montré que les 3 groupes pathologiques les plus représentés sont les malformations congénitales, déformations et anomalies chromosomiques, les maladies endocriniennes, nutritionnelles et métaboliques et les maladies du système nerveux. L’établissement du spectre mutationnel a montré que plus de 800 mutations. Ce dernier a été enrichi par l’analyse des données d’exomes permettant l’identification de 52 variants potentiellement délétères. Parmi eux, un variant dans le gène AIRE identifié chez un patient atteint de Xeroderma pigmentosum A  a été confirmé par séquençage Sanger et pourrait être la cause de l’expression d’une deuxième pathologie.

Conclusion :Notre travail donne une nouvelle estimation de l’envergure des maladies génétiques en Tunisie. La disponibilité de la base de données à la communauté scientifique contribuera à améliorer les connaissances sur ces maladies mais aussi à les prévenir.

Nous rapportons les cas de deux patients avec une microdététion interstitielle 7q36.1 de taille 4,3Mb et 4,8Mb, rarement décrite. Le contenu en gènes est comparable incluant CNTNAP2 qui code pour la contactin-associated protein-like 2, famille des neurexines, protéines transmembranaires pré-synaptiques impliquées dans l’adhésion inter-neuronale. CNTNAP2 est lié à une forme récessive de déficience intellectuelle apparentée au syndrome de Pitt-Hopkins. L’identification et la caractérisation des causes moléculaires responsables de ces troubles et leur corrélation avec le phénotype des patients est essentielle à leur diagnostic.

Le premier cas est une patiente dont la mère a présenté une grossesse avec élévation des marqueurs sériques. L’amniocentèse a montré un caryotype conventionnel 46,XX normal, confirmé en période post-natale. L’enfant, née à terme, avait un périmètre crânien à -2,2DS. Un retard du langage, une déficience intellectuelle légère et une hypotonie ont par la suite été observés. Après un premier épisode de convulsions à l’âge de 3 ans, celles-ci se sont généralisées. Elle a acquis la marche à l’âge de 22 mois. L’examen clinique à 6 ans a montré un périmètre crânien à -2DS ainsi que des particularités morphologiques crânio-faciales. Une hypertrichose est présente au niveau des coudes. La face externe des genoux présente un éperon osseux. Le bilan étiologique réalisé alors s’est avéré négatif (X fragile, MPLA télomèrique, FISH 22q11.21, IRM et radio de l’hémi-squelette).

Le deuxième cas est celui d’un patient de 3 ans. La grossesse a été marquée par un diabète gestationnel, un dépistage combiné du premier trimestre à risque (DPNI négatif). L’enfant est né à 38SA dans un contexte d’anomalies du rythme cardiaque fœtal à type d’extrasystoles. L’examen clinique a révélé une hypotonie axiale et périphérique, un excès de peau, des pieds en piolet, des mamelons écartés et à hauteur différente, une cryptorchidie et des particularités morphologiques crânio-faciales. A l’âge d’un mois le suivi oculaire était peu présent, le tonus périphérique était satisfaisant mais l’hypotonie axiale toujours marquée. L’IRM cérébrale a montré une agénésie partielle du corps calleux sans anomalie de signal de la substance blanche.

L’analyse par CGH-array (Agilent 180K) a montré respectivement les formules chromosomiques suivantes : arr[GRCh37] 7q36.1q36.1(147,157,477x2,148,047,494-152,379,990x1,152,012,189x2) et arr[GRCh37] 7q35q36.1(148,039,951x2,147,180,572-152,004,588x1,152,397,173x2). Ces microdélétions ont été confirmées par FISH. L’analyse des parents a montré leur caractère de novo.

Afin d’identifier un deuxième évènement moléculaire dans le gène CNTNAP2, il sera présenté le résultat du séquençage du gène pour les deux patients. L’étude détaillera également la corrélation génotype-phénotype en comparant nos résultats avec les cas rapportés et en étudiant la fonction des gènes d’intérêt compris dans la délétion 7q36.1.

Le gène CACNA1G code pour un canal de la grande famille des canaux calciques voltage dépendant qui jouent un rôle important dans l’excitabilité neuronale. Il existe plusieurs types de canaux calciques, à haut voltage comme le canal L,P/Q,N,R ou à bas voltage comme les canaux calciques de type T.

CACNA1G code pour la sous-unité Cav3.1 des canaux calciques de type T, très fortement exprimée au niveau des cellules de Purkinje et des noyaux cérébelleux profonds et dont des mutations ont été décrites initialement dans des ataxies cérébelleuses autosomiques dominantes progressives à début tardif.

Récemment, un tableau d’ataxie cérébelleuse congénitale avec atrophie et/ou hypoplasie cérébelleuse a été rapporté chez 4 patients présentant des mutations dominantes de novo à effet gain de fonction de CACNA1G.

Nous rapportons une série de 10 patients présentant ce tableau congénital, associant un retard du développement psychomoteur sévère avec déficience intellectuelle, ataxie, épilepsie non constante, anomalies des extrémités (syndactylies, brachydactylies) et dysmorphie (Cheveux et sourcils fins et clairsemés, narines hypoplasiques antéversées, philtrum lisse et plat, front large et  grandes oreilles basses implantées). L’IRM montre une atrophie cérébelleuse. Seuls 2 variants récurrents  de CACNA1G (p.Ala961Thr et p.Met1531Val) sont à ce jour associés à ce tableau sévère et précoce.  Ces variants sont situés au niveau de la partie intracellulaire du segment S6 des domaines protéiques II et III respectivement, ils impactent la fonction du canal calcique en causant une augmentation significative d’activité du canal et attestant ainsi de l’effet gain de fonction. Ce changement de propriétés du canal entraînerait une augmentation de l’excitabilité neuronale des noyaux cérébelleux profonds.

Nous confirmons à travers cette étude, une nouvelle entité d’ataxie cérébelleuse autosomique dominante à début précoce lié au gène CACNA1G associée à la présence de  deux variants récurrents à effet gain de fonction.

Un des  défis de l’oncogénétique clinique est d’assurer une accessibilité aux consultations, non seulement en termes de délai, mais également en termes de couverture de la population. Après avoir implanté en Normandie une nouvelle procédure basée sur les entretiens téléphoniques de préparation (ETP) et le routage, permettant d’accélérer la prise en charge des patients, nous avons de façon complémentaire développé un nouvel outil facilitant la reconnaissance, par l’ensemble des médecins généralistes et spécialistes non formés à la génétique, des personnes dont l’histoire personnelle et/ou familiale relève d’une consultation d’oncogénétique. Cet outil, destiné aux professionnels de santé et que nous avons élaboré en étroite collaboration avec l’union régionale des médecins libéraux, correspond à une application utilisable sur smartphones et ordinateurs. Le  but de cette application n’est pas d’apporter une expertise en oncogénétique mais de déterminer si un(e) patient(e) doit être orienté(e) vers une consultation d’oncogénétique afin d’arriver le plus rapidement possible, en moins de 2 minutes,  à  la conclusion : « indication à un ETP » ou « pas d’indication à un ETP ». La première version de cette application a été focalisée sur les prédispositions héréditaires au cancer du sein et de l’ovaire.  L’algorithme que nous avons développé est basé sur des questions à choix multiples simples (« Mon patient est-il une femme ou un homme », « tranche d’âge », « type de pathologie », …) avec 3 réponses simples par question (oui/non/ne sait pas) et l’ordre des questions a été défini en commençant par les critères les plus prédictifs de l’indication d’une consultation de génétique (cancer du sein chez un homme, cancer du sein chez une femme avant l’âge de 36 ans, cancer du sein triple négatif avant l’âge de 51 ans…), puis en intégrant les antécédents familiaux. Cette application intègre également  la possibilité de propositus asymptomatique, considérant que les professionnels de santé sont amenés à prendre en charge des jeunes femmes ou des pères, qui ont un antécédent de cancer du sein ou de l'ovaire au premier degré. Lorsque l’indication à un ETP est retenue, l’application indique les coordonnées du service de génétique le plus proche, ainsi qu’un code que le patient communique lors de sa prise de rendez-vous. Ce code permet de façon cryptée et anonyme de tracer le parcours sur l’application qui a conduit à cette prise de RDV et justifie l’ETP.  Cette application est en cours de diffusion séquentielle en Normandie et son impact sur le parcours du patient sera évalué. Cette application, qui pourra être diffusée après son évaluation à l’ensemble des régions françaises, devrait contribuer avec la stratégie des ETPs et du routage à construire un nouveau parcours en oncogénétique, permettant ainsi une meilleure réactivité et diffusion des consultations d’oncogénétique.

La maitrise de l’identitovigilance est un élément crucial en laboratoire de diagnostic.

Nous avons développé une approche consistant à génotyper 15 marqueurs polymorphes, et à comparer les résultats obtenus à ceux déterminés par la technique principale (exome, SNP array ou panels).

Cette approche d’identitovigilance utilise un panel de 14 SNP, et un marqueur de sexe Amelogenin (AMLXY). Les SNP ont été sélectionnés selon les critères suivants :

- Fréquence de l’allèle mineur > 30% dans la population 1000 Genomes,

- Profondeur de couverture dans l’analyse d’Exome > 30x.

L’utilisation de ce panel garantit en théorie l’unicité d’un échantillon, avec une probabilité d’identité entre deux échantillons de l’ordre de 1 sur 5 millions.

Cette technique utilise un équipement courant au sein d’un laboratoire de génétique médicale et se déroule selon les étapes suivantes :

1) Extraction d’ADN.

2) Pré-amplification multiplex (15 couples d’amorces encadrant chaque locus polymorphe).

3) PCR-allèle spécifique (AS-PCR) multiplex (amplification spécifique de tous les allèles présents avec génértion d’amplicons fluoromarqués pour les 15 marqueurs).

4) Migration sur un ABI 3130XL pour discriminerles deux allèles (la taille de l’amplicon de l’allèle référent du SNP est supérieure de 5 bases à la taille de l’amplicon de l’allèle alternatif).

5) Attribution automatique des génotypes : comparaison de l’intensité des pics de chaque allèle, un allèle est considéré comme présent si son intensité est au moins égale à 30% de la somme des intensités des deux allèles).

6) Etablissement du taux de concordance par échantillon entre le résultat de ce génotypage et la technique principale (exome, panel, SNP-array). (Script bioinformatique).

7) Comparaison entre les échantillons traités dans une même série.

436 échantillons ont été séquencés (Exome) et génotypés. La comparaison des génotypes deux à deux réalisée sur les 436 échantillons (soit 94830 comparaisons) montre que :

- Aucune paire ne présente de profil identique sur les 15 marqueurs.

- Une seule paire présente des génotypes identiques sur 14 des 15 marqueurs. Il s’agit de deux apparentés (mère-fille), issues d’une famille à fort taux de consanguinité.

- 99,98% des paires testés présentent moins de 12 génotypes identiques.

Actuellement, nous testons la possibilité de génotyper directement ce panel sur sang total, sans extraction d’ADN, afin de garantir l’identitovigilance sur toutes les étapes réalisées au laboratoire.

Enfin, nous allons étendre son utilisation pour les échantillons analysés en NGS sur des panels de gènes ou sur puce SNP pour l’analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA).

Le couplage d’enregistrements ou «record linkage» (RL) consiste à identifier, parmi différentes sources de données, les enregistrements qui concernent de mêmes entités, par exemple les mêmes individus. La méthode probabiliste de RL (PRL) qui estime la probabilité qu’un couple d’enregistrements fait référence au même individu ou non est la plus utilisée. Elle nécessite de déterminer un seuil de décision a priori. Les couples d’enregistrements ayant une probabilité au-dessus de ce seuil de décision sont considérés comme appartenant au même individu. Bien que le seuil de décision puisse être fixé de sorte à respecter un taux de faux positifs et un taux de faux négatifs, la pratique courante, empirique, consiste à effectuer une vérification manuelle des enregistrements

Les approches de machine learning supervisé (ML) ont une meilleure précision que PRL et font peu d’erreurs de prédiction. Cependant, celles-ci sont peu utilisées pour le RL, car elles nécessitent un jeu de données d’apprentissage dans lequel les statuts des couples sont connus

Notre objectif était de développer une méthode hybride faisant appel aux approches PRL et ML pour identifier

le maximum d’individus communs aux études GEMO (GEnes Modificateurs du risque tumoral chez les porteurs d’une mutation de BRCA1 ou BRCA2) et GENEPSO (cohorte prospective des porteurs d’une mutation de BRCA1 ou BRCA2), deux études nationales sur la prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire dans lesquelles des données complémentaires sont recueillies (échantillon d’ADN dans GEMO, suivi épidémiologiques sur 10 ans avec évènement carcinologiques et traitements dans GENEPSO)

Nous avons d’abord testé la performance de six algorithmes de ML et montré que l’algorithme random forest présente la meilleure performance de prédiction. Sur la base de cet algorithme, nous avons construit un modèle de ML utilisant l’approche PRL et une étape de validation manuelle, pour vérifier par exemple la nomenclature nucléotidique de la mutation, certaines données individuelles (âge, sexe…) ou les données familiales (arbres généalogiques). Nous avons ensuite évalué les trois méthodes de classification, PRL, ML et PRL+ML, et montré que cette dernière, dans laquelle les paires prédites sont combinées et validées manuellement, est plus performante. Sachant que le seuil de décision de PRL ici pourrait être assez élevé et les validations ne sont pas lourdes. Enfin, nous avons utilisé le modèle PRL+ML pour identifier les individus communs dans les jeux de données mis à jour de GEMO et de GENEPSO sans avoir recours à une validation supplémentaire

Ainsi, notre approche appliquée aux jeux de données GEMO (5357 participants) et GENEPSO (4192 participants) a identifié 1418 individus communs aux deux études et issus de 1072 familles. Cette stratégie peut être aisément adaptée pour rendre d’autres bases de données médicales ou épidémiologiques inter-opérables afin de faciliter la mise en place de projets de santé publique de grande envergure

Les formes monogéniques de diabète, regroupées sous l’appellation MODY (Maturity Onset Diabetes of the Youth) constituent une entité hétérogène sur le plan clinique et génétique. Les caractéristiques classiques associent un début précoce, un caractère familial avec une transmission autosomique dominante et un défaut de la sécrétion insulinique dépendante des cellules ß˗pancréatiques. Cependant, l’augmentation régulière de la prévalence du diabète de type II, polygénique, peut représenter un facteur confondant quand plusieurs membres d’une même famille sont atteints, éventuellement sur plusieurs générations.

Dans le cadre de cette étude, nous avons analysé une série de 20 patients suivis au CHU de Fès (Maroc) pour diabète et présentant les critères suivants : sujet âgé de moins de 40 ans au diagnostic du diabète, au moins 2 générations atteintes de diabète, absence de dysimmunité en faveur d’un diabète de type1.

La méthodologie employée a utilisé dans un premier temps le séquençage ciblé (analyse Sanger faite au CHU de Fès) des gènes GCK et HNF1A, puis la technique NGS avec un panel ciblant les gènes GCK, HNF1A, HNF4A, HNF1B, INS, ABCC8, KCNJ11 (CHU de Bordeaux). Si nécessaire, l’analyse MLPA a été utilisée pour confirmer la présence d’anomalie des CNV (notamment une délétion étendue du gène GCK).

Le diagnostic de diabète MODY de type 2 (délétion étendue du gène GCK) et celui de MODY de type 3 (variant faux-sens du gène HNF1A déjà décrit) a pu être fait dans 2 familles. Il a été complété par l’analyse de ségrégation.

La majorité des patients testés n’a donc pas d’identification exacte en faveur d’une forme MODY, bien que l’analyse NGS ait fourni des résultats rapides et exhaustifs sur les gènes testés. Un suivi précis de l’évolution et des manifestations phénotypiques sera nécessaire pour adapter la poursuite de l’enquête génétique : panel élargi, voire séquençage d’exome.

Une bonne connaissance de la physiopathologie du diabète MODY est en effet essentielle pour guider les choix thérapeutiques, évaluer le risque de survenue de complications dégénératives et adapter le conseil génétique dans les familles présentant plusieurs sujets atteints.

Le complexe protéique TRAPP, qui joue un rôle central dans le transport vésiculaire intracellulaire, est composé de différentes sous-unités parmi lesquelles TRAPPC12, récemment impliquée en pathologie humaine. C’est en 2017 que Milev et al. ont rapporté pour la première fois trois variants pathogènes de TRAPPC12 chez des enfants issus de deux familles différentes présentant une encéphalopathie progressive sévère ayant débuté dans l’enfance, avec microcéphalie et spasticité marquée sans malformation associée. Aucune autre description de variant pathogène de TRAPPC12 n’a été publiée à ce jour.

Nous rapportons un nouveau variant tronquant homozygote de TRAPPC12 chez un fœtus de 22 SA issu d’une union consanguine présentant un syndrome polymalformatif et décrivons pour la première fois les anomalies anténatales associées. L’échographie réalisée au deuxième trimestre de grossesse a mis en évidence un retard de croissance intra-utérin, un immobilisme fœtal, une hernie diaphragmatique et des malformations cérébrales parmi lesquelles une atrésie de l’aqueduc de Sylvius, une hypoplasie cérébelleuse et une microcéphalie. Ces données ont été confirmées par l’examen foetopathologique qui a révélé un dysmorphie faciale et une hypoplasie extrême des faisceaux pyramidaux expliquant l’immobilisme fœtal. Des anomalies des extrémités ont également été mises en évidence par l’exploration radiographique. Le diagnostic génétique a été fait par séquençage d’exome et a révélé le variant tronquant p.(Phe381Cysfs*64) dans l’exon 3 de TRAPPC12 à l’état homozygote.

Notre travail élargit donc le spectre phénotypique des variants pathogènes de TRAPPC12 en décrivant, pour la première fois, les données anténatales de la forme clinique la plus sévère du spectre.

Les variants gain-de-fonction du gène PIK3CA en mosaïque sont responsables de syndromes d’hypercroissance d’expression variable réalisant un continuum clinique comprenant notamment le syndrome CLOVE (Congenital Lipomatous Overgrowth, Vascular malformations, Epidermal nevi), le syndrome mégalencéphalie - malformation capillaire et une partie des syndromes Klippel-Trenaunay. Nous rapportons un cas de syndrome d’hypercroissance lié au gène PIK3CA diagnostiqué en anténétal.

L’examen échographique réalisé durant le premier trimestre de grossesse a permis de mettre en évidence une macrocéphalie sans hydrocéphalie, une hypercroissance focale du membre inférieur droit et des lésions kystiques diffuses atteignant le médiastin antérieur, le creux axillaire gauche, le rétropéritoine et les membres inférieurs. Le diagnostic de malformation lymphatique étendue a donc été posé devant l’association macrocéphalie, hypertrophie d’un segment de membre et lésions kystiques multiples. Une analyse échographique ciblée des extrémités a alors révélé un écart excessif entre le premier et le deuxième orteils ou “signe de la sandale” et une syndactylie entre les troisième et quatrième orteils à droite. Ces anomalies des extrémités nous ont orientés vers le diagnostic de syndrome d’hypercroissance lié au gène PIK3CA qui a été confirmé par séquençage.

Notre travail souligne donc l’importance de l’analyse morphologique attentive des extrémités lors des échographies du premier et du deuxième trimestres, cette analyse étant moins sensible au dernier trimestre en raison de la réduction du volume de liquide amniotique. Nous rappelons aussi qu’un syndrome d’hypercroissance lié au gène PIK3CA doit être évoqué en anténatal devant toute malformation lymphatique étendue ou hypertrophie focale des tissus mous et insistons sur le fait que des malformations des extrémités associées telles qu’une macrodactylie, une syndactylie ou un “signe de la sandale” doivent être recherchées afin d’étayer le diagnostic.

Les ataxies cérébelleuses autosomiques dominantes (ADCA) constituent un ensemble hétérogène tant d’un point de vue clinique que génétique. Les gènes ATXN1, ATXN2, ATXN3, CACNA1A, ATXN7, TBP et ATN1 sont les plus fréquemment impliqués. Cependant, au laboratoire de diagnostic, seuls environ 32% des patients adressés pour une forme familiale d'ADCA portent une mutation (expansion de triplets CAG) dans un de ces gènes.

Le gène NOP56 a été rapporté comme étant le gène causal de l'ADCA SCA36. La mutation en cause est une grande expansion d'hexanucléotides GGCCTG dans l'intron 1 du gène.

Nous avons mis au point le diagnostic de SCA36 avec deux techniques complémentaires : 1/ une repeat-primed PCR (RP-PCR) pour la mise en évidence des grandes expansions et, la limite de détection de la RP-PCR n'étant pas connue, 2/une PCR quantitative permettant de doser le nombre d'allèles de taille normale.

Ces techniques ont été appliquées à une grande cohorte de patients adressés pour une forme familiale d'ADCA, préalablement testés au laboratoire pour les gènes les plus fréquemment impliqués dans les ADCA et sans mutation dans ces gènes.

Les résultats préliminaires portant sur environ 55% des familles d'intérêt montrent qu'une une grande expansion d'hexanucléotides du gène NOP56 est retrouvée dans 8 familles sur les 232 testées. Cette fréquence met le gène NOP56 au 5^ème rang des gènes les plus fréquemment impliqués dans les ADCA dans la population testée, après les gènes ATXN3, ATXN2, ATXN1 et ATXN7, respectivement au 1^er, 2^ème, 3^ème et 4^ème rang avec 101, 62, 37 et 25 familles. Aucun signe clinique n'est spécifique de SCA36 dans les 8 familles identifiées ; cependant, une hypoacousie et, à un moindre degré, des fasciculations de la langue ou de la bouche semblent être plus fréquemment associées à SCA36 qu'aux autres SCA.

De façon surprenante, la présence d'une petite expansion associée en mosaïque à une grande expansion (GE) a été observée chez 3 patients indépendants. Dans la première famille, le parent atteint transmetteur, décrit comme étant porteur d'une GE dans la littérature, porte un allèle avec 33 répétitions associé en mosaïque à une GE ; la fille, également atteinte, porte un allèle avec une GE. Dans la deuxième famille, le cas index, décrit comme étant porteur d'une GE dans la littérature, porte un allèle avec 24 répétitions associé en mosaïque avec une GE. Dans une troisième famille, sont observés un patient porteur d'une petite expansion sans mosaïque (31 répétitions), une patiente, nièce du précédent, porteuse d'un allèle avec 23 répétitions associé en mosaïque avec une GE et plusieurs patients (dont deux sont de la même fratrie que la patiente précédente) porteur d'une GE. Ces observations apportent des éléments nouveaux dans la physiopathologie moléculaire de SCA36.

Compte-tenu de la fréquence de la mutation du gène NOP56 dans les familles d'ADCA, nous proposons d'inclure l'étude de ce gène dans la stratégie diagnostique des ADCA.

Introduction : La déficience intellectuelle (DI) est une affection cliniquement et génétiquement hétérogène qui concerne 1 à 3 % de la population mondiale. Des études récentes estiment qu’une origine génétique pourrait être retrouvée chez 60% des patients atteints, sous forme d’une multitude de causes rares, dont certaines sont encore à identifier. Du fait de cette extrême hétérogénéité génétique, les stratégies diagnostiques sont complexes. Ces dernières années, les avancées technologiques apportées par le séquençage de nouvelle génération (NGS) ont radicalement modifié la prise en charge diagnostique de cette pathologie. Nous présentons ici les caractéristiques cliniques et génétiques d’une cohorte de 818 patients atteints de DI et ayant bénéficié d’un séquençage d’exome en trio.

Patients et méthodes : 818 patients ont été inclus sur une période de 38 mois, issus des consultations de génétique médicale et/ou de neuro-pédiatrie. La DI était évaluée sur la base d’un bilan neuropsychologique ou une échelle adaptative lorsque disponible. Dans le cas contraire, une évaluation sur des données de développement (scolarité, autonomie, etc.) a été réalisée. L’ensemble des patients a bénéficié, avant séquençage d’exome, d’une Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) ainsi que d’une recherche d’X-fragile. En cas de négativité, un séquençage d’exome en trio était effectué. Les résultats moléculaires ont été systématiquement discutés en réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) avant rendu du résultat au patient.

Résultats : Le taux diagnostique global de l’étude a été de 41 % (338/818 patients). De plus, 41 variants ont été identifiés dans des gènes candidats de DI, contribuant à leur validation, ce qui a augmenté le taux diagnostique à 47% (379/818 patients). Les variants dans des gènes dominants sont majoritaires (81%) et le plus souvent de novo (95%). Pour les 338 patients, 220 gènes différents sont incriminés. Sur le plan clinique, la sévérité de la DI n’a pas d’impact significatif sur le taux diagnostique (léger ID, 66/180, 37% - modéré à sévère ID, 108/419, 44%, p-value = 0.1997), contrairement à d’autres études. D’autres paramètres, comme l’histoire familiale ou l’épilepsie n’ont pas été identifiés comme potentiels facteurs influençant l’efficacité diagnostique du WES (p-value = 0.132 and 0.516).

Conclusion : Cette étude confirme l’hétérogénéité génétique majeure de la DI et l’intérêt d’une approche par séquençage d’exome en trio pour la recherche étiologique, quelle que soit la gravité de la DI et les signes associés. Un arbre décisionnel est proposé à la lumière de ces résultats.

La maladie périodique (fièvre familiale méditerranéenne) est une maladie héréditaire, à transmission autosomique récessive, faisant partie des maladies auto-inflammatoires. Elle est caractérisée par des épisodes récidivants, de courte durée (en moyenne 24 à 72 heures) et de résolution spontanée, comportant de la fièvre et l’inflammation d’une séreuse. Le gène responsable de la fièvre familiale méditerranéenne, appelée MEFV, est situé sur le chromosome 16 (16p13) et code pour la protéine pyrine-marénostrine.La complication la plus sévère à long terme est l’amylose AA qui atteint surtout les reins et peut entraîner une insuffisance rénale chronique.

Soixante dix  malades appartenant à 48 familles d’origines diverses ont été étudiés.

Les mutations du gène MEFV ont été cherchées par séquençage classique de l’exon 2 et 10 chez tous les malades.

Une mutation a été détectée chez 31 patients (38 %) et aucune mutation n’a été détectée chez 39 patients (62%).

L’analyse moléculaire du gène MEFV permet de faire un diagnostic direct chez des patients présentant des signes évocateurs de FMF, facilitant la mise en place d’un traitement approprié. Les tests génétiques complètent donc utilement le diagnostic clinique, qui reste un diagnostic d’exclusion. Les analyses moléculaires ne rendent compte de la maladie que chez un nombre limité de patients, ce qui pose la question de l’implication d’autres gènes dans ces affections.

Les étiologies de l’azoospermie sont nombreuses et multifactorielles. Cependant, cette dernière reste inexpliquée dans de nombreux cas.

Notre étude a porté sur l’ensemble des analyses de génétique moléculaire faites au CHU de Bordeaux dans le cadre de l’azoospermie.

La recherche de microdélétions du chromosome Y fait partie des analyses de génétique moléculaire prescrites en présence d’une azoospermie non obstructive ou d’une oligoasthénotératozoospermie sévère. Elle est cependant souvent demandée quelle que soit l’origine de l’azoospermie. Entre 2004 et 2018, 589 recherches de microdélétions ont été effectuées dont 5% positives. Ce chiffre est comparable à la littérature. Les fréquences des différentes microdélétions ne diffèrent pas non plus de la littérature hormis la microdélétion AZFbc retrouvée à une fréquence légèrement plus élevée que dans d’autres études.

Dans les tableaux d’ABCD à l’origine d’une azoospermie obstructive, le gène CFTR est le principal incriminé. Il est retrouvé dans la littérature dans près de 80% des ABCD. De 1993 à 2018, sur les 101 demandes, seuls 36 patients étaient porteurs de deux mutations, aussi il est essentiel de s’assurer que l’ensemble du tableau clinico-biologique est en faveur d’une ABCD avant de faire une analyse moléculaire exhaustive. Quand deux mutations ne sont pas identifiées, l’analyse du gène ADGRG2, de mise en place récente au CHU de Lille, peut être réalisée en seconde intention.

Nous avons repris tous les dossiers de 1993 à 2018 dans le cadre d’une ABCD, pour lesquels une analyse du gène CFTR est incomplète. En utilisant des critères très stricts, seulement huit patients sur les 65 pour lesquels deux mutations du gène CFTR n’ont pas été identifiées, ont été sélectionnés. Ils présentaient tous les critères de l’azoospermie liée à une ABCD, définie par l’hypospermie, le pH acide, le taux de fructose effondré dans le plasma séminal et l’absence clinique et échographique des canaux déférents. Un patient sur les huit, pour lequel la première analyse datait de 2003, a pu obtenir un diagnostic de certitude après analyse en NGS du gène CFTR. Pour un autre patient la recherche de mutation s’est avérée positive pour le gène ADGRG2. Le gène se situant sur le chromosome X, la mutation sera systématiquement transmise à ses filles qui seront conductrices. Pour les 6 patients restants, l’analyse la plus exhaustive possible du gène CFTR au CHU de Bordeaux, avec récemment la détection de mutations introniques profondes, s’est avérée négative. Chez ces derniers le séquençage de l’exome est une perspective intéressante pour rechercher une origine génétique à leur infertilité.

La  prise en charge en AMP de ces hommes ayant une ABCD est soumise à la même réglementation que les couples sans atteinte génétique. Selon le bilan clinico-biologique, il pourra être proposé au couple soit la réalisation d’une biopsie testiculaire en amont d’une FIV avec ICSI soit une insémination intra utérine ou une FIV avec sperme de donneur.

Les encéphalopathies épileptiques (EE) constituent un groupe de pathologies cliniquement et génétiquement hétérogènes, où l’activité épileptique contribue à l’atteinte cognitive, sensorielle et motrice. L’identification des bases génétiques et physiopathologiques des EE a significativement évolué lors des dernières années grâce à l’introduction du séquençage à haut débit.

Un panel de séquençage à haut débit ciblé de 151 gènes impliqués dans les épilepsies de l’enfant a été appliqué à 300 patients. L’âge moyen au début des crises était de 9 mois (1 jour-7 ans). Des variants pathogènes ou probablement pathogènes ont été identifiés dans le 36% avec une majorité de variants survenus de novo, la détection de larges délétions ou duplications exoniques chez 10 patients, l’identification de 3 variants en mosaïque (taux de 8-15%).

Avec un rendement global de 36%, le NGS ciblé est une stratégie efficace pour le diagnostic moléculaire des épilepsies de l’enfant. Le rendement diagnostique est plus élevé chez les patients atteints d’encéphalopathies épileptiques néonatales (51%), d’épilepsie avec crises focales migrantes du nourrisson (84%), de syndrome de Dravet (80%). Un phénotypage électroclinique précis est indispensable afin d’orienter l’analyse moléculaire selon la suspicion clinique et pour l’interprétation des résultats.

Chez les patients atteints d’EE, un diagnostic moléculaire peut permettre une orientation du traitement pharmacologique.

Les résultats obtenus dans cette cohorte ont permis la réalisation d’un diagnostic prénatal pour 10 familles.

La prévalence du syndrome de Klinefelter (SK) et du syndrome de Turner (ST) est estimée à 1/600 et 1/2500, respectivement. Ces syndromes sont caractérisés par des anomalies du nombre de chromosome X, avec un chromosome X supplémentaire chez les hommes atteints de SK (47, XXY) et un chromosome X en moins chez les femmes atteintes de ST (45, X). L’atteinte clinique principale commune à ces deux syndromes est l’infertilité. Il existe quelques signes cliniques évocateurs dès l’enfance, incluant une grande taille et des troubles cognitifs dans le SK, un retard statural dans le ST. Cependant, le diagnostic de ces syndromes reste souvent méconnu. Nous présentons ici deux cas de diagnostic incident, un SK et un ST, lors de l’analyse d’un panel de gènes de prédisposition aux cancers par séquençage haut débit.

Le premier cas est un homme de 68 ans, vu en consultation d’oncogénétique car il a été atteint d’un cancer du sein à 67 ans. Une indication d’analyse d’un panel de gènes de prédisposition au cancer du sein a donc été retenue. Aucun variant pathogène n’a été identifié, mais des sondes contrôles localisées sur le chromosome X dans le panel de gènes utilisé ont suggéré la présence d’un allèle X surnuméraire. Une MLPA a ensuite été réalisée, montrant un profil évocateur de deux chromosomes X et un chromosome Y. Ce résultat a été communiqué à l’oncogénéticien, qui avait noté chez ce patient une grande taille (1m82) et une gynécomastie, renforçant l’hypothèse de diagnostic incident de SK. Un caryotype de confirmation va être réalisé. Le SK est associé à un surrisque de cancer du sein ; cela pourrait donc être le facteur génétique causal de l’atteinte observée chez ce patient.

Le second cas est une femme de 69 ans, vue en consultation d’oncogénétique en raison d’antécédents personnel (cancer du sein à 54 ans) et familiaux de cancer du sein. L’analyse d’un panel de gènes de prédisposition au cancer du sein n’a pas identifié de variant pathogène, mais les sondes contrôles ont détecté une seule copie du chromosome X. Une MLPA a également détecté une copie du chromosome X, et une absence de chromosome Y. Un caryotype a permis de confirmer le diagnostic de ST, avec une formule chromosomique 45, X dans 80% des cellules analysées.

L’existence de sondes contrôles sur le chromosome X permet aujourd’hui l’identification de dysgonosomies par analyses de séquençage haut débit réalisées pour d’autres pathologies. Le diagnostic des syndromes de Klinefelter et de Turner est important car ils sont associés à des maladies auto-immunes ou métaboliques pour le SK, ainsi que des affections ORL, cardiaques, rénales et hépatiques pour le ST, nécessitant une prise en charge spécifique. Il est important que cette possibilité de diagnostic incident soit connue des généticiens biologistes et cliniciens afin de réaliser des analyses complémentaires lors de résultats inattendus sur le chromosome X et de mieux appréhender le suivi spécifique qui pourrait être proposé. 

Les amyotrophies spinales infantiles sont des maladies neuromusculaires autosomiques récessives. Elles entraînent une faiblesse musculaire plus ou moins importante selon l’âge, qui est due à la dégénérescence et la perte des motoneurones antérieurs  de la moelle épinière et des noyaux du tronc cérébral dans les cas les plus sévères. Ce sont les maladies héréditaires récessives les plus fréquentes après la mucoviscidose (incidence 1/6000 naissances). Elles sont dues à une délétion homozygote du gène Survival Motor Neuron1 (SMN1), avec une fréquence de 1/40 à 1/60.

Dans ce travail, nous rapportons les résultats d’une étude moléculaire rétrospective par  PCR-RFLP pour détecter la délétion de l’exon 7 chez 28 patients adressés au service de génétique du CHU Mohammed VI de Marrakech pour une suspicion d’amyotrophie spinale (SMA).

Le diagnostic a été confirmé chez 15 patients soit (53,57%) des cas avec une prédominance masculine  (le sex-ratio égal à 1.55). La consanguinité est retrouvée chez   42,86% des patients mutés.

Ce travail souligne l’importance de la recherche de la délétion homozygote de l’exon 7 du gène SMN1 devant toute suspicion de SMA.

INTRODUCTION: Les anomalies de structure des tissus minéralisés dentaires d’origine génétique peuvent s’exprimer de façon isolée ou associées à des syndromes poly- malformatifs ou métaboliques (Ostéogénèse imparfaite, Syndrome Email-Rein,  Hypophosphatémies à FGF23 élevées, Syndrome de Raine…). La compréhension de ces anomalies au niveau moléculaire a énormément évolué ces dernières années, amenant à une révision des classifications cliniques. Ainsi l’entité « Amélogénèse imparfaite (AI)» est dorénavant retenue pour toutes les anomalies non syndromiques de l’émail et le terme « Dentinogénèse imparfaite (DI)» est réservé aux anomalies non syndromiques de la dentine liées à des mutations du gène DSPP. A ce jour, 19 gènes ont été impliqués dans les amélogénèses imparfaites non syndromiques et 3 (en plus de DSPP) dans des anomalies de la dentine. OBJECTIF : Considérant 1) que certains de ces gènes peuvent s’exprimer à la fois dans des anomalies isolées ou dans des formes syndromiques, et 2) que les anomalies de structure dentaires sont les signes d’appels précoces de certains de ces syndromes, il est apparu nécessaire de proposer un diagnostic moléculaire des anomalies de structure dentaires « isolées ». METHODES : La structuration du diagnostic génétique en France au sein des filières maladies rares couvre l’exploration de la majorité des syndromes/ pathologies métaboliques ou multi-organes. La stratégie s’est donc orientée vers une approche la plus ciblée possible afin de pouvoir 1) affirmer la causalité génétique de l’anomalie dentaire observée et 2) la restreindre, ou non,  à cette seule expression dentaire. Un résultat négatif peut conduire, selon le phénotype général, à orienter le patient vers des examens cliniques et/ou une recherche moléculaire plus approfondis. Un panel regroupant les 22 gènes répertoriés a donc été développé en NGS par capture et est exploité depuis 18 mois. RESULTATS : Dix-neuf familles cliniquement diagnostiquées comme présentant une anomalie de la dentine, et vingt-huit familles présentant une AI ont été analysées. Sur les 19 cas index d’anomalie de la dentine, 8 présentent un variant pathogène de DSPP et 3 sont porteurs d’un variant pathogène dans un gène affilié à l’amélogénèse imparfaite, soit 42 % de mutations de DSPP, et un taux de rendu positif global de 58%. Sur les 28 cas index présentant une amélogénèse imparfaite, 18 variants pathogènes ont été confirmés, sur 9 gènes différents (AMELX, ENAM, FAM83H, ODAPH, DLX3, MMP20, COL17A1, LAMA3, LAMB3) soit un taux de rendu positif de 64%. CONCLUSION :  L’approche moléculaire ciblée des anomalies de structure de l’émail et de la dentine démontre son intérêt diagnostique (taux de rendu positif cumulé de 61%). De plus, de façon intéressante, elle indique que des gènes « AI » peuvent être impliqués dans des pathologies cliniquement diagnostiquées « DI » dans un premier temps.  Un protocole de recherche d’analyse par WGS est en cours pour explorer les familles négatives. 

Le Xeroderma Pigmentosum (XP), est une maladie  autosomique récessive rare caractérisée par une sensibilité accrue aux UV et à la lumière du soleil. Sans une photoprotection totale et efficace, les malades subissent un vieillissement accéléré de la peau, des brulures, des troubles de la pigmentation et le développent inévitable de lésions des yeux et de la peau pouvant conduire à de multiples cancers cutanéomuqueux. Sa transmission sur le mode autosomique récessive explique sa relative fréquence dans les pays où la consanguinité est élevée et la taille des familles est grande, comme les pays du Maghreb.

À ce jour, huit gènes (XPA à XPG et XPV) sont responsables de la maladie. Parmi eux, les gènes XPA et XPC décrits comme les plus fréquemment mutés chez les patients XP dans les pays du Maghreb.

Cette présente étude consiste à l’exploration de deux mutations qui par la littérature semblent les plus fréquentes dans les pays du Nord Africain: Mutation non-sens (c.682C > T, p.Arg228X) siégeant au niveau du gène XPA, et une délétion de deux paires de bases (c.1643_1644delTG ou p.Val548Ala fsX25) au niveau du gène XPC.

Un échantillon de 24 cas index appartenant à 22 familles non apparentées ont été caractérisées, révélant 14 cas de patients XPC et 6 cas XPA.

L’étude de la corrélation entre le génotype et le phénotype dans notre étude a mis en évidence que l’atteinte neurologique était retrouvée de façon significative chez les patients XPA et que ces patients XPA développent plus précocement les tumeurs cutanées malignes par rapport aux patients XPC.

La recherche d’autres mutations sur les gènes XP permettra de faciliter le diagnostic et va aider les cliniciens à offrir aux patients et à leurs familles un conseil génétique adéquat.

Avec une étiologie génétique prédominante, la surdité de l’enfant est le déficit neurosensoriel le plus fréquent, et est dans la grande majorité des cas non-syndromique (NSHL). Dans ce cadre, notre laboratoire a mis en place un diagnostic moléculaire exhaustif des NSHL comportant une analyse initiale au locus DFNB1 (gène GJB2 et délétions GJB6), suivi pour les cas non résolus d’une analyse NGS sur un panel de 74 gènes NSHL et 10 gènes Usher. L’utilisation de deux pipelines couplés à la base de données interne permettent de prioriser les variants d’intérêt qui sont ensuite validés par séquençage Sanger chez le cas index et recherchés chez les apparentés si possible. Dans certains cas, cette stratégie d’étude doit être complétée par la mise en place d’analyses spécifiques afin d’évaluer l’effet d’un variant sur le mécanisme d’épissage (minigènes) ou valider la présence d’un grand réarrangement (CGH ou QMPSF). Enfin, pour les patients présentant une surdité légère à moyenne sans génotype morbide identifié, une analyse visuelle des données NGS dans IGV (Integrative Genome Viewer) est également réalisée afin de détecter d’éventuelles variations nucléotidiques du gène STRC masquées par la présence de son pseudogène.

Nous présentons ici le bilan de ce diagnostic moléculaire établi sur une période de quatre ans pendant lesquels 756 patients atteints de surdité non-syndromique ont été analysés. L’approche développée dans notre laboratoire nous a ainsi permis de déterminer l’origine de la surdité pour 47,5% des patients analysés, parmi lesquels 17,9% sont dus à des altérations au locus DFNB1. Dans les autres génotypes identifiés, on note l’implication majoritaire du gène STRC (8%), puis on retrouve les gènes TECTA (4,4%), MYO7A (4,4%), MYO15A (3,6%), USH2A (3,6%) et OTOF (3,1%). Par ailleurs, pour 15,2% des patients de notre cohorte chez qui une transmission autosomique récessive était suspectée, une seule mutation a été identifiée. Ces cas peuvent être le reflet de la fréquence d’hétérozygotie de la population comme dans le cas du gène GJB2 ou mettre en exergue la suspicion d’un évènement mutationnel encore inconnu comme dans le cas du gène SLC26A4.

Ce bilan, réalisé à partir des données moléculaires d’une grande cohorte, confirme l’intérêt d’effectuer l’étude rapide et peu couteuse du locus DFNB1 avant d’engager une analyse NGS. Le séquençage des gènes de notre panel NSHL s’avère être efficace et les analyses complémentaires ont démontré toute leur importance notamment pour l’étude du gène STRC. L’ajout des gènes Usher nous permet de pouvoir établir très tôt un diagnostic de syndrome de Usher, ou d’alerter sur le possible développement d’une rétinite pigmentaire permettant une meilleure prise en charge des patients et procurer un conseil génétique approprié. Cette analyse ne se fait toutefois qu’après l’accord des cliniciens et des patients, et le rendu de résultat peut se faire en deux temps.

Le syndrome de déficit en transporteur du glucose de type 1 (GLUT-1, OMIM 606777), décrit en 1991 par De Vivo, de transmission autosomique dominante, est lié à un défaut de transport du glucose au niveau de la barrière hémato-encéphalique, et peut être traité par un régime cétogène. Il se manifeste par une encéphalopathie comportant une épilepsie pharmaco résistante et sensible au jeûne, une microcéphalie acquise, un retard du développement psychomoteur, une ataxie intermittente et des mouvements anormaux paroxystiques. Le diagnostic, orienté par la clinique et une hypoglycorrachie (rapport glycorachie/glycémie < 0,5), repose sur la mise en évidence d’une mutation hétérozygote sur le gène SLC2A1, le plus souvent de novo et récemment par un test d'expression de GLUT1 à la surface des globules rouges (METAglut1) en faveur. Cependant un diagnostic différentiel se pose avec d’autres gènes de dyskinésies et d’épilepsie précoce qui peuvent se présenter également avec une hypoglycorrachie.

Nous réalisons le diagnostic moléculaire en NGS depuis Juin 2017 avec un panel de 8 gènes puis depuis  janvier 2019, un panel de 11 gènes comprenant en plus du gène SLC2A1: 3 gènes d'épilepsie infantile précoce les plus fréquents SCN1A,  KCNQ2 et SCN2A; 3 gènes d’épilepsie, d'ataxie épisodique et hémiplégie alternante infantile: CACNA1A, ATP1A3 et KCNA1, 2 gènes de dyskinésies : ADCY5 et PRRT2 ;  et enfin PURA gène récemment associé à une encéphalopathie épileptique avec hypoglycorrachie et qui aurait un rôle de régulation d'expression de GLUT1 ; ainsi qu’un autre gène de transporteur du glucose cérébral SLC45A1 qui a été associé à un déficit intellectuel en transmission AR.

Ce panel réalisé sur 170 patients a permis d’identifier 9 SLC2A1, 4 SCN2A, 5 CACNA1A, 4 ATP1A3  et 1 PURA sous réserve d'étude de ségrégation en faveur du variant hétérozygote identifié dans 5 cas.

Les cas de patients avec hypoglycorachie non mutés sur ces gènes pourraient être dus à un défaut réversible transitoire du transport de glucose ou à d'autres causes non identifiées mais acquises comme infectieuses, traumatiques, certains médicaments ou bien une autre anomalie génétique tels que des gènes modulant l'expression de GLUT1 ainsi que d'autres canaux ioniques ou transporteurs. Un exome en trio réalisé pour un enfant ayant une épilepsie ayant démarré à J2, traitée par régime cétogène et dont la ponction lombaire a montré une hypoglycorrachie ; a permis d'identifier un état d'hétérozygote composite de 2 variants faux sens donnés pathogènes sur le gène AP4B1. Ce gène a un rôle dans le trafic vésiculaire et l’adressage des protéines à la membrane et est déjà connu mais avec des mutations tronquantes pour donner un déficit intellectuel et une paraplégie spastique. Chez les souris Ko AP4B,  il a été montré que certains récepteurs étaient mal exprimés à la membrane des neurones. Ce gène sera ajouté au prochain design afin d'identifier d'éventuels autres cas d’épilepsie liée à ce gène.

Introduction : Les dysplasies squelettiques sont un motif fréquent de consultations pédiatriques, elles regroupent 436 pathologies causées par 364 gènes (Nosologie de 2015). Le séquençage à haut débit (NGS) a fortement amélioré l’offre des tests génétiques pour ces pathologies hétérogènes. Nous rapportons l'analyse par un panel NGS de 866 patients ayant des anomalies squelettiques.

Méthode : Le panel comprend 128 gènes inclus dans 8 sous-panels: dysplasies acro(méso)méliques, rhizoméliques, épiphysaires ou métaphysaires, ainsi que dislocations multiples, nanismes platyspondyliques, causes syndromiques et retard staturaux avec anomalies squelettiques mineurs. Le séquençage à haut débit est réalisé par la méthode capture (Agilent) et le séquenceur NextSeq (Illumina). L'analyse des variants est réalisée grâce à une interface informatique locale (PolyWeb). Les dossiers sont discutés avec les médecins du Centre de Référence des Maladies Osseuses Constitutionnelles en staff d’inclusion et de restitution.

Résultats :

Sur l’ensemble des sous-panels, des variants probablement pathogènes/pathogènes ont été identifiés chez 336 patients (39%) dans 65 gènes et des variants de signification inconnue (VUS) chez 74 patients (9%). 38 des gènes du panel n’ont été impliqués que chez 1 à 3 patients parmi les 866 de cette cohorte. Le rendement n’est pas homogène selon les indications et en particulier pour les retards staturaux avec anomalies squelettiques mineurs (groupe 1) puisque qu’il est de 8% (10/135) avec 16% de VUS (22/135) alors que le rendement pour l’ensemble des autres indications (groupe 2) est de 45% (327/731) avec 7% de VUS (52/731). Les gènes les plus fréquemment mutés dans le groupe 2 sont COL2A1 (16%), COMP (8%), RUNX2 (7%), FGFR3 (5%), NPR2 (4%), COL11A1 (3%) et CUL7 (3%). Dans le groupe 1, les 3 gènes les plus fréquents sont FGFR3 (40%), NPR2 (20%) et SHOX (20%).

Conclusion :

Ce panel de gènes a permis de résoudre près de 40% des cas qui nous ont été adressés. L’arrivée du NGS a permis une grande avancée pour le diagnostic des maladies rares et les formes cliniques atypiques. Notre expérience montre également l’intérêt du lien étroit entretenu avec le Centre de Référence des Maladies Osseuses Constitutionnelles afin de sélectionner au mieux les patients et pour les discussions clinico-biologiques des dossiers avec interprétation complexe.

Une demande de diagnostic pré-implantatoire (DPI) a été adressée au centre de DPI de Montpellier pour un couple présenté comme étant apparenté (cousins germains), ayant eu deux enfants atteints de la maladie de Tay-Sachs. Le d